堪称“中医药”的天花板!清华团队:网络药理学+分子对接+少量实验,中药经方再现,即刻复现的SCI思路!

文摘   2024-11-01 10:00   上海  

哈喽宝子们,一日不见如隔三秋呐!生信湾一天都离不开你们呀嘿嘿~

看看今天又带来什么好东西了,没错,又是网药!说到能为人类作出贡献的发明创造,中医中药应该算一个,而其中的经方更是我们引以为自豪的。那研究中药经方高效的手段,网络药理学绝对是名列前茅!

今天分享一篇由清华大学发表在Journal of Ethnopharmacology上的SCI,通过网络药理学、分子对接、细胞实验和动物实验等多种方法,揭示了古汉养生精(GHYSJ)对阿尔茨海默病(AD)的保护作用及其潜在机制。网络药理学+干湿结合,可靠性拉满!中药经方就该这样做!

PS:答案送到你眼前了,下一步就是复现它!思路匮乏或者技术上难以复现的小伙伴可以联系生信湾帮你实现!

   

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l题目:基于网络药理学和分子对接的古汉养生精预防阿尔茨海默病的机制解读

l杂志:Journal of Ethnopharmacology

l影响因子:IF=4.8

l发表时间:20246

(注:公众号后台回复“123”获取文献全文!文献编号:20241101

阿尔茨海默病(AD)是常见神经退行性疾病,现有治疗方法受限。古汉养生精(GHYSJ)是源于中医经典的方剂,但其治疗AD的机制不明。本研究旨在通过网络药理学等方法揭示其机制,为AD治疗提供新策略。

研究首先通过TCMSP数据库筛选GHYSJ的活性成分及靶点,同时从GeneCards获取AD相关靶点。接着构建PPI网络和成分-靶点-通路网络,进行富集分析。然后进行分子对接,最后通过细胞和动物实验验证结果。    

1. GHYSJ成分及潜在靶点

通过TCMSP数据库筛选出155种能穿透血脑屏障的成分,对应多个潜在靶点。与AD相关靶点取交集后得到293个特定靶点,主要参与调节淀粉样聚集和PI3K/Akt信号通路。    

2. PPI网络

确定GHYSJ与AD相关靶点的293个交集基因,构建PPI网络分析得到44个核心靶点,发现APP也是重要靶点,提示GHYSJ作用机制可能与APP及其上下游靶点有关。    

3. GO和KEGG信号通路

对GHYSJ调控AD的靶点进行信号通路分析,GO分析涵盖生物过程、细胞成分和分子功能等方面。KEGG分析显示多个富集通路,包括癌症、神经退行性疾病、PI3K - Akt信号通路等。

   

4. 成分 - 靶点 - 通路网络

构建网络阐明155种成分与293个潜在靶点的分子机制,确定核心成分和核心靶点,主要活性成分包括甘草素、人参皂苷Rh4等,蛋白质ESR1、PIK3CA等交互广泛,BACE1在网络中起重要作用。    

5. 分子对接

对网络度较高的化合物和蛋白质进行对接,多数靶点与成分结合活性良好。确定核心化合物为甘草素和人参皂苷Rh4,核心基因靶点为BACE1,二者与BACE1有良好结合亲和力。    

6. GHYSJ对大鼠的影响

H&E染色显示GHYSJ对大鼠海马、心脏等器官无明显病理变化,证明其安全性。对GHYSJ口服液和血清的化学成分分析鉴定出多种化合物,包括甘草素和人参皂苷Rh4。

7. GHYSJ对细胞的影响

CCK8实验表明GHYSJ可在一定程度上减轻Aβ诱导的SH - SY5Y细胞损伤,细胞活力随GHYSJ浓度增加呈上升趋势。流式细胞术显示GHYSJ可降低Aβ诱导的细胞凋亡率,且能调节BACE1表达。    

这篇文章将网络药理学和中药经方治疗作用机制分析进行了完美结合,生信分析方法容易,实验难度也不高,思路清晰,环环相扣,干湿结合的方式使文章整体详实且有说服力,其思路复现起来也是杠杠容易。大家也可以照着这个思路调整自己的分析方案,如果您在分析中遇到问题,或是想用更新的分析算法工具提升文章level,快来和生信湾聊聊,让研究之路变得更加有趣和充实吧!        

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