今天为大家分享的文章思路清晰，值得参考学习，很标准的糖代谢肿瘤免疫微环境研究思路：糖代谢分型、三组的生存预后、代谢亚型的免疫浸润、免疫无监督聚类、GSEA通路、两组的生存预后、免疫组化、葡萄糖免疫模型、marker免疫荧光、突变分析、免疫治疗评分
文章标题：Characterization of glycometabolism and tumor immune microenvironment for predicting clinical outcomes in gastric cancer
中文标题：糖代谢和肿瘤免疫微环境的表征用于预测胃癌的临床结果
发表期刊：iScience
发表时间：2023年2月
影响因子：4.6/Q1
研究背景
研究思路
本研究采用2471份胃癌样本的多组学数据，鉴定肿瘤糖代谢及其与肿瘤免疫微环境的相关性。采用一系列生物信息学方法建立评分系统，预测化疗和免疫治疗的生存率和反应。测定了胃癌的3种糖代谢亚型和2种免疫聚集亚型。我们进一步建立了葡萄糖免疫评分系统，以量化个体患者的癌症糖代谢状态和免疫浸润。葡萄糖免疫评分低的患者对辅助化疗敏感，而葡萄糖免疫评分高的患者可能从免疫治疗中受益。
结果分析
1. 胃癌中糖代谢相关基因的转录景观
我们首先比较了 ACRG 队列中正常和胃癌样本中 16 个糖酵解和 8 个 TCA 周期相关基因的转录表达水平。与正常组织相比，癌症样本中的糖酵解活性增强，这与先前的发现一致，即肿瘤细胞重新编程其糖酵解过程以促进致癌作用。
2. 糖代谢亚型中肿瘤免疫微环境的鉴定
了探究代谢亚组间转录表达的差异，我们选择了显著的DEGs（|FDR|>1.5）通过limma包进行GO分析，提示3个亚组的DEGs预期富集于葡萄糖代谢和其他重要生物学过程（包括p53信号通路、NF-κB信号通路和Wnt信号通路）。
3. 基于胃癌抗肿瘤效应细胞浸润的免疫分类
鉴于在我们的研究中，葡萄糖代谢高的肿瘤呈现出免疫刺激性 TME。我们接下来的研究进一步关注了抗肿瘤效应细胞（包括CD8 T细胞、细胞毒性淋巴细胞和NK细胞）的浸润及其可能的临床影响。
4. TCGA 队列中体细胞突变特征与葡萄糖免疫评分之间的关联
我们从TCGA数据库中收集了胃癌的体细胞突变数据。Oncoplot结果显示，糖免疫评分高的样本比糖免疫评分低的样本发生更广泛的体细胞突变。
文章小结
研究结果表明，在胃癌中，评估肿瘤葡萄糖代谢和免疫微环境对于预测疗效和制定联合治疗策略具有应用价值。
