科研界的“悟空”传奇:揭秘组蛋白修饰的“七十二变”

学术   2024-08-23 12:35   浙江  

导语


当《黑神话:悟空》以国风之姿横扫全球,科研界岂能甘于平凡?

在生物学的浩瀚星空中,翻译后修饰(PTMs)正如那璀璨的新星,尤其是新型酰化修饰,简直是科研界的“筋斗云”,一飞冲天,引领潮流。景杰生物PTMab作为修饰抗体专家,不仅是国产抗体,更是全球修饰抗体的领跑者,在表观遗传领域深耕数十年,在同行中遥遥领先,在广大客户群体中备受好评。

如果科研界也有“蟠桃盛会”,那景杰生物PTMab的展位定是人头攒动,因为我们拥有全球种类最多的修饰泛抗体宝库,以及超过300种组蛋白位点抗体。但即便是“大圣”也有挠头之时,小编在科研一线,就常听到这样的“紧箍咒”式疑问



研究组蛋白修饰,是该请出‘组蛋白本尊’,还是来个‘全蛋白大杂烩’呢?



我的组蛋白WB怎么成了‘无字天书’,条带呢,我的条带去哪儿了?


别急,科研路上的“观音菩萨”——小编我,今天就来一场“内部揭秘”,为你解答这些组蛋白位点抗体使用中的“九九八十一难”


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提组蛋白还是提全蛋白呢?

如果提全蛋白效果不错的话,其实问题不大的,此时用上景杰独家,从无败绩的HOT裂解液就更好啦~关键是蛋白取样要新鲜;

如果没有效果,就需要提组蛋白进一步尝试。


图1 全蛋白孵育PTM-112RM的效果

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提组蛋白的“独门秘籍”?

选择合适的“变身术”,让组蛋白乖乖现身吧!

具体步骤可参考:

原来高分文章的组蛋白修饰 WB 都在用这种方法提组蛋白! 

WB 的无敌战神之路——组蛋白修饰 WB

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上样量: 少了怕看不见,多了怕浪费?

通常建议总蛋白上样量20-30 μg;根据样本修饰丰度情况适当增加,尤其是植物材料/动物组织 /细菌样本等。这就像悟空探路一样,需要找到“黄金比例”。


图2 蛋白上样量20μg

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转膜条件?

建议使用0.22 μm的NC膜(PVDF 膜也可以,但 NC 膜背景相对会干净),防止小分子蛋白转过。

更推荐传统湿转定流 200mA, 40min/定压 80V(对等的电流大概为 100mA) 1h 左右,小分子蛋白避免因转膜过度带来蛋白信号损失~

Tips:

转完膜后建议丽春红进行膜染色,判断转膜质量!!!这样才能实现蛋白的完美“穿越”。

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稀释液:抗体也爱喝“特调”?

建议使用2.5%-5%的BSA 作为一抗稀释液,按照说明书推荐稀释比进行,4℃过夜孵育(有利于与丰度低的修饰蛋白结合)。

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内参选择:谁才是我的“定海神针”?

看趋势必孵育内参,否则差异无意义。关键时刻内参也是“定心丸”。

选择内参的原则:样本类型(内参与蛋白样本亚细胞位置一致)等。比如 H3K18la 位点修饰抗体,内参可以使用H3 。

内参孵育方式

a.两组实验:同时制备两组膜,一组内参抗体(如 H3),一组组蛋白位点修饰抗体(如 H3K18la)。

图3 同时进行两组实验,其中一组用于内参孵育


b.抗体剥离液(剥离以后需曝光,判断是否剥离干净),剥离后从封闭开始孵育内参抗体。

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没条带?别急,可能是“隐身术”

造成组蛋白WB没条带的原因有很多,这里小编和大家一起分析一下:

蛋白修饰降解,切记要新鲜取材,低温操作哦~

蛋白含量少,有可能是上样量少或者是蛋白裂解不充分,建议加大上样量或者按照蛋白提取步骤充分裂解蛋白哦~

未使用0.22 μm的膜,孔径小的膜对小分子蛋白有较好的拦截吸附作用,尽管背景可能会稍稍高一些~

转膜转过了,确认一下你的marker是否还在膜上呢?如果不在了,需要适当缩短转膜时间哦~也可以用丽春红染色判断下转膜质量~

抗体选择有误这里有详细的抗体选择及孵育攻略哦~

组蛋白修饰没有条带,可以通过内参判断到底是修饰本身丰度低,还是整个样品有bug~

如果H3条带好好的,就说明是修饰丰度低,样本没问题

如果H3也有条带或条带极弱(上样量正常的情况下),说明提蛋白这一步就没有做好

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结果显示一条线:图太丑,拿不出手?

图4 组蛋白条带粘连成线







这个就是小分子蛋白跑胶的常见问题啦!原因主要有三个:

上样量太多,建议减少上样量;

梳子不合适,15孔梳两孔的间隙会更小,建议使用10孔梳避免条带粘连成线;

浓缩胶凝固不充分,以上两个原因都排除的话,造成的原因大概就是配胶时浓缩胶凝固不充分,导致样品向两边扩散进而粘连,还需要注意的是上样时不要太过用力,不然胶与胶板之间出现空隙也会造成蛋白条带粘连成线哦~

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特殊物种?我们也能“跨种族交流”

组蛋白是一类在进化过程中高度保守的蛋白质,尤其是核心组蛋白(H2A、H2B、H3 和 H4)。理论上将待研究物种的组蛋白修饰位点前后 4 个氨基酸与对应 human 的组蛋白修饰位点前后 4 个氨基酸进行比对一致的话,我们的抗体就适用于该物种。公众号后台回复“物种适用性”即可获得景杰抗体物种适用性比对结果~



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抑制剂推荐?定身“法宝”

针对组蛋白酰化修饰,裂解液在使用前除需要蛋白酶抑制剂外,还需要添加去酰化酶抑制剂(简称HDACIs),可减少细胞/组织中酰化修饰在提取过程中被去除的情况~

常用的HDACIs如曲古抑菌素(TSA)和丁酸盐(NaB/SB)可广谱性地抑制不同亚型的HDAC,浓度可参考说明书或已报道的文章。市面上也有很多公司售卖混合型HDAC抑制剂,有的厂家可提供试用装。


图5 商品化的HDAC抑制剂








科研之路虽长且艰,但有了景杰生物PTMab的“神器”相助,再加上小编的“法宝秘籍”,相信每位科研人都能像悟空一样~


以雷霆之棒,定恒心之针

   火眼金睛,明察秋毫

     最终取得真经!!


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