7.4/Q1,广州医科大学附属第一医院7分+纯生信:孟德尔+多组学+WGCNA+单细胞测序慢性阻塞性肺疾病和结直肠癌的相互作用

文摘   2024-08-02 18:54   陕西  

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文章标题:Interplay of chronic obstructive pulmonary disease and colorectal cancer development: unravelling the mediating role of fatty acids through a comprehensive multi-omics analysis

中文标题:慢性阻塞性肺疾病和结直肠癌发展的相互作用:通过综合多组学分析揭示脂肪酸的中介作用

发表期刊:Journal of Translational Medicine

发表时间:2023年9月

影响因子:7.4/Q1

研究背景

慢性阻塞性肺疾病 (COPD) 患者经常表现出胃肠道症状,已表明 COPD 与结直肠癌 (CRC) 之间存在潜在关联,需要进一步检查。

究方法

在这项研究中,我们收集了来自NHANES、GWAS和 RNA 序列的 COPD 和 CRC 数据进行全面分析。我们使用加权logistic回归来探索COPD与CRC发病风险之间的关联。采用孟德尔随机化分析评估COPD与CRC的因果关系,并进行交叉表型meta分析确定关键位点。采用多变量孟德尔随机化法揭示了两种疾病之间的中介因素。我们的结果使用NHANES和GEO数据库进行了验证。

结果分析

1. Omega-3脂肪酸和慢性阻塞性肺病是结直肠癌的危险因素

这项研究包括 1729 名 NHANES 参与者,代表 1.792 亿非机构化的美国居民。在所有研究人群中,11名受试者(1%)患有结肠癌,41名(2%)自我报告患有慢性阻塞性肺病。

2. 使用 MR 分析评估 COPD 和 CRC 之间的因果关系

慢性阻塞性肺病结果和结直肠癌的 GWAS 结果的曼哈顿图。x 轴表示染色体上的 SNP 位点,y 轴表示 SNPs 位点的 p 值。红色和蓝色参考线分别表示 p 值 5e−08 和 1e−05 的 −log10 对数。

3. 通过MVMR分析确定脂肪酸为最佳介质

我们使用双样本 MR 方法,将 COPD GWAS 数据集作为暴露结果,以来自英国生物银行的脂质相关 GWAS 数据为结果,并保留具有统计学显着 p 值的结果。

4. COPD和CRC GWAS的交叉性状meta分析与注释

使用交叉表型荟萃分析,我们确定了一组 43 个位点,这些位点与 COPD 和 CRC 都显示出统计学上的显着相关性。

5. 慢性阻塞性肺病(COPD)和结直肠癌(CRC)RNA表达谱中脂肪酸模块的鉴定

当软阈值功效高于参考线(值为0.85)时,基因网络中基因间的连通性满足无标度网络分布。通过应用基于系统发育树的聚类算法,为每个数据集提取共表达模块。

文章小结

我们发现 COPD 是 CRC 发展的重要因素。MR分析显示,COPD增加了CRC发病和进展的风险(OR:1.16,95%CI 1.01-1.36)。交叉表型meta分析确定了与CRC和COPD相关的四个关键基因。多变量孟德尔随机化表明体脂百分比、omega-3、omega-6 以及 omega-3 与 omega-6 的比例是这两种疾病的潜在介导因素。这项研究为慢性阻塞性肺病和结直肠癌之间的相互作用提供了新的见解,突出了慢性阻塞性肺病对结直肠癌发展的潜在影响。与脂肪酸代谢相关的共享基因和介导因子的鉴定加深了我们对连接这两种疾病的潜在机制的理解。



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