SEDphone: 基于RT/LAMP-CRISPR/Cas12a系统的离心微流控智能检测平台

文摘   2024-07-26 11:54   浙江  



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研究简介
快速、准确地检测多种类型病原体对人类健康和全球公共卫生安全至关重要,流感病毒不同亚型需要不同的临床干预措施,其中H1N1H3N2IBV在人类中普遍传播,H5N1H7N9等动物源性传播也偶尔对人类健康构成威胁。

CRISPR/Cas12CRISPR/Cas13系统特异性好、反应效率高,便携性好,在分子诊断领域具有广泛应用前景。将CRISPR/Cas系统与LAMP等温扩增结合可以提高检测灵敏度,然而两个反应之间存在竞争关系,需要采用两步法,且反应温度不兼容,LAMP的最佳反应温度范围为60 -65 ,该范围内Cas12a活性显著降低。

先前已有研究利用CRISPR/Cas系统开发多重核酸检测系统,例如使用多种不同的Cas蛋白的SHERLOCK V2平台、使用液滴微流控技术为不同靶标创建独立空间等。然而SHERLOCK平台限制了多重检测的通量,液滴微流控方法需要复杂的仪器以及专业人员的操作,不适合现场即时检测。

这篇文章介绍了一个名为SEDphone的多重即时检测平台,该平台基于CRISPR/Cas12aRT/LAMP技术,整合离心微流控芯片、双温区加热模块以及智能手机便携式设备,即时检测流感病毒的五种不同亚型,检测时间约45 min,灵敏度为10 copies/μL。相关成果以“SEDphone: Spatial encoding of centrifugal microfluidic disc integrated smartphone-controlled platform via RT/LAMP-CRISPR/Cas12a system for influenza virus subtypes detection”为题发表在Sensors and Actuators B: Chemical上(DOI10.1016/j.snb.2024.136196)。



02

研究内容

1.SEDphone平台原理

1 SEDphone系统工作流程示意图

SEDphone平台由一个完全集成的离心微流控芯片、双温模式加热模块和一个光学检测模块组成。芯片被分为八个单元,每个单元包括LAMP扩增室和CRISPR/Cas12a检测室。样品加到芯片后分别在扩增室和检测室反应(图a),当特定单元出现明亮荧光信号表明样品属于相应亚型,实现对多重靶标的有效识别。

2.LAMP-CRISPR/Cas12a多重检测系统

2 LAMP-CRISPR / Cas12a多重检测系统的性能研究

为了方便应用于不同的靶标,他们基于LAMP-CRISPR/Cas12a系统开发了一个通用的设计流程(图a)。首先从NCBI获得五种流感病毒亚型的序列并确保序列保守性,对每种亚型都筛选出切割效率高的crRNA用于后续LAMP引物筛选。然后对筛选出的LAMP引物进行扩增效率和灵敏度测试,选出最佳的LAMP扩增引物。通过5×5矩阵测试(图b)验证的crRNALAMP引物的特异性,结果显示特异性好,没有交叉活性(图c)。然后对100010010 copies/μL的质粒样本进行LAMP扩增和CRISPR/Cas12a检测,结果显示每个亚型的敏感度为10 copies/μL

3.离心微流控芯片的表征

3 离心式微流控芯片的结构

离心式微流控芯片由三层组装而成,中间的流体层采用PMMA材料制成,两侧的盖层和密封层由光学透明度良好、粘合性能强的压敏胶PSA材料制成(图a)。圆盘的中心轴与离心设备的加热块及旋转轴匹配,整个圆盘对称分布着8个相同的反应单元,每个反应单元包括储液池、第一连接通道、扩增腔室、第二连接通道、缓冲腔以及检测腔(图b),扩增腔和检测腔预先嵌入试剂,储液池则采用玫瑰花型设计,使样品可以均匀填充到每一个样品池中。为了确保流体可以通过不同的离心力在不同时间进入扩增室和检测室,他们对第二连接通道进行优化(图d),当第二连接通道为直流结构时,流体会同时进入扩增室和检测室,然而采用弯曲结构后,流体进入两个腔室的离心力存在显著差异,成功实现了两步反应(图e)。

4.便携式智能手机设备平台设计

4 基于智能手机APP的设备

为了实现便携式检测,他们设计了一款智能手机设备及安卓手机应用程序(图a,b),应用程序有三个操作界面(图d),TEMPERATURE界面用来设置温度,CAPTURE界面捕获荧光图像和采集参数,ANALYZE界面检测荧光值并定性检测。图eSEDphone荧光检测性能进行测试,结果显示相同浓度的荧光染料具有相似的荧光强度。图f表明荧光强度与FAM染料直线存在线性关系。

5.双温模块

由于RT/LAMP扩增和CRISPR/Cas12a的反应温度不兼容,所以他们使用热传导的传热方法,利用一个铝热块来实现双温控制,图a为使用COMSOL对双温区的模拟结果。然后他们用红外热像仪检测温度分布(图b)并绘制了温度的三维表面图(图c),结果显示扩增室和检测室与加热器温度呈线性关系(图d,e),且不同单元之间反应温度一致(图f)。红外图像(图g)显示芯片表面温度在3分钟内稳定(图h,扩增室温度稳定在62,检测室温度稳定在42 

5 双温区模块的性能测试

6.SEDphone平台的临床验证

6 检测流感病毒临床样本分型的SEDphone平台

为了评估SEDphone的临床实用性,他们使用38个样本进行测试,其中包括22个感染流感病毒的阳性样本和16个阴性样本,分别使用qRT-PCR方法和SEDphone平台分别检测(图a),图b以临床样品No.2为例,表明该平台没有假阳性和假阴性的结果,且H3N2单元的荧光强度高于阴性单元,表明为H3N2亚型。图cd结果表明SEDphone平台与qRT-PCR方法得出的结果一致,说明该平台在临床研究中应用是可靠的。

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研究小结
这篇文献介绍了一种便携式多重呼吸道病毒检测平台SEDphone,该平台基于RT/LAMP-CRISPR/Cas12a技术。主要进展如下:(1)结合RT/LAMPCRISPR/Cas12a技术的优势,实现高灵敏度、特异性和快速检测,检测限为10copies/μL(2)设计了8单元全封闭离心微流控芯片,可以同时检测五种流感分型基因。(3)通过热传导的方式,仅控制单一温度即可实现双温区,克服了RT/LAMPCRISPR/Cas12a反应温度差异的问题。(4)使用SEDphone平台测试38个临床样本,并将结果与金标准qRT-PCR”进行了比较。阳性预测值和阴性预测值均为100%(5)利用智能手机和开发的应用程序进行控制和分析,实现病原体的便携式和即时检测。


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THE END
一览众山小

撰稿人|TXY
校稿人|HD
推送|HD
参考文献>>

[1] SEDphone: Spatial encoding of centrifugal microfluidic disc integrated smartphone-controlled platform via RT/LAMP-CRISPR/Cas12a system for influenza virus subtypes detection. Sensors and Actuators: B. Chemical 2024, DOI10.1016/j.snb.2024.136196.


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