分子动力学模拟在生物医药研究中的应用； 分子力场的基本概念、函数形式、常用力场及其应用范围； 分子动力学算法介绍：能量极小化算法、积分运动方程算法、周期边界条件、非键相互作用、热浴、压浴、限制和约束等。
分子结构坐标文件的介绍； 拓扑文件、力场文件简介及编写； 模拟运行文件介绍及常用参数设置； 常用模拟指令介绍。
蛋白及核酸生物化学基础； 生物大分子模拟基本流程：结构文件获取与检查，模拟体系的搭建、能量极小化、退火、平衡模拟、产生相模拟、轨迹结果分析； 运行案例：常规溶液蛋白（结构文件修改、质子化状态确定、力场及水模型选择等）模拟、金属蛋白（特殊侧链修饰处理）模拟、DNA-G4及核酸适体（限制势使用）模拟； 结果分析：RMSD、RMSF、Rg、氢键分析、构象聚类、RAMA-PLOT、自由能面绘制等； VMD基础操作、轨迹结果分析及绘图。
蛋白质-配体复合物模拟理论基础； 蛋白-配体对接理论基础与简单对接案例； 配体拓扑获取、模拟运行文件编写； 运行案例：蛋白小分子复合物模拟，蛋白-磷酸化多肽模拟（非标准残基处理），RNA-多肽复合物模拟，核酸适体-小分子复合物模拟； 结果分析：关键残基距离及角度分析、氢键网络、相互作用能计算、接触距离矩阵等； 结合自由能介绍，MMGBSA计算结合自由能、残基能量分解等。
膜蛋白基础介绍：磷脂、膜及膜蛋白结构基础，膜蛋白结构测定方法，常用生物膜力场等； 常用的膜构建和蛋白嵌入方法； PACKMOL和CHARMM-GUI使用基础； 运行案例：混合膜结构构建与预平衡，抗病毒药物模拟与分析，跨膜蛋白复合物模拟与分析。
粗粒化力场基础知识（MARTINI及SIRAH力场为例）； 使用Martini力场创建粗粒化系统，进行短肽的自组装模拟及小分子-蛋白结合过程模拟； 使用SIRAH力场创建并模拟环形双链核酸、膜蛋白的粗粒化系统； 结果分析：短肽自组装的团簇分析、溶剂可及表面积（SASA）计算、粗粒化结构还原、蛋白-小分子结合过程分析等。
生物功能材料模拟基础； 材料拓扑文件构造（二氧化硅、FCC金属），体系搭建； 运行案例：小分子影响蛋白质在二氧化硅表面吸附模拟，蛋白在金属表面行为模拟； 结果分析：蛋白吸附行为分析，测量接触表面积、分析氢键、盐桥、相互作用能等。
小分子对接体系
大环对接体系
核酸+多肽体系
膜蛋白嵌入体系
热力学循环--MMGBSA
11月2日（周六）晚上19：00开始第一次课
11月3日（周日）下午14：00开始第二次课
之后每周六周日按此时间开课，共计五个周末（10次课）
每次课程共计3个小时，其中讲解部分占2.5小时
讨论答疑或简单练习部分占0.5小时
课程时间目前暂定，报名人数在10月20日前预报名人数低于12人将会延期
需要进行预报名人员
可添加微信19907095031（同电话）
进入预报名群内
报名费用于满员12人后开始缴纳
发票将会于培训课程第一周后1个星期内开出
报名费用：3000元(没有原价)
