这一题有参考答案，但是否为标准答案，每个人都有自己的判断
昨天聊了下这次mNGS的室间质评：
不管是评论区还是私信，不少朋友都提到了2024S13这个样本的“争议”。
题目和得分标准如下：
127家参评实验室，仅有51家答对，是所有题目中错误率最高的。
而其中拦住大家拿满分的最大障碍，是单纯疱疹病毒1型
——总计有71家漏报。
今天咱们就学术一把，较个真：
S13样本，究竟是否应该被报告为混合感染
实验环节：能测出来HSV-1吗？
报告环节：应该报告HSV-1吗？
PS：本文仅为个人观点，如有得罪，欢迎留言区贴脸开大。
01
测序，不该是问题
测序的关键是“序列数”。
尤其对于HSV（单纯疱疹病毒）而言，其存在“携带”而非“感染”的情况，假如测出来的序列数很低，确实会让很多人“不敢”报告。
所以：
不仅要看能否测出，还要看能测出多少序列
涂浩波先生是行业前资深从业人士，他告诉我影响序列数的因素是三个
1. 宿主细胞含量，也就是我们说的宿主背景；
2. 病原体浓度；
3. 经常会忽略的「基因组大小」；
回到S13这一题：
这应该是一份宿主含量不高（主观看上去大概是“清亮”）的脑脊液样本。
宿主细胞含量：估计在10^3～10^4/ml左右。
病原体浓度：
单纯疱疹病毒1型是2x10^4/ml，肺炎链球菌是1x10^4/ml。
基因组大小：
单纯疱疹病毒1型的基因组大小在125～240 Kbp之间，肺炎链球菌的基因组大小在2.0～2.3 Mbp之间。
如果按照「宿主细胞含量10^4/ml，HSV-1基因组大小152 Kbp，肺链基因组大小 2 Mbp」来做一个简单的测算：
在测20M reads的情况下，结果可能如下
以下是波哥原话，要打去打他啊
“如果是20M reads测出来1000多条，（没报的）其他家自己回去关起门来骂团队吧”
当然，我们既然是学术吃瓜，肯定不能这么“简单粗暴”。
“如果测出来就报，那还要报告组干啥呢”
假定大家都测出来了，从临床的角度，该报吗？
02
临床，可能有思路
HSV DNA的检出，“是否应该报告”确实是需要谨慎的：
回到这位患者的临床描述：
我请教了一位在感染临床深耕多年的朋友，她评价到
“每一句话都不是废话”
她是支持报告混合感染的，以下是她的思路：
1. 巴宾斯基征阳性，提示有脑实质的变化。颈部僵硬，提示有脑膜刺激征。
2. 患者有上呼吸道感染，加上有脑膜刺激征，同时肺炎链球菌的序列数较高，基本可以明确肺链是个感染病原体。
3. 判断HSV-1是否要报，关键在于判断「巴宾斯基征阳性」的原因。
就这个患者而言，需要排除两个可能原因
考虑到患者是71岁男性，如果存在神经系统血管性疾病（比如脑梗、脑出血等），也会导致「巴宾斯基征阳性」。
细菌（比如肺炎链球菌）的确有可能导致脑实质感染从而引发「巴宾斯基征阳性」，如果是这种情况，磁共振应该会发现脓肿。
题目中明确给出了“脑部磁共振断层扫描”的结果：脑实质未见病理改变。
据此大概率排除上述两个可能。
4. 在这种情况下，脑实质病毒感染引起「巴宾斯基征阳性」的可能性就很大了。
结合HSV-1的检出序列数并不低，此时倾向于该患者是一个混合感染的情况。
这位朋友还送了一个彩蛋：
题目中有“复发性急性中耳炎史”，进一步强化了报告“肺炎链球菌”的信心。因为急性中耳炎最常见的致病菌就是肺炎链球菌（大约占70%），其次是未分型流感嗜血杆菌（约占20%）、卡他拉莫菌、金黄色葡萄球菌等。
看起来，我们有了「参考答案」。
这就结束了吗？并没有。
03
在“争议”中前进
「参考答案」一定就是「标准答案」吗？
“不同专家的认知和判断都不同，这是当前感染诊疗的难点”
S13的争议不过是这个难点的一次投射。
从这个角度看，作为一次室间质评的预研，这一题出的挺好
——争议点暴露出来，大家才有机会在交流、探讨、沟通中共同进步。
而这样的进步，一定能推动技术更好的服务于临床、报告更好的帮助到诊疗。
往前倒腾一下
2022年肺泡灌洗液的室间质评，甲流+铜绿的混合感染。
2023年游离血浆的室间质评，金葡和粪肠同时检出的“呼吸系统感染陷阱”。
这些“难题”都是在推动行业于争议中共同成长。
对行业的未来而言，这一定是一件好事。
相比之下，一次室间质评是否得满分，反而没那么重要了。
我们一起，向前看。
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