2021年，厦门大学王传超教授课题组与哈佛医学院David Reich教授团队合作，联合全球43个单位的85位共同作者在Nature期刊上发表了一篇名为《Genomic Insights into the Formation of Human Populations in East Asia》（《从基因组学角度看东亚人群的形成》）的文章，通过古DNA精细解析东亚人群形成历史。
文章研究了东亚地区距今8000到1000年前166个古人基因组捕获测序数据，涵盖了中国陕西新石器时代五庄果墚遗址、中国台湾新石器到铁器时代汉本和公馆遗址、蒙古国50余个考古遗址、俄罗斯远东地区Boisman、Yankovsky和黑水靺鞨等遗址、日本绳文人遗址等。另外，还测出了中国和尼泊尔46个现代族群的383个样本的芯片分型数据以及108个考古碳十四测年数据。
文章主要研究成果如下：
1.汉藏同源：5000年前黄河流域的农业人群在中国北方传播农耕、汉藏语言和相关技术，在遗传上成为了藏族和汉族的共同祖先人群之一。
2.南岛与壮侗同源：3000-2000年前台湾地区的古人与大陆壮侗语人群有紧密的遗传关系，南岛语人群形成过程中还受到来自北方农业人群的基因混合影响，南岛和壮侗的祖先人群向南扩张，传播南岛语和壮侗语，并对南亚语人群有遗传贡献。
3.蒙古和通古斯语人群与西辽河农业人群关系不大：自蒙古高原、贝加尔湖到黑龙江流域的广大地区的8000多年前的采集狩猎人群与其后的蒙古和通古斯语人群有着较强的遗传连续性，在遗传上并未明显受到来自农业人群的影响，反驳了语言学家Martine Robbeets提出的西辽河农业人群的扩张促成了原始泛欧亚语(Transeurasian)传播的假说。
4.综合考古学、语言学等证据，研究人员发现人群大规模的迁徙和混合使得东亚地区人群之间的遗传差异越来越小，现代的东亚族群之间的差异比8000年前减少了至少4倍。
5.南北方汉族的祖先人群主要是由新石器时代南北方农业人群混合形成的，由北向南呈现梯度混合模式。
这项研究系统性地重构了东亚人群的形成、迁徙和混合历史，是当时国内开展的东亚地区最大规模的考古基因组学研究，改变了东亚地区尤其是中国境内考古基因组学研究长期滞后的局面。
古DNA分析在解决历史问题方面具有独特优势。它可以通过对古代人类遗骸的DNA进行测序，重建人类的遗传历史，揭示不同人群之间的亲缘关系和演化路径；了解他们的迁徙模式、人口流动和社会交往情况，从而揭示古代社会的组织结构和文化交流；还可以检测到古代人类携带的病原体，从而揭示古代疾病的传播途径和流行情况；还可以解决许多历史上的争议和谜团，如古代文明的起源、民族人群迁徙等，比较典型的一个案例：土耳其人一直以突厥人后裔自居，但近年来的基因检测证明，他们中大部分其实还是土著居民，更接近希腊、亚美尼亚能周边人群。
另外，古DNA分析还可以提供关于古代环境变化的信息。我们通过对古代人类遗骸的DNA进行测序，可以了解古代人类的生活环境和生态系统，从而揭示古代环境的变化趋势和影响。
分子人类学像一把锋利的手术刀，它可以精确地剖析人类群体之间的遗传关系，通过分析DNA序列中的特定标记，如线粒体DNA和Y染色体DNA等非重组区域，来追溯人类的母系和父系祖先。很多时候结合考古学、历史学等学科，对于我们廓清很多历史真相能起到一锤定音的作用。
