DFT/MD/MC理论计算必备技能汇总 (更新)

文摘   2024-07-28 09:00   四川  

DFT(VASP/QE/CASTEP/DMOL3/OPENMX):


第一性原理计算


LINUX bash辅组Dmol3计算差分电荷密度

VASP进行机器学习力场计算的详细步骤和分析方法

VASP快速计算红外光谱(IR)[后处理软件vasprun推荐]

VASP加速计算方案总结

VASPMATE:集成用户界面程序 + 高通量计算
VASP+ElasticPost(含安装包网盘链接)计算材料各向异性杨氏模量泊松比等

DFT磁性的计算(本例为用VASP计算FCC Ni的磁矩)

VASP+DFTD4离线快速安装教程

VASP&VASPKIT:3D能能带图计算处理说明

DFTB+:超快半经验的量子力学方法程序使用介绍

VASP官网例子:机器学习势的生成与应用

Linux shell程序调用VASP自动计算应力应变案例

VASP计算HOMO&LUMO实例

VASP+Lobster计算晶体轨道哈密顿布居计算示例

VASP官网计算核磁共振(NMR) 四极矩以及化学位移例子

超快准近似DFT半经验计算软件DFTB+安装及使用指南

DFT计算模拟石墨到金刚石的高压相变

吉布斯自由能的计算

VASP表面能及异质结分离功的计算(理论建模到实践)

(CASTEP密度格式转VESTA) DFT计算文件电子密度文件格式转换分析器c2x

VASP电子步或离子步不收敛的情况解决建议

分子轨道理论简介与计算示例

Transition State Tools for VASP简介与使用

VASP使用之AIMD计算

用Linux Shell程序处理P4vasp输出的态密度文件示例(二)

P4vasp+VESTA可视化处理LDOS教程(一)

VASP应力应变计算案例附计算后处理shell脚本

P4vasp处理体系中不同成分fatband并导出Oringlab作图指南

轻松解决声子谱折叠问题(一切空间群通用)

QE计算差分电荷密度

Quantum Espresso安装及使用教程总结

典MD/AIMD及电子结构理论计算基础指导书推荐

Quantum Espresso 之pw.x输入文件解读

带DFTD4色散修正版本VASP离线编译策略

VASP官网AIMD计算Si不同温度下的扩散系数

VASP官网:激子效应修正BSE方法计算Si fatband

VASP官网AIMD计算Si不同温度下的扩散系数

VASP6.3.0的编译注意事项

VASP+Hive:计算金属Al (111)面的STM

VASP#理论到实践:DFT计算Ag (001)功函数

VASP:介电常数计算

第一性原理计算——带电点缺陷形成能

VASP+QE计算金属钨的Hubbard U

VASP+ElasticPost计算材料各向异性杨氏模量泊松比等

构型熵计算

QE:通过线性响应得出体系某site的自适应Hubbard U示例VASP+BoltzTrap2计算材料热电输运性质简介

VASP+VASPKIT:石墨的光吸收&透射谱计算

VASP:考虑vdw优化Al2O3@Graphene Layers及其能带调控

bash+VASP+phonopy自动计算材料热膨胀系数等压热熔等

VASP+BoltzTrap2计算材料热电输运性质简介

理论到实践:VASP+Phono3py计算Phonon Lifetime

VASP:杂化泛函HSE+U计算ZnO能带示例

Castep/DMol3遇到Grimme DFT-D色散修正参数不足报错处理方法

CASTEP(含读者奖励):Window <——> Linux跨平台作业提交与数据处理示例

Dmol3:在Linux下安装及其跨平台作业示例

LAMMPS:


文献中tersoff势函数转换成LAMMPS tersoff势文件的方法

LAMMPS:NaCl(100)表面对C2H6O吸附能(自由能)的计算

LAMMPS在Linux下直接运行生成内聚能与晶格常数的关系示例

data文件W111.lmp下载网盘链接

LAMMPS模拟W(111)面受4.5 MeV H辐照 (含in文件)

LAMMPS 添加Mo-S rebo势的编译及技巧总结

LAMMPS EAM/MEAM势函数文件获取方法总结

LAMMPS 模拟Cu/ZnCu3界面压缩过程中的位错演变

LAMMPS中ATC模块的介绍安装与使用

ASE可调用LAMMPS版本的编译

LAMMPS在非周期边界条件下使用NPT系综具体设置

BCC-Fe中位错切割第二相Cu纳米团簇in文件和结构文件

具有LASP神经网络NN势接口版LAMMPS编译

几个LAMMPS力场文件下载网址推荐

LAMMPS安装包中计算材料热导率的两种方法

LAMMPS的Ewald求和长程库伦力用于有非周期边界条件的处理情况

(含in文件及后处理程序)LAMMPS计算neb过程及数据处理

LAMMPS:Cascade模拟使用不同势函对结果的影响

LAMMPS:bcc-Fe中位错切割第二相Cu纳米团簇的分子动力学模拟

LAMMPS计算MSD拟合原子扩散能垒示例

LAMMPS实操系列(一): 大量FCC-CoCrCuFeNi高熵合金建模与最稳定结构筛选

LAMMPS实操系列(二): 大量FCC-CoCrCuFeNi高熵合金建模与最稳定结构筛选

LAMMPS实操系列(三): 大量FCC-CoCrCuFeNi高熵合金建模与最稳定结构筛选

LAMMPS实操系列(四): 高熵合金FCC-CoCrCuFeNi的退火模拟

LAMMPS实操系列(五):高熵合金FCC-CoCrCuFeNi的压缩模拟

atomsk+LAMMPS大量建立SrTiO3层错模型并筛选出最优结构


Geant4:


fluka(infn)安装

Geant4安装工具分享

Geant4模拟探测器-子体、公用逻辑体相关测试

Geant4使用脚本添加新的物理体

Gate/Geant4模拟208keV γ射线在水中沉积能量对比

Geant4使用自定义能谱

Geant4、Gate模拟150MeV质子照射水体模沉积能量对比

Geant4构建多面体

Geant4使用rot1、rot2更改射线方向

Geant4模拟SPECT成像

Geant4用于辐射防护设计

Geant4获取次级粒子信息

Windows系统安装Geant4-windows

Linux系统安装Geant4-linux

Geant4模拟γ相关问题求解

Geant4模拟电场加速带电粒子

Geant4模拟生成X射线的方法及结果

Geant4模拟放射性核素生产

G4phys

Geant4入门01-系统搭建

G4入门02-创建粒子源-G4ParticleGun

G4入门02-创建粒子源-gps


linux shell基础 和软件安装与建模:


ATOMSK:间隙型位错环的建模

OpenMX Viewer:一个免费的晶体结构以及电子分析网页程序

最新ATOMSK github源码超算上离线安装技巧(附全套静态库文件)

快速安装免费版OVITOpro:python版本OVITO安装

ASE调用DFT/MD程序使用简介

DFT/MD计算建模总结

快速按比例通过随机删除模型中某类原子建立空位模型的方法(二)

按比例通过随机删除某类原子建立空位模型的方法(一)

使用ASE实现idpp方法插值NEB路径

OVITO pro的license过期后的临时解决办法

ABINIT:一DFT计算程序安装及使用案例

计算程序:如VASP、CP2K、LAMMPS快速入门总结

第一性计算程序jdftx的编译及使用

Python处理MD计算数据作二维梯度云图

Python制作文献中LAMMPS的ZBL+Spine+Buck势函数table

轻松搞定在Linux下安装高通量材料计算模块 — pymatgen

ATOMSK计算体系中任意两类原子的RDF指南

atomsk建立任意化合物多晶模型示例

atomsk建大体系lammps core-shell模型以最少bug版本下载网址推荐

atomsk多层碳纳米管建模示例

atomsk:从理论到实践建立Fe中1/2<111>忍位错

atomsk : 修改源码输出VASP5.XX版本以上的POSCAR

atomsk: CSL对称倾转晶界建模从理论到实践详细讲解

MS+atomsk:建立六角晶系对称晶界模型概述

Dmol3:LCAO基组+球行网格积分的跨平台超快DFT计算程序

最新版QE(Quantum Espresso)的安装与使用

phonopy&3py:声子散射,振动熵,晶格热导率等热学性质处理程序的安装&应用

最新版CP2K 8.10:让原子跳舞的NS利器快速安装与使用指南

Linux Shell:一次提交启动VASP计算DOS、BAND、ELF或启动LAMMPS计算MSD能垒拟合所需数据

CALYPSO分子晶体2D、3D、团簇结构搜索安装与应用

集群管理系统Slurm安装与使用(含LAMMPS/VASP任务提交脚本)

Linux下PBS(torque)任务排队管理系统的安装配置

科学计算常用Linux命令汇总


祝大家科研愉快!!!


PS:由于时间仓促,可能有错误之处,欢迎各位同行交流学习,同时若有疑问、计算技术讨论、合作可在公众号后台留言联系笔者谢谢!



计算运维鸟
第一性原理、分子动力学计算学术交流与技术讨论;长期公布VASP,LAMMPS,MS(Castep/Dmol3/Forcite),CP2K,OPENMX等计算软件在Linux系统下的安装与使用技巧。
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