Genome Biol | 北大口腔医学院李铁军:乳酸化修饰促进口腔鳞状细胞癌进展机制

学术   2024-10-30 16:34   浙江  
景杰生物 | 报道

口腔鳞状细胞癌(OSCC)是一种常见的恶性肿瘤,起源于口腔粘膜的鳞状上皮细胞,占所有口腔癌病例的90%左右。其发病率和死亡率均较高,对患者的生活质量和生存预后构成严重威胁。OSCC的发病过程涉及多阶段的复杂变化,尽管已有研究探索了OSCC的分子机制,但目前对于其精确的分子病理仍知之甚少,这限制了有效治疗靶点的发现和新型治疗策略的开发。

乳酸化作为一种新型翻译后修饰类型,近年来被证实在多种肿瘤中通过直接靶向组蛋白和转录因子,影响关键基因的转录水平,进而参与肿瘤的发展。此外,乳酸化还能够作用于多种非组蛋白来参与调控细胞内的多种生物学过程。尽管乳酸化在肿瘤生物学中的重要作用逐渐被认识,但其在OSCC中的具体作用和调控机制尚不清楚

10月15日,北京大学口腔医学院李铁军张荷钰团队联合在国际知名学术期刊Genome Biology上在线发表了题为“Multi-omics reveals lactylation-driven regulatory mechanisms promoting tumor progression in oral squamous cell carcinoma”的最新成果,该研究通过蛋白质组学乳酸化修饰组学揭示了口腔鳞状细胞癌中受乳酸化调控的潜在调节网络,阐明了dexh-box解旋酶9(DHX9)K146位点的乳酸化修饰促进了OSCC的发生进展机制,为开发针对OSCC的靶向疗法奠定了基础。


该研究首先利用乳酸化泛抗体进行免疫组化初筛,发现OSCC组织中乳酸化水平显著提升,且与恶性肿瘤分级直接相关。通过对6对OSCC组织进行蛋白质组学乳酸化修饰组学分析,结果共鉴定到1033种蛋白质上的2765个乳酸化位点。然后通过CUT&Tag、转录组测序等技术,锁定到DHX9 K146位点乳酸化是OSCC进展的关键因素,从而削弱了其对OSCC的抑制作用,进一步促进OSCC的发生和进展。景杰生物为该研究提供了蛋白质组学、乳酸化修饰组学技术支持和系列乳酸化修饰抗体

01

OSCC进展中整体乳酸化修饰水平上调

为了探究乳酸化是否影响OSCC发生发展,研究团队运用景杰生物提供的乳酸化修饰抗体对81例OSCC病例进行免疫组织化学染色,并结合WB验证,结果发现与正常癌旁组织(NAT)相比,OSCC组织中的乳酸化水平显著升高OSCC的恶性肿瘤分级与乳酸化程度之间存在直接相关性,随着恶性肿瘤的增加,乳酸化水平也上升

为进一步鉴定OSCC组织和NAT之间乳酸化水平显著不同的蛋白质,研究团队对6对OSCC组织进行了蛋白质组乳酸化修饰组学分析。结果共鉴定到1033种蛋白质上的2765个乳酸化位点通过对蛋白质表达和乳酸化水平进行差异分析,研究团队发现OSCC中乳酸化水平普遍显著上调

图1 OSCC中的乳酸化水平显著高于正常癌旁组织

02

乳酸化对OSCC中生物学功能和相关信号通路的影响

研究发现,乳酸化广泛参与了细胞内的多种生物过程,特别是在细胞质和细胞核中的分布表明它可能在基因表达调控和细胞信号传递中发挥作用。此外,乳酸化还影响了一系列关键的代谢途径,包括糖酵解、脂质代谢和氨基酸代谢,这些代谢活动的调节可能对肿瘤细胞的生长和存活至关重要。

进一步的分析显示,乳酸化通过影响细胞活动、细胞间通讯以及与炎症和肿瘤发生相关的信号通路,可能在OSCC的发展中起到推动作用。特别是,乳酸化与肿瘤相关通路的显著关联,如Hippo信号通路、T辅助细胞17(Th17)细胞分化、白细胞介素17(IL-17)信号通路、糖酵解/糖异生和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路。以上结果表明,在OSCC发生和发展过程中,乳酸化水平的增加可能在这些途径中发挥关键调节作用

图2 蛋白质组学和乳酸化修饰组学富集分析

03

乳酸化相关的表观遗传调控

为进一步阐明OSCC中乳酸化修饰的生物学功能,研究将OSCC细胞系CAL27用10 mM乳酸处理24小时,而后对处理组和对照组样品使用景杰生物提供的泛乳酸化修饰抗体进行CUT&Tag-seq、ATAC-seq和RNA-seq分析。结果发现乳酸化能够增加染色质的可及性,尤其是在转录起始位点附近,从而可能促进相关基因的转录活性。这些结果表明,乳酸化通过改变染色质的结构,可能在调节OSCC相关基因表达中起到关键作用。

此外,通过对CUT&Tag-seq、ATAC-seq和RNA-seq进行多组学综合分析,研究团队确定了217个受OSCC中乳酸化的影响而表达增加基因。ChIP-qPCR等实验验证了潜在癌基因转录水平的改变,结果显示相比于NAT,OSCC中CASP3HSP90AA1HSP90B1TPRRASCCND1显著上调,提示其可能受到乳酸化水平的调控

图3 乳酸化驱动的癌基因集表达

04

DHX9-146Kla可能逆转DHX9对OSCC的抑制作用

最后,研究聚焦于口腔癌致癌的关键因子DHX9,其是一种多功能核蛋白,显著参与RNA加工、转录和翻译。研究发现与NAT相比,OSCC中DHX9的K146乳酸化水平显著增加

研究发现,过表达DHX9有效地抑制了细胞迁移和侵袭。而后通过细胞实验、氨基酸突变等实验,研究团队发现DHX9 K146la与野生型DHX9表现出不同的效应,乳酸化显著减轻了其对细胞增殖、迁移和侵袭的抑制作用,表明乳酸化DHX9可能显著促进OSCC的发生

图4 DHX9抑制OSCC的发生和进展,乳酸化可逆转其抑制作用

综上所述,该研究通过对6对OSCC组织进行蛋白质组学乳酸化修饰组学分析,并结合CUT&Tag等技术,揭示了DHX9 K146的乳酸化修饰促进OSCC的作用机制,强调了靶向DHX9 K146可作为新的治疗策略来恢复或增强DHX9的肿瘤抑制功能,从而抑制OSCC的进展。这一研究不仅增进了我们对OSCC分子机制的理解,也为未来的治疗提供了新的视角和潜在的干预点。

景杰评述

本研究首先从表型观察出发,发现OSCC的整体乳酸化水平上升,然后通过蛋白质组学乳酸化组学联合CUT&Tag等多组学分析,并结合乳酸化泛抗体验证,发现乳酸化可以影响肿瘤相关通路关键基因的转录,并进一步锁定了与该癌种相关的关键调控因子DHX9以及其乳酸化对OSCC进展的调控作用。本文的研究思路十分值得我们借鉴。

2024年,正值乳酸化修饰发现五周年,乳酸化修饰调控的深刻内涵和重要研究价值日益显现。在不到一年的时间里,4篇乳酸化重磅成果登上CNS正刊。一系列明星蛋白,如p53,cGAS等均可发生乳酸化修饰并改变它们的功能。同时,L-赖氨酸乳酸化(KL-la)、D-赖氨酸乳酸化(KD-la)和N-ε赖氨酸(羧乙基)乳酸化(Kce)三种修饰异构体的区分,亦使乳酸化的功能解析更加精细。乳酸化的精准研究已经迈向了全新时代!景杰生物现已全面提供L-乳酸化修饰、D-乳酸化修饰泛抗体,可特异性识别L-/D-乳酸化修饰,更真实、精确揭示L-/D-乳酸化修饰的相关功能与分子机制。此外,景杰生物可提供“从WB预筛选,乳酸化修饰组学分析,到运用丰富的乳酸化修饰位点特异性抗体进行功能验证,再到后续的CUT&Tag分析”等全流程服务,欢迎咨询!

参考文献:
Jing F, et al. 2024. Multi-omics reveals lactylation-driven regulatory mechanisms promoting tumor progression in oral squamous cell carcinoma. Genome Biol.

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