资本主义的兴起，使意大利形成了早期资产阶级知识分子。他们的特点是敢于向教会思想挑战，反对宗教迷信的束缚。欧洲新兴的资产阶级强调思想自由和个性解放，反对反动的教会封建统治，达.芬奇、哥白尼、勃鲁诺号召人们“寻找真理”。培根(Bacon)认为，自然界是物质的，不依赖于人的意志而客观存在的；笛卡儿(Descartes) 提倡人类理性解放，主张发展科学，理论联系实际。思想的解放促进了自然科学的解放，使自然科学得以诞生，真正的自然科学只是从15世纪下半叶才开始。
新兴的资产阶级的口号是“我是人，我应该了解人的一切”，以此来反对神学的统治。他们一方面传播新文化，一方面竭力钻研和模仿古代希腊的文化，因此称为“文艺复兴”。1543年哥白尼出版《天体运行论》，标志着科学史上文艺复兴的开始。
医圣希波克拉底、解剖之父盖伦和“中东医圣”阿维森纳的医学思想在欧洲得到发扬的同时，也受到批判。 盖仑之后，整个欧洲完全被他耀眼光芒所掩盖，在此后的近1700年里，解剖学和生理学的研究处于严重的停滞状态，因为每件事情都已被盖仑研究过并得出了结论，他的理论被教堂里的神父、阿拉伯人及希伯莱的学者接受，怀疑盖仑就相当于置疑了整个宗教，将会受到宗教裁判所的惩罚。中世纪被称为是医学的黑暗时代，因为在这个时期很难看到人类智慧的光芒，希波克拉底医学体系中注重客观观察、实践研究与科学逻辑相统一的传统被抛到脑后，所有的努力全部在于对经典书籍的反复研读和注解上，治疗上主要就是放血、鸦片和各种稀奇古怪的毫无实际作用的药方。瘟疫的几次大流行让宗教主导了医学，因为疾病是上帝对人的惩罚，所以治疗是违背上帝意愿的；当瘟疫来临时，人们常常热衷于对犹太人的及行为古怪的妇女进行残暴迫害。人类的医学在这个时代进展不大，甚至在某种意义是长时间的倒退！
巴拉塞尔萨斯(Paracelsus，1493-1541)
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文艺复兴运动中，怀疑教条、反对权威之风兴起。于是医学界也产生了一场以瑞士医生巴拉塞尔萨斯(Paracelsus1493-1541)为代表的医学革命。中世纪的医学学校中，主要讲阿维森纳的《医典》，以及盖伦和希波克拉底的著作。教师照本宣科，一切墨守陈规，毫无生气。巴拉塞尔萨斯反对希波克拉底和盖伦的权威，主张新医学，新思想。巴拉塞尔萨斯首先指出人体的生命过程是化学过程，他在巴塞尔大学任教时主张用流行的德语写书和讲演，使医学更容易为大众所接受，这是一件伟大的改革。
巴拉塞尔萨斯重视实践，反对烦琐的经院哲学，反对中世纪的传统和权威观念。他认为“没有科学和经验，谁也不能作医生”“我的著作不象别的医生那样，抄袭希波克拉底和盖仑，我是以经验为基础，用劳动写成的。”他号召全体医生不要“终生在炉边坐拥书城，乘坐在一只愚蠢的船上”，而是应该聚集在病人身边，注重观察、实践。
巴拉塞尔萨斯在医学史上是一个非常有争议的人物，从绝顶天才到江湖骗子(他号称可以从一只葫芦中生出一个侏儒来)，从医学化学的奠基人到科学史上古怪的小角色，各种评价不一而足，但值得肯定的是：他吹响了医学进入实证医学和临床医学的号角。
巴拉塞尔萨斯反对过去那种死板的作法，他号召内科和外科重新结合起来。他曾被誉为医学上的马丁·路德：“你怎么能把它另立为一个学科和职业呢？你是医生，也是傻瓜！在法律上你是内科医生，在治疗上你是外科医生。病人所要求的是治疗——是治疗——治疗需要外科，而不是医学理论，但是外科医生却需要有医学理论——内科。也可以说不存在那种不是内科医生的外科医生，外科医生应起源于内科医生，外科医生是通过他的工作成绩来检验他作为内科医生的能力。如果内科医生不同时又是一个外科医生，那他就是一个偶像，正像一幅画出来的猴子，总不能让理发师永远地跟在内科医师后面吧！”
在他的论著中从科学角度批评了切石术，提倡以解剖为基础，分层次，非粗暴的手术，也反对内科医师命令理发师用放血的方法治疗结石引起的肾绞痛。他勇敢地向墨守陈规和盲目崇拜进行斗争，公开焚毁了盖仑和阿维森纳的著作。在封建社会，各民族无例外地禁止解剖尸体，因此人体解剖学得不到发展。这个时代的医书，解剖图几乎全是根据动物内脏绘成的。而文艺复兴时代的文化，把人作为注意的中心，这反映在医学领域内，人们首先重视的就是人体的构造。
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