开展碳配额或CCER交易，必然会遇到增值税发票问题。
依据财政部、国家税务总局《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号），出售其他权益性无形资产属于增值税应税行为。通知附件《销售服务、无形资产、不动产注释》规定，其他权益性无形资产包括基础设施资产经营权、公共事业特许权、配额、经营权（包括特许经营权、连锁经营权、其他经营权）、经销权、分销权、代理权、会员权、席位权、网络游戏虚拟道具、域名、名称权、肖像权、冠名权、转会费等。
碳配额交易和CCER交易本质上属于其他权益性无形资产。
因此，按现行政策规定，出售碳配额和CCER应缴纳增值税。交割后，出售方应该按照“销售无形资产-其他权益性无形资产-配额”开具增值税发票，开票项目名称一般为“碳排放交易配额*无形资产”。
实际操作中，由于交易所挂牌交易方式并不提供交易双方联系信息，成交后采购方在交易系统中只能查询到对手方的客户名称。采购方只能根据出售方的单位名称自行联络开票事宜。采购方联络上出售方后，有的出售方配合开具了增值税专用发票，有的则以各种理由拒绝开具发票，导致采购方不能办理增值税进项抵扣和企业所得税税前扣除。
比如，2022年3-4月，采购方华润公司通过重庆联合产权交易所碳排放交易系统办理了三笔碳排放配额交易：分别向某碳融技术发展（重庆）有限公司和2位自然人购买碳排放额度，交易金额共计129.6万元。由于碳排放权交易使用单向竞价机制，系统不直接匹配交易双方信息，卖方在不知道买方信息的情况下无法向华润公司开具增值税发票，导致华润公司不能办理增值税进项抵扣和企业所得税税前扣除。后来，经过税务总局调研组的跟踪督导和重庆市税务局、市生态环境局和市联交所的三方支持下，某碳融技术发展（重庆）有限公司已于5月24日向华润公司开具增值税电子发票，两位自然人于6月8日开具增值税普通发票，并缴纳税款5,300余元。华润公司遇到的增值税问题获得圆满解决。
出售方面临的增值税问题更为棘手。未开具增值税发票或未申报增值税的，不仅有可能涉嫌偷税，被税务机关确认违规后还需要面临支付50%罚款和每日0.05%滞纳金。企业或个人应税所得事后调整的，还会被追缴企业所得税、个人所得税及滞纳金。
比如湖北谷城某水泥有限公司2022年在湖北碳排放交易平台出售碳排放配额取得销售款项计入营业收入，但未按规定申报缴纳增值税，造成少缴增值税82,467.93元和城市维护建设税4,123.40元，合计金额86,591.33元。当地税务机构稽查后认为水泥公司属于进行虚假纳税申报造成少缴税款的行为，定性为偷税。对该公司偷税行为造成的少缴税款86,591.33元，处50%的罚款，金额43,295.67元。
税务机关处罚的依据是《中华人民共和国税收征收管理法》（中华人民共和国主席令第49号）第六十三条第一款。即纳税人伪造、变造、隐匿、撞自销毁账簿、记账凭证,或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入,或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报,不缴或者少缴应纳税款的,是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追其不缴或者少缴的税款、滞纳金,并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
碳配额或CCER价格是否含税会造成显著的成本差异。比如定价100元含税，采购方获得6%税点增值税发票后，其中94.33元进入成本，剩余的5.67元进项税款可以用于抵扣消项税。反过来，100元若不含税，或者不能取得正规发票，采购方不仅采购成本增加，还会面临税前扣除等问题。
如果采购双方经过协商后依然不能就发票问题达成一致意见的，必然会诉诸法律诉讼。
比如，青海盐湖元品化工有限责任公司曾因为CCER交易增值税问题在青海省格尔木市人民法院起诉多家交易机构。其中，经法院调解，元品公司与部分出售方达成协议，出售方向其支付CCER交易增值税费后，元品公司撤诉。对于协商不成的其他出售方，元品公司则辗转在格尔木、北京通州人民法院发起多轮诉讼。
2024年6月，通州区人民法院公开开庭审理原告青海盐湖元品化工有限责任公司与被告某环保科技公司、被告某低碳科技公司、第三人北京绿色交易所有限公司碳排放权交易纠纷两案，案件涉及核证自愿减排量（简称CCER）交易的税费负担等问题。原告称，该公司通过北京绿色交易所有限公司交易平台分别向某环保科技公司、某低碳科技公司购买了CCER，交易已经履行完毕。原告认为，被告应根据交易金额开具相应价值的增值税专用发票，但遭到拒绝。这起案件是全国首例CCER交易涉税案，未当庭宣判。
为避免后续麻烦，交割前，双方交易员要厘清增值税开票要点；交割后，出售方尽快开票并缴税，避免因延迟缴税导致罚款、滞纳金、法律诉讼等一系列问题。
材料索引：
财政部、税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知
http://szs.mof.gov.cn/zhengcefabu/201603/t20160324_1922515.htm
襄税二稽罚﹝2024﹞6号
https://credit.hubei.gov.cn/xyyy/xyxxxqy/index.shtml?tagNum=2&searchState=1&entityType=1&keyword=%E6%B9%96%E5%8C%97%E8%B0%B7%E5%9F%8E%E6%B3%B0%E9%9A%86%E6%B0%B4%E6%B3%A5%E6%9C%89%E9%99%90%E5%85%AC%E5%8F%B8&tyshxydm=91420625695109693T
如何破解碳排放权交易中开具发票的难点
http://www.ctaxnews.net.cn/paper/pc/con/202406/26/content_212833.html
全国首例核证自愿减排量交易涉税案开庭
https://tzqfy.bjcourt.gov.cn/article/detail/2024/06/id/7970044.shtml
《完善碳排放权交易的税收管理》，国家税务总局深圳市税务局吴芬、曾敏君
http://www.ctaxnews.net.cn/paper/pad/con/202406/26/content_212831.html
《破解碳排放交易“开票难” 助推绿色低碳发展——税务总局指导重庆税务探索解决碳排放配额交易开票难案例》，国家税务总局办公厅
https://www.chinatax.gov.cn/chinatax/c102421/c5209910/content.html
中国裁判文书网-（2023）青2801民初627号）
https://wenshu.court.gov.cn/website/wenshu/181029CR4M5A62CH/index.html
