科研“捡漏”思路来了！公共数据库的单细胞+bulk转录组分析，0实验就发到6分+！这性价比绝绝子~

文摘 2024-11-24 10:01 上海

科研人，科研魂，发篇高分论文愁煞人。实验数据像座山，压得人喘不过气？别慌！今天生信湾就给你指条“光明大道”！

平时咱们做单细胞转录组分析，都需要自己收集样本去测序，动辄成千上万的测序成本，今天生信湾交给大家一个“占便宜”的做法，咱们也可以用公共数据库里现成的数据呀！0实验照样可以发到6分+！这性价比，就问你服不服？

好！下面生信湾先给大家打个样。这是近期发表在Journal of Translational Medicine上的SCI（PS：大家可以收藏一下这本期刊，生信湾发现它大量接受纯生信文）。此论文由温州医科大学附属眼视光医院的多个团队共同完成，基于公共数据库的数据，运用了单细胞转录组分析、批量转录组分析等方法，阐明了葡萄膜黑色素瘤（UM）中肿瘤细胞异质性及其潜在分子机制。闲话少叙，让我们一同深入探究这篇佳作！

1、单细胞解析UM细胞异质性：通过scRNA - seq剖析UM恶性细胞，揭示其在细胞内与细胞间的转录异质性，助力深入探究UM生物学本质。

2、构建基因特征实现精准分型预后：基于异质性确定相关基因程序，生成9 -基因特征，成功对UM分型，精准预测患者预后，推动临床分层应用。

PS：答案送到你眼前了，下一步就是复现它！思路匮乏或者技术上难以复现的小伙伴可以联系生信湾帮你实现！

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l题目：单细胞和大量转录组分析揭示了葡萄膜黑色素瘤的肿瘤细胞异质性和潜在的分子程序

l杂志：Journal of Translational Medicine

l影响因子：IF=6.1

l发表时间：2024年11月

研究背景

葡萄膜黑色素瘤（UM）是一种罕见且致命的眼癌，肿瘤内异质性（ITH）对其发展、治疗和预后有重要影响，但相关研究不足。本研究通过单细胞和批量转录组分析，揭示UM恶性细胞异质性及分子特征，为理解其ITH和患者分层提供依据。

数据来源

本研究生信分析数据全部来源于公共数据库，无需测序，性价比超高！

研究思路

整合17例UM患者scRNA-seq数据，经质控等分析恶性细胞转录异质性，用算法识别相关基因表达程序，分析分子特征与异质性关系，探究与免疫微环境关系，开发9基因标签并在多队列验证，用于定义亚型和预后。

主要结果

1. UM肿瘤细胞转录异质性

对17例UM肿瘤scRNA-seq分析，质控和去双后保留51464个单细胞。鉴定出7种主要细胞类型，37660个恶性细胞分19个簇，存在患者内和患者间异质性。用多样性评分量化，高ITMH肿瘤直径大等临床特征不同，肿瘤细胞有从低ITMH到高ITMH的进化趋势。

图1：细胞聚类、标志物表达、恶性细胞分布及分化轨迹

2. ITMH相关亚型特征与预后

ITMH高/低肿瘤恶性细胞间有120个差异表达基因，涉及不同功能通路。基于此定义ITMH亚型，高亚型预后差，多变量分析显示其是可靠生存预测因子，还与GEP和SCNA分类相关，可进一步分层风险。

图2：差异基因火山图、基因表达热图、生存曲线和森林图

3. 分子特征与恶性细胞异质性的关联

ITMH高的肿瘤细胞基因组异质性高，有特定染色体改变和基因富集。突变基因在高低ITMH肿瘤中不同。通过NMF识别出5个转录程序，不同ITMH肿瘤与这些程序有不同关联。

图3：CNV景观、突变基因分布、转录程序相关性及程序得分差异

4. 与免疫微环境重塑的关系

UM中免疫细胞重聚类，ITMH高肿瘤T细胞浸润和功能改变，TAM功能特征改变。ITMH高肿瘤恶性细胞与免疫细胞相互作用强，HLA分子表达高。定义ITMH高为促肿瘤亚型，低为抗肿瘤亚型。

图4：免疫细胞子集分布、免疫特征得分、转录因子活性、细胞相互作用等

5. 9基因标签的生成与验证

基于ITMH高/低肿瘤恶性细胞差异基因开发9基因标签，在多队列验证，预测的高亚型生存短，与现有分类器比较，在部分队列性能更优。

图5：9基因标签生成流程及在不同队列中的生存分析

文章小结

怎么样？本文的研究思路学到没？纯生信分析得到了一篇6分+的文章，复现容易，而且所用到的数据来源于GEO、UCSC数据库，特别适合经费不足但又想发高分文章的小伙伴们。年底将至，时间紧迫，好思路搭配好期刊，方能事半功倍！上面两点，自己拿不准都可以找生信湾帮你评估、设计方案哦，快冲吧~

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