IF=15.8！“乳酸化修饰”再攀高峰！南方医科大的这篇“单细胞+组蛋白乳酸化+糖酵解”研究新思路，都踩在点子上了！

文摘 2024-10-31 18:03 上海

文章不好发？办法有很多。

提高患者样本量，扩大实验量，多组学整合，整点高端实验（RIP-seq、Pull-down）等。

但是，提高“创新性”永远是最有性价比的！

生信湾今天带给大家的创新主题是“组蛋白乳酸化”。该内容首先在2019年的一篇Nature研究中提出，很快就成为表观遗传的重要调节方式，成为国自然的热点研究领域。近几年的发文量逐年翻倍（数据来源，pubmed）。关键是，小伙伴们这时候入手，时机刚刚好，既有很大的发展前景（发文逐年翻倍），又还没到人尽皆知的程度（预计今年300篇左右，绝对量还不太大），想商讨具体的思路和方法，就可以直接联系生信湾哦！

回到今天这篇文献，生信湾给大家准备的是一篇南方医科大学团队发表在15.8分的Drug Resistance Updates期刊中的一篇文章。作者采用多组学的方法研究组蛋白乳酸化与膀胱癌（BCa）顺铂耐药之间的相关性，干湿结合的研究思路令人拍案叫绝。快跟着生信湾学起来吧~~

本研究具有以下关键优势：

1.结合单细胞数据挖掘的热点：作者利用GEO和TCGA中的膀胱癌公共数据，特别是单细胞测序数据，进行数据挖掘，获得了一类独特的顺铂耐药上皮细胞群，节省了大量时间和经费成本，性价比MAX。

2.以组蛋白乳酸化修饰的角度，来解释膀胱癌的顺铂耐药机制：耐药现象背后的机制和途径可能是多种的，正如幸福的家庭千篇一律，不幸的家庭各有原因。作者从乳酸化角度出发，证明耐药BCa细胞的组蛋白乳酸化确实存在显著变化。

3.干湿结合验证了乳酸化修饰与耐药的相关性：作者在前期数据分析的基础上，初步筛选出转录因子YBX1和YY1，可能是BCa获得顺铂耐药性的关键靶点。为了证明这一结论，进行了功能实验来验证（纯分析可以吗？不做验证还能发15.8分吗？针对这类问题，我想答案也是显然意见的，纯分析可以，只是难以发到15.8这个分段了。生信湾个人判断，本文如果只是纯分析，估计应该在5分左右。那么，所以是否做验证试验，取决于小伙伴的心理预期与实际投入了）。

PS：各位小伙伴，“乳酸化修饰”思路这么香，目前的发酵时刻正式最佳入手时间，现在入场就是原始股了，若是再过2,3年，这个方向可能就人尽皆知了，创新性也会打折扣了。这么香的思路，还能做纯生信数据挖掘，不信你不心动。对于各位急需积累科研基础的人，生信湾随时在线静候你的到来，丰富多样的生信服务、课题设计已准备就绪。

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题目：单细胞转录组分析揭示组蛋白乳酸化与膀胱癌顺铂耐药的相关性

杂志：Drug Resistance Updates

影响因子：IF=15.8

发表时间：2024年3月

研究背景

顺铂化疗是转移性膀胱癌的主要治疗方式，但患者常复发且产生耐药。研究揭示表观遗传调控对癌细胞顺铂耐药性至关重要，涉及DNA、RNA甲基化和组蛋白修饰，影响药物蛋白表达，使癌细胞逃避治疗。新发现的乳酸化修饰可能在顺铂耐药中起作用，值得深入探究。

研究思路

研究结果

1.BCa单细胞图谱的建立和顺铂耐药性相关细胞簇的鉴定

图1BCa单细胞图谱和鉴定出的顺铂耐药细胞簇

2.顺铂耐药簇中的细胞间通讯

图2顺铂耐药簇中的细胞通讯

3.鉴定驱动顺铂耐药细胞簇的转录因子

图3驱动顺铂耐药细胞簇的转录因子

4.顺铂耐药细胞簇中的乳酸化上调

图4顺铂耐药细胞簇中的乳酸化上调

5.H3K18la促进BCa产生顺铂耐药性

图5 H3K18la促进BCa产生顺铂耐药性

文章小结

本文结合公共数据库中的单细胞测序数据，从“乳酸化修饰”的角度，探究其与耐药的相关性和关键基因，结合干湿结合，斩获15.8分的顶刊，在肿瘤领域发到这个层次，还是很有挑战。这么有创新性的文章一定要多多去读呀！重点推荐“乳酸化”方向，入场太早容易判断错误，入场太晚创新性受损，目前正是最正确的时间入场，要抓住这个热点浪潮。如果您对缺乏可行的思路和技术，欢迎扫码联系生信湾，让你轻松复现高分文章！

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