国民党内派系不少，这里只说军队的。解放战争时，国军原来的四个集团军派系依然存在。冯玉祥的西北军，阎锡山的晋军，李宗仁的桂系，老蒋的黄埔系，还有程潜的湘军和李济深的粤系等。至于小的派系军阀，有青海宁夏的二马，四川的刘文辉邓锡侯潘文华，云南的龙云。黄埔系内部还有派系，比如陈诚的土木系，何应钦的派系，税警团出来的孙立人。以上这些都对国共内战有影响，有些派系影响巨大，比如西北军和桂系。
东北战局，最早是杜聿明指挥，仗打得很顺，将林彪一路赶过了松花江。虽然孙立人不太听杜聿明指挥，但对战局影响不大，后来蒋先生把孙立人调到台湾练兵。东北失败主要应该是政治和战略问题，比如解散满洲国军队，听从马歇尔的停战要求等。滇军潘朔端、曾泽生起义，那是不得已。
平津战役，傅作义晋军出身，后来基本自成一系，对蒋先生若即若离，想通过美国人的支持在华北搞出一个独立的新局面，或者自己单独和中共搞联合政府，这当然是太天真了。如若听蒋先生的命令，渡海南撤，部队加入淮海，国军应该又是一番局面。结果傅作义起义了。
淮海战役是国军生死之战，首先是西北军旧部何基沣张克侠二万三千人战场起义，导致黄百韬的七兵团兵团加速被歼。
然后是十二兵团司令长官人选问题，为平衡何应钦派系和陈诚派系，以及白崇禧桂系的利益，老蒋折中选择了黄维为司令，而冷落了最佳人选胡琏。十二兵团后来的命运与此关系重大，虽然胡琏后来空降双堆集，亲自指挥十二兵团，但为时已晚，无力回天。
当时刘伯承部只有大概十来万人马，吃不下十二万人马的黄维兵团，刘邓请求粟裕派兵支援，粟裕派了三个纵队前来助攻。而杜聿明也请求蒋校长增派几个军加入淮海战场，如果华中剿总的宋希廉兵团十多万人马此时能杀进淮海，整个战局双方力量对比将发生改变，因为黄百韬兵团虽然覆灭，但也重创了粟裕的三野。而其他兵团，包括黄维兵团，此时都还完整，如果再加入三五个军，国军胜算还是很大的。但华中剿总司令白崇禧坚决抗命老蒋，不调一兵一卒。结果淮海战役失败。
接下来桂系逼宫老蒋，老蒋下野，李宗仁代总统。和谈失败后，共军过江，湘军元老程潜起义。而此时的两广军头们又各怀心思，张发奎甚至鼓动李宗仁直接扣押老蒋，李宗仁拒绝了。
至于西南的龙云、刘文辉、邓锡侯等军阀，从来就没有和老蒋一条心过，此时纷纷起义投诚，也在意料之中。
总之，国军在大陆时，大小派系林立，一到关键时刻，军阀们就会萌生异心，老蒋还是没能学到中共肃反与整风的绝招，一提裁军，军阀们就要开战，当年的中原大战不就是如此？后来攘外安内，削蕃剿匪，总是相互牵制，想想他也的确是没时间做这些事情，直到到了台湾，各派系才被削平。
