动力学蒙卡(OKMC)计算软件MMonCa的装及使用

文摘   2024-08-29 19:03   内蒙古  

MMonCa是一个优秀的动力学Monte Carlo(OKMC)模拟软件,可用于模拟材料中的辐照损伤演化和缺陷扩散等。它具有以下特点:

1.采用C++编写,并与TCL脚本语言集成。

2.可以模拟多种材料中的缺陷演化,如铁、硅、钨等。

3.实现了OKMC理论,可以模拟系统的动态演化。

4.包含时间、空间和缺陷等主要模块。

5.可以模拟多种类型的缺陷,如扩展缺陷、移动粒子、损伤簇等。

6.使用二叉树结构来高效管理事件选择。

7.采用张量网格划分空间,能够模拟复杂的材料结构。

如果需要用MMonCaOKMC模拟,笔者建议可以先阅读一下以下三篇理论相关文献:

1. Domain C, Becquart CS, Malerba L. Simulation of radiation damage in Fe alloys: an object kinetic Monte Carlo approach. J Nucl Mater. 2004;335(1):121. 2. Martin-Bragado I, Borges R, Balbuena JP, Jaraiz M. Kinetic Monte Carlo simulation for semiconductor processing: a review. Prog Mater Sci. 2018;92:1. 3. Martin-Bragado I, Rivera A, Valles G, Gomez-Selles JL, Caturla MJ. MMonCa: an object kinetic Monte Carlo simulator for damage irradiation evolution and defect difusion. Comput Phys Commun. 2013;184(12):2703.

安装及使用方法:

首先从以上文献[3]提供的链接http://www.materials.imdea.org/MMonCa中下载源码或者预编译文件,笔者尝试了多次没有将该链接打开成功,于是在github找到了源码(笔者已将使用手册和源码上传网盘,需要的读者可自行从文末链接下载),因此只能按MMonCa说明书中的源码安装方法进行安装(以Ubuntu系统为例):

用以下命令安装所需的库文件。

sudo apt-get install tcl-devsudo apt-get install libboost-devsudo apt-get install libboost-iostreams-devsudo apt-get install libsuperlu3-devsudo apt-get install liblapack-dev

解压源码文件:

unzip MMonCa-master.zip

进入解压文件夹运行以下命令

export MCPATH=/Path_to_MMonCa-master(路径根据实际情况修改)/configmake

MMonCa使用:

运行命令:mmonca your_script.tcl

编写TCL脚本定义模拟参数,如模拟单元、材料结构等,使用扩展的TCL命令来,执行TCL脚本来启动模拟。MMonCa会根据设定执行OKMC算法,模拟缺陷演化过程。具体可以参考MMonCa.pdf手册第二部分,MMonCa.pdf手册对每行TCL命令解释都非常详细。

分析结果:处理输出数据,分析缺陷浓度、分布等信息

网盘链接:链接:https://pan.baidu.com/s/1l7bOrqfD15oOvq_d6WY2Vw提取码:cptB

祝大家科研愉快!!!

计算运维鸟
第一性原理、分子动力学计算学术交流与技术讨论;长期公布VASP,LAMMPS,MS(Castep/Dmol3/Forcite),CP2K,OPENMX等计算软件在Linux系统下的安装与使用技巧。
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