基于测序的HLA分型,商业化进展如何?

文摘   2024-10-21 20:31   上海  

如题,欢迎留言讨论。

最近,西班牙老牌诊断公司Werfen2500万美元现金完成了对匈牙利基因检测公司Omixon的收购。

Omixon专注于移植诊断的NGS的开发,为组织相容性实验室提供技术和产品,主要包括HLA分型相关的NGS产品。此次收购扩大了 Werfen 为医院和临床实验室提供的移植诊断解决方案组合。

Werfen是一家专业诊断仪器、相关试剂、自动化工作单元和数据管理解决方案的开发商、制造商和全球分销商,业务线包括止血、急性护理诊断、输血、自身免疫和移植。

Werfen2022年以约20 亿美元收购了美国的输血和移植诊断公司 Immucor,从而进入到了移植诊断的专业领域。Immucor提供多种输血和移植诊断产品,包括Lifecodes HLA抗体筛查和鉴定,以及SSO分型的产品。

2015年底, Immucor Sirona Genomics 合作,宣布推出 MIA FORA NGS高分辨率 HLA 分型解决方案,可准确、全面地覆盖 11 HLA 基因。MIA FORA NGS 拥有独特的自动化或手动运行的高效工作流程,适用于 Illumina MiSeq平台。MIA FORA NGS 分析软件是专为 HLA NGS 分型打造,使用三种算法进行准确基因分型调用、专有数据库进行准确映射和比对以及智能标记系统(使用户能够快速进行准确的等位基因调用)的产品。(次年三月,Immucor收购了Sirona Genomics。)

MIA FORA 的希腊文意思是一次,它使 HLA 实验室能够一次即可完成高分辨率匹配,无需进行二次测试来解决歧义问题MIA FORA 产品组合实现了对 Immucor LIFECODES 移植产品系列的补充。

而在收购 Immucor 一年后再次收购Omixon,这无疑表明了Werfen继续投资移植诊断的决心。

Omixon 拥有全面的 NGS 产品组合,加上强大的生物信息学能力和移植领域的新解决方案,这扩展了Werfen/ Immucor的移植业务线。

具体来看,在基于NGSHLA分型上,Omixon也提供了Holotype HLA 分型检测,可在 Illumina仪器上使用。它其提供的HLA Twin 软件结合使用,可实现超高分辨率的自动化分析,几乎不会产生歧义。

重要的是,在长读长测序上,Omixon率先开发了NanoTYPE基于纳米孔长读测序的HLA分型方法,提供了最快的基于测序的分型,并配套了分型软件NanoTYPER,也可以与ONT 的快速条形码库制备相结合。

纳米孔测序的一个主要优势是长读取有助于对甚至长距离 SNP 进行定相,从而减少歧义。所有 11 个基因位点(HLA-ABCDQA1DQB1DPA1DPB1DRB1 DRB345)均在单个长距离多重 PCR 中扩增。用户可以在 2 种不同的方案之间进行选择,既可用于单个样本紧急分型,也可用于多个样本。1 个样本的总操作时间为50 分钟,从 DNA 到测序仪约 3 小时 40 分钟,而从 DNA 到结果只需约 5 小时。

此外,针对单基因座测试,Omixon还提供了NANOTYPE MONO MONOall,以24 96 两种格式提供 RUO 产品。

纳米孔测序简便的工作流程、快速的周转时间以及无需对仪器进行资本投资使其成为移植实验室中理想的技术补充。可以说,这代表了HLA 测序的下一个阶段。而这可能是Werfen在已经有了MIA FOR A基于NGSHLA分型产品之后还愿意收购Omixon的主要原因。

当然,在HLA分型之外,Omixon还开发了其他移植器官监测相关的qPCR/dPCR产品。如QTRACEDigitalTRACE用于常规监测外周血和/或骨髓中受体来源的白细胞水平,用于精确的嵌合性分析;如HoloGRAFT ONE 检测用于在移植过程中检测dd-cfDNA,测量移植接受者体内供体来源的细胞外游离 DNA 的绝对数量和相对数量。尽早发现移植排斥、损伤或疾病复发对于调整移植接受者的治疗方案、移植物存活率和提高患者的生活质量至关重要。这些技术和产品为器官监测提供了创新的解决方案。

收购Omixon使 Werfen 继续扩大其面向医院和临床实验室的移植诊断解决方案组合。在Immucor基于SSONGSHLA 分型解决方案之后,此次收购又补全了基于长读测序的HLA分型产品,同时开始布局dd-cfDNA用于移植监测的解决方案。

后续,可能看到后续Werfendd-cfDNA用于监测器官移植效果的NGS解决方案的开发(这方面nateraCareDx跑得相对靠前),或者再次通过收购来补全这方面的产品。

国内有哪些公司在致力于这方面的开发?欢迎留言,可广而告之。

参考:
https://www.omixon.com/werfen-acquires-omixon/

https://www.omixon.com/products/nanotype/

https://transfusionandtransplant.werfen.com/zh-hans/product/mia-fora-ngs-mflex-hla-typing-kits/

https://www.werfen.com/en/werfen-completes-acquisition-immucor-inc-expanding-leadership-specialized-diagnostics-0

https://www.biospace.com/immucor-and-b-sirona-genomics-b-launch-mia-fora-ngs-hla-typing-solution

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