建无序格点参杂&合金模形工具包ATAT的安装与其各模块的详细使用例子

文摘   科技   2024-09-03 09:02   北京  

下载链接:

http://brown.edu/Departments/Engineering/Labs/avdw//atat/atat3_36.tar.gz

下载ATAT源码,解压打开makefile,由于我的linux机器上装有intel cluster,根据makefile提示我将MPICXX编译器改为intelc++并行编译器。

即将:

改为:

注:打开intelmpicxx的脚本目录打开它,可以看到它调用intelc++并行编译器。

保存makefile开始make all编译,错误提示没有安装csh因此用sudo apt-get install cshrehant&centossudo yum install csh)安装csh继续make all

编译完成后make install进行程序何脚本定向安装。然后进入安装目录$(HOME)/Code/ATAT/bin,运行命令echo “PATH=`pwd`/:\$PATH”>> ~/.bashrc 添加本地变量,最后source ~/.bashrc更新变量,安装完毕。


接口配置:进入安装包的glue目录,里面有与各种dft软件的算例及接口设置。例如进入vasp可以看到它的接口设置脚本ezvasp,由于make install已经将它拷贝到了安装目录$(HOME)/Code/ATAT/bin中所以在bin中打开设置相关可执行程序,赝势文件的名称和路径即可,具体根据自己的机器来,我就不在演示。接下我做一个mcsqs建立钨基镍共格合金的例子。

ATATmcsqs模块建立W4Ni合金过程:

 atomsk建立一个W的单包POSCAR

按说明书将POSCAR改为mcsqs的输入文件rndstr.in

即将:

改为:

先运行:corrdump -nop -noe -2=4 -ro -l=rndstr.in  -clus ; getclus

再运行: mcsqs -n=16

得到了Objective_function=Perfect_match

再运行:str2cif < bestsqs.out > pos.cif VESTA pos.cif vesta是我自己装的相当简单,官网下载二进制文件,添加本地变量即可)

上图中灰色的是W原子,蓝色的为Ni原子。作者为了节省算力,设置的都是最简单的参数,如果您想做这方面的研究可以参考手册,手册每个参数的意义都写得特别详细,如下图全是英文的,不要着急,慢慢看。

祝大家科研愉快!


计算运维鸟
第一性原理、分子动力学计算学术交流与技术讨论;长期公布VASP,LAMMPS,MS(Castep/Dmol3/Forcite),CP2K,OPENMX等计算软件在Linux系统下的安装与使用技巧。
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