题目：Integrated multi-omics approach to distinctmolecular characterization and classification ofearly-onset colorectal cancer
题目：特应性湿疹与炎症性肠病之间的因果关系：东亚人群的双样本双向孟德尔随机化研究
期刊：Cell Rep Med.
分数：14.3/Q1
时间：202303
研究背景
早发性结直肠癌 （EOCRC） 的发病率正在增加，其与一般 CRC 不同的异质性病因仍未确定。
研究方法
我们初步表征了中国CRC队列中79名患者的肿瘤基因组、表观基因组、转录组和蛋白质组。另外 126 名 EOCRC 受试者的数据来自国际癌症基因组联盟中国队列和癌症基因组图谱欧洲队列。我们观察到早发性肿瘤具有较高的肿瘤突变负荷;通过突变特征 3 和多层通路富集增加 DNA 修复特征;DNA甲基化和体细胞拷贝数改变对基因表达的影响有强烈的扰动;和上调免疫浸润作为免疫表型的热肿瘤。
研究思路
结果分析
1. 群体特征和多组学分析概述
南京结直肠癌（NJCRC）队列共纳入79例结直肠癌患者（图1A），其中EOCRC患者30例（37.97%），LOCRC患者49例（62.03%）。所有患者都提供肿瘤组织和正常邻近组织（NATs）进行多组学分析（图1B）。主成分分析在表观基因组、转录组学和蛋白质组图谱中清楚地分离了肿瘤和 NAT（图 S1A）。
2. EOCRC肿瘤的基因组改变
根据全基因组测序（WGS）和全外显子组测序（WES）的组合，在9,815个基因中共有19,251个体细胞蛋白改变事件，即17,442个体细胞单核苷酸变异（SNV）和1,809个体细胞插入或缺失（插入缺失）。
3. 跨表观基因组学、转录组学和蛋白质组学水平的 EOCRC 特异性分子事件
从DNA甲基化的整体角度来看，我们发现EOCRC肿瘤中CpG岛甲基化表型（CIMP）的发生率（66.7%）高于LOCRC肿瘤（47.4%;表S3），与以前的研究类似。5此外，我们注意到 EOCRC 肿瘤中 DNA 甲基化的显着不一致，诊断时 DNAmAge 与实际年龄的相关性在 LOCRC 组织中仍然显着。
4. EOCRC和临床治疗的综合组学架构
接下来，我们评估了SCNA对mRNA和蛋白质丰度的顺式和反式效应。对于SCNA对mRNA丰度的顺式效应，我们观察到沿对角线的强正相关。
5. EOCRC 特异性 LMTK3 突变独立触发肿瘤分子改变
除SMGs外，我们还在EOCRC肿瘤中发现了9个差异突变基因（DMG）。
6.LMTK3
作为一种有前途的生物标志物和靶标，在基因表达方面存在差异，具有临床意义。
文章小结
LMTK3 表现出祖先突变差异，可能是一种功能调节剂和生物标志物，可驱动 EOCRC 开发和免疫疗法中的分子改变。这项综合组学研究为CRC的精准肿瘤学提供了宝贵的知识。文章解读到此结束，看完之后有没有觉得研究课题这就来了！
