1644年4月李自成农民起义军占领北京。不久后，驻守长城东端山海关的明朝守将吴三桂投降清朝，并协同清朝与起义军作战。清军涌入关内，于6月6日占领北京。清朝皇帝入主紫禁城标志着清朝统治中原的开始。
在清朝夺取政权后，旋即出现了声称自己是明朝皇位继承者的人，因为明朝的最后一位皇帝已在李自成的包围中自尽。同时，明遗民也行动了起来。他们抵御清军，为光复明朝而斗争。
为了反清复明，南明朝廷和明朝的遗民们都做了很多工作，包括向当时的日本德川幕府请求援助出兵。
虽然从后世看，引入日军来反清复明，简直就是病急乱投医，但是在当时当地看来，女真人在当时是比日本人更可怕的存在。
明朝遗民们不仅向日本请求援助，还向罗马教廷申请过援助：
在清朝正式将宫廷从沈阳转移到北京前的1644年9月4日，去长崎经商的中国商人已经对战事作了报告。第一批报告非常生动细致地描述了李自成起义的背景、明朝末帝的自缢、吴三桂的山海关开关、清朝对北京的占领、清军的南下以及第一位声称继承了明皇位的福王的出现。
另一份简单得多的报告从对马藩发出，其中包括从釜山收集到的情报。所有这些报告都被送往江户，并在幕府内部得到处理。
不过，对幕府来说更重要的是，在1645年旧历12月，一位名叫林高的中国商人来到长崎。林高给长崎奉行带来了南明水军都督崔芝的书信，信中请求日本派遣军队帮助光复已灭亡的明朝。在林高出使后的40年里，南明又陆续派出了十几次求援使节以请求日本或是派出援军，或是提供军事物资。
其结果是，中国内陆和沿海的战略形势和政治形势在1639年锁国之后的许多年里一直都是幕府的重要议题。
林高和崔芝都是郑芝龙的属下。郑芝龙是当时以福州为据点的南明君主唐王（1604—1661年）的主要支持者。不过他早已为幕府所知，因为他早先是平户华侨头人李旦的帮手，而后担任过荷兰人的口译，也做过海盗和中国沿海的抗倭将领。
林高向长崎奉行提交了崔芝的两封长信，信中请求日本为光复明朝提供援助：
“恭惟日本大国……人皆有勇，人皆训练弓刃，人皆惯习舟楫……乞借三千之师”----
长崎奉行山崎权八郎直接将这些信件送到江户。
时任德川幕府将军的德川家光让老中松平信纲去咨询井伊直孝的意见。
彦根藩藩主井伊直孝是有资历的谱代大名，他从德川幕府二代目将军德川秀忠时代以来就一直担任将军的近旁顾问。经过长时间的激烈讨论，将军和他的顾问们决定暂时拒绝请求并等待情况的进一步发展。大目付（即负责监察的官职）井上筑后守政重与当时在江户的另一位长崎奉行马场三郎左卫门得到了如何让山崎回复林高的指示：
［老中回复说］鉴于日本与大明已在百年之内无勘合之交，日本人也不再进出中国，虽然近年中国船只前来长崎贸易，但它们都是秘密来航。因此［您可回复说］虽然此次林高前来请求，但此事不宜直陈于将军。请告知林高上述事项，并令其早日归国。
幕府暂且明确拒绝了乞师的请求。
或许应该说，家光想通过拒绝林高来测试其请求的诚意，因为家光怀疑林高是否真的是南明政府的使节，这在很大程度上是因为郑芝龙也参与了此事。由于当时没有官方的明朝政府，也由于多个竞争者同时觊觎着明朝皇位，所以就算郑芝龙没有参与此事，幕府自然也会深思熟虑。当时不存在任何正式的明朝政府，在南明的各个势力中谁能成功重新夺取中国也是未知数，再加上郑芝龙偏偏参与了此次乞师，所有这些因素都使幕府不得不慎重。
不过，将军对于向中国派遣援军依旧有着不小的热情。
常常参与幕政讨论的京都所司代板仓重宗在给侄子重矩的信中诉说了一个相当不同的将军立场。根据板仓的描述，将军并没有对回应中国的请求不感兴趣。相反，他不仅很感兴趣，甚至还构想了一个向中国输送日本援军的战争计划。
板仓在信中描述的计划概要总共包括2万名日本士兵：他们在中国沿海登陆，并在那里建设防御堡垒。他们一边向内陆挺进，一边继续建造堡垒。
其中一位参与者，即九州西北部的柳河藩藩主立花忠茂在从江户（日本各地藩主之所以都住在江户，就是因为德川幕府不信任各地大名，所以要求他们每年都要去江户一段时间，有利于集中看管监督）写给家臣的信中这样说道：
-----我认为不大可能会派出援军。但我们也不能判断将来是否还会有乞师，虽然目前的情况就是如此……虽然派遣援军似乎不可能，但北京已经陷落，我们甚至听说南京可能也已被占领，因此不能排除中国的皇帝或将军会再次突然送来乞师请求的可能性，所以我们不可掉以轻心。如果我方真的要派遣军队，那么我希望能够同去，虽然我需要找到一个合适的理由……我告诉他们［在下达命令］向长崎运输武器之时，我也会前去为自己［参加战争］买一些武器。我还听说如果朝鲜受到来自大明的攻击，那么［朝鲜也会］前来乞师。
1646年秋，郑芝龙派出的第二位使节黄徵明抵达长崎，再次寻求日本的帮助。
郑芝龙和隆武帝通过黄徵明送来了给将军和长崎奉行的书信，也带来了中国的绢丝作为礼物。信中又一次请求日本提供军事支援以抵御清朝，光复明朝。
不过他们说，“虽然我们上一次请求了5000兵力，但若正好是这个人数的话，我们将很难战胜敌人，所以请多派一些”。
隆武帝在信中提醒日本，鞑靼人自古以来是日本的敌人，他们曾“四五度”袭击日本。他也提醒将军，把蒙古人赶出中国的正是明朝。隆武帝暗示日本欠明朝一个人情，他主张，鉴于日本和明朝历史上的友谊，日本应当答应请求并派出军队。
在林罗山（江户初期的日本儒家学者）把备忘录提交给将军、老中、德川御三家（即纪州、尾张、水户）的藩主和井伊直孝后，御三家中有赞成提供援军的声音，这一赞成意见甚至在当年被报告给了朝鲜。
但反对派表示，日本不仅无法从派遣援军中获得任何回报，还会徒增日本的敌人。持有这个观点的，有家光的叔父纪州藩藩主赖宣和将军的老臣井伊直孝。
板仓重宗和立花忠茂在前一年春天的反应也表明家光对向中国派遣援军有着极大兴趣。但很快派兵的意愿因为一封信，被扑灭了。
长崎奉行从最近自中国沿海来到长崎的中国商船处得知，郑芝龙在福州战败，他目前正在与清朝协商投降的适当条件。
实际上，关于派遣援军的讨论已经进展到家光与对马国府中藩二代目藩主宗义成商议朝鲜能否同意让日本军队在支援南明时借道朝鲜的地步。但宗义成觉得这个想法不可行，因为他认为朝鲜还未从最近的清军侵略中恢复，无法在日本军队前往中国时提供粮食。
不用说，朝鲜肯定不会愿意让日本军队踏上它的土地!
1592年丰臣秀吉侵略朝鲜，借口就是“借道朝鲜，进入大明”。
那场日本与朝鲜的大战，也是万历三大争之一，朝鲜被日军荼毒的过去，朝鲜人是忘不了的，所以就算日本出兵，朝鲜也不会允许日本借道，因为真不知道日本会不会顺势就把朝鲜拿下了。
日本历史学家们试图论证幕府之所以多次直接拒绝援助南明，某种程度上是受制于成型于17世纪30年代，定型于1639年，并持续到19世纪50年代的锁国政策。有历史学家认为，日本拒绝参与此事是因为从常识上看，由于不久前发布了锁国政策，所以幕府无法提供援助。在正保二年（1645年）郑芝龙前来请求派兵之时，以及庆安（1648年）、万治（1658年）郑成功再次前来乞师之时，幕府拒绝请求全在意料之中，因为幕府想要“维持锁国政策”。锁国政策的目的是为了维持国内和平，幕府为了达到此目的而避免参与外国事务。
但是事实上，幕府的确拒绝了这些请求，但第一次的拒绝明显是想要争取时间以让形势进一步发展，同时搜集足够的情报以做出决定。幕府需要关于中国形势状况的情报和派出援军的合法理由。
另一派日本历史学者则认为，幕府对于向大陆派遣援军有着巨大热情，此事也在将军及其主要顾问之间引发了热烈讨论”。
大量史料证明在御三家和京都所司代板仓重宗的劝进下，家光甚至构想了“侵略支那的雄图”。只是这一计划由于南明军队的失败（他们没能足够持久地使自己一直作为一个“有望成功的选项”直到获得日本的援助）和谱代大名井伊直孝的强烈反对而流产。
正如老中在1646年11月27日对几位大名所写的，“根据［11日］长崎的来信，福州陷落，唐王［隆武帝］和［郑芝龙］一官放弃城池。因此不必继续调查此事”。
因此，关于南明为光复明朝而向日本请求军事支援一事，至少很难用锁国来解释幕府的拒绝，也不能将其看作是日本希望维护和平、想要避免参与光复明朝战争的必然结果。
因为幕府曾走到了派兵的边缘，一些与制定政策的幕阁走得近的人相信军事行动已然迫近。另外一些人则极力主张不参与战事。当南明的抵抗势力在福州经历了巨大失败后，关于派遣军队的所有想法瞬间失去了意义。无论板仓和立花（以及人数不知还有多少的其他人）如何热衷于派兵，鉴于败局已定，这一行动已然失去了意义。
但确实，幕府和大多数日本人对清朝抱有敌意并尽其所能地帮助南明。例如，幕府允许南明商人来到长崎贸易，而在一段时间内差别对待从清朝统治地区前来的中国人。
有日本人日记录道：“从南京来的船员们被禁止贸易，因为他们梳着满族的辫发。不过这一次暂且得到允许。但将来，只有‘当他们以中国的样式前来时’才能被允许贸易。”
众所周知，从清朝统治区前来的中国人都是辫发，因此这个决定很明显有利于不受清朝控制的商人，即要么是海外华人，要么是从南明统治区前来的商人。
这为郑芝龙的儿子郑成功开辟了一条直到17世纪50年代为止能够持续获得日本武器的渠道。虽然或许可以认为这一行为和上述政策反映了幕府的反清情绪，但它们也有可能是非法走私或合法贸易的结果。因为虽然国姓爷在1647年至1660年间至少向日本送去四次请求，但幕府没有对它们做出任何回应（虽然老中至少讨论过其中的第一次和第三次）。
幕府不仅优待从反清地区前来的中国商人，也愿意为想要定居日本（而不是留在中国）的明遗民提供避难所。
但过了17世纪40年代，光复明朝的希望已经微乎其微了。日本持续关注中国的形势，也是因为日本更关心他们自己的海外贸易。幕府出于安全和利益考量，幕府继续允许郑成功的船只来到长崎与日本进行利润丰厚的交易，但拒绝了所有要求直接提供帮助的请求。
日本人之所以对大清存在偏见，也是因为在日本人眼中，女真和蒙古没有太大区别，二者都属于北方少数民族。出于这一理由，女真即将统一中国的前景唤起了日本人心中关于蒙古入侵并重蹈13世纪覆辙的恐惧幽灵。
后来吴三桂发起的三藩之乱在17世纪70年代促使幕府加强国防，这对于防止日本人所担心的鞑靼入侵而言很有必要。在如此危险的环境中，幕府必须防患于未然。
在清朝取得胜利并统一全国后，这个由北方少数民族政权掌握的庞大且统一的中国引起了许多日本人的担忧，他们担心入侵会再次上演。当时著名的儒学者熊泽蕃山写道，这一新形势要求日本在接下来的一两年中必须做好抵御这一进攻的准备。
只是大清对日本真没什么兴趣。日本也是自作多情了。
而如果历史有另一种可能，即日本当年真的应南明的要求派来援军的话----
那么南明的名声，会比现在更差，毕竟从后世来看，南明与大清的斗争，不管如何，都是中华帝国内部不同民族间的内战，而南明政权为了自保，把一直对中国有觊觎之心的日本引来加入混战，简直就相当于卖国行为了。退一万步说，就算南明在日军支援下击退了满清，接下来会发生什么？将是南明为了“报答”日军的援助，会给钱甚至给地---再往下想都不知道会屈辱成啥样了----
但是另一方面，就算日军真的在中国沿海登陆，以当时满洲八旗的实力，恐怕也会很快让日本人有来无回了，甚至还会引发大清反攻报复日本的行动---
这个也的确是足够展开各种脑洞遐想的一段历史了----
