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夏季悄然而至啦，大家课题的进度怎么样啦！是不是又陷入设计短路，脑瓜不灵光的怪圈中了？没错，现在发篇高分文章不仅选对期刊很重要，找准课题方向和设计好思路也是个大前提啊。今天生信湾在浏览文章时，发现一篇新鲜出炉的7+文章，充分运用了公共数据库，干湿结合耍的真的很不错，一起来看看!
这篇来自广东医科大学申志华副教授、海南医科大学卢彦达主任团队，通过“多个公共数据库+多组学测序”的经典思路，成功拿下7分+1区期刊！该研究主要对LAMC1基因进行泛癌生物信息学分析，运用多种统计分析方法如t检验、秩检验、Cox回归，并结合R软件，发现了HIF-1α/LAMC1信号传导的靶向干预可减弱细胞生长和侵袭。研究结果为癌症（特别是神经胶质瘤）的临床治疗提供了新的生物标志物和治疗靶点。ps：这样称手又高质量的选题真的不能错过，想要复现也不是难事，欢迎扫码联系生信湾聊聊，私人定制，你值得拥有！
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l题目：HIF-1α介导的LAMC 1过表达是胶质瘤患者预后的不利预测因素：来自泛癌分析和验证实验的证据 l杂志：Journal of Translational Medicine细胞外基质（ECM）是主要的非肿瘤细胞微环境，为周围细胞提供结构和生化支持,它也可以用作肿瘤的有用生物标志物和治疗靶点。层粘连蛋白C（Laminin C，LAMC）是层粘连蛋白的主要形式。其中LAMC 1广泛表达于组织的基底膜，与组织发育以及肿瘤细胞的侵袭和转移相关，可能促进癌症的发生和进展。虽然已有报道发现LAMC 1的一些生物学功能，但基于泛肿瘤的LAMC 1研究及其调控机制还不清楚。从GTEx数据库下载来自31个不同组织的LAMC1表达数据。从CCLE数据库下载包括21个肿瘤细胞系的LAMC1表达数据。从TCGA下载RNA测序以及相关临床和表型数据，包括来自33种癌症的11,069个样本。使用中国胶质瘤基因组图谱（CGGA）数据集下载并分析了分别包含693个LGG和GBM样本的两个数据集。 | | | |
| https://commonfund.nih.gov/GTEx | | | |
| https://portals.broadinstitute.org/ccle/ | | | |
| The Cancer Genome Atlas Program (TCGA) - NCI | | | |
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此研究运用多个数据库下载了表达数据，运用Sangerbox、UCSC Xena工具及逆行分析，并提取LAMC1基因表达数据，在数据矩阵中进行绘制分析，再评估癌症和正常组织间的表达水平，其次运用统计分析方法进行标准化、对肿瘤类型进行两组t检验，再运用R软件进行分析并绘制箱线图。为了考察LAMC1表达与患者预后之间的关系，使用Kaplan-Meier 方法和对数秩检验对每种癌症类型进行生存分析，又选取截断值，将患者分为高风险、低风险组，进行Cox回归分析探讨LAMC1表达与泛癌预后的关系。GTEx数据集显示LAMC1基因在人类中表达不同水平，在脑组织中表达水平较低（图1A）。然而，在CNS肿瘤中发现LAMC1的表达水平相对较高（图1B）。在TCGA数据中，LAMC1在胆管癌等癌症中存在高表达。相反，相对于正常组织，膀胱尿路上皮癌等肿瘤中LAMC1表达下调（图1C）。添加GTEx数据集中的正常组织作为对照后发现淋巴肿瘤的弥漫性大B细胞淋巴瘤等LAMC1的表达会增强（图1D）。Cox比例风险模型分析显示，LAMC1表达水平与肾乳头状细胞癌以及许多其他癌症类型患者的总体生存率（OS）显着相关（图2A）。LAMC1表达与多种癌症的DSS相关，包括膀胱尿路上皮癌等（图2B）。LAMC1高表达与上述患者的无病间隔（PFI）相关（图2C）。就LAMC1高表达水平与PFI之间的关联而言，森林图显示肾上腺皮质癌等患者预后不良（图2D）。Kaplan-Meier生存分析还显示，LAMC1水平高的低级别胶质瘤患者的OS、疾病特异性生存率（DSS）和PFI较差（图3）。ps：注意了，这里运用了Cox回归分析等确定了LAMC1表达与多种癌症之间的关系，进而为确定预后表达基因奠定基础，生信湾先点个赞~ 图2 LAMC1表达与泛癌中OS、DSS、DFI和PFI之间的关联图3 LAMC1表达与LGG患者的OS、DSS和PFI之间的关联的Kaplan-Meier分析ROC曲线分析显示，LAMC1表达是1年、3年和5年生存的预测因子，具有良好的预测价值（图4A）。Kaplan-Meier生存分析表明，LAMC1高表达与神经胶质瘤患者的不良预后相关（图4B）。单变量Cox分析显示，LAMC1表达、原发性复发-继发性（PRS）类型、组织学、分级、年龄和化疗是高危因素，IDH突变和1p19q联合缺失是低危因素（图4C）。多变量Cox分析显示LAMC1表达、PRS类型、分级、IDH突变和1p19q联合缺失也可能是独立的预后因素（图4D）。图4 CGGA数据库中LAMC1表达的临床病理分析CGGA数据的临床病理特征相关分析表明，LAMC1的表达水平与年龄（图5A）、分级（图5B）、PRS类型（图5C）、化疗（图5D）和组织学显着相关（图5G）在神经胶质瘤样本中。在这项研究中，与IDH突变体或1p19q共缺失相比，LAMC1在IDH野生型和1p19q非编码神经胶质瘤中发现高表达水平（图5E-F）。这些发现表明LAMC1参与神经胶质瘤的临床发展。图5 CGGA数据库中胶质瘤患者LAMC1表达水平与临床特征的相关性5.胶质瘤队列中LAMC1蛋白表达与临床病理参数和预后的相关性不同病理级别的胶质瘤和正常脑组织中LAMC1的IHC染色强度的代表性图像如图6所示。LAMC1在正常脑组织中几乎呈阴性（图6A-B）。如图6C所示，病理分级较高（G2-4）的胶质瘤患者的LAMC1总免疫反应评分高于病理分级较低（G1）的胶质瘤患者。通过Kaplan-Meier方法和对数秩检验进行的生存分析表明，与LAMC1表达低的患者相比，LAMC1水平高的患者预后更差，OS和DFS更短（图6D）。图6 根据组织芯片分析，LAMC1蛋白表达与神经胶质瘤患者的临床病理参数相关6.LAMC1敲低会抑制，而过表达会促进神经胶质瘤细胞增殖、迁移和侵袭选择LAMC1表达最高的HS683细胞和LAMC1表达最低的U251细胞进行后续实验。CCK-8检测结果显示，LAMC1敲低组细胞增殖明显慢于对照组，且与相关对照组相比，LAMC1过表达组细胞活力显着增强（图7A），菌落结果形成与CCK-8的发现一致（图7B）。此外，LAMC1敲低减少，而LAMC1过表达增加通过Transwell室迁移或侵入的细胞数量（图7C）。伤口愈合测定结果与迁移测定结果一致（图7D）。这些数据共同表明LAMC1促进神经胶质瘤细胞增殖、迁移和侵袭。图7 LAMC1干预对胶质瘤细胞增殖、迁移和侵袭的影响此研究运用公共数据库全面分析了LAMC1基因在泛癌中的表达和预后价值。运用Kaplan-Meier生存曲线和Cox分析表明LAMC1的高表达与多种实体瘤类型的不良预后相关。研究结果为预测肿瘤组织中LAMC1表达以进行临床预后判断提供了指导，该研究利用公共数据库进行分析验证，分析方法不失深度，内容设计也十分丰富，这都是妥妥的加分项，发表一篇7+文章看来也不难哈！还在观望的朋友，不要再犹豫了，随着公共数据库的广泛使用和挖掘，高分文章的发文难度就会变大，早上车早发文！欢迎扫码联系生信湾，将此研究的思路复现或对课题进行延伸，高分文章都是囊中之物! 为促进前沿研究的传播和交流，我们建立了专业交流群，长按下方二维码，即可添加小编微信进群，添加微信时请备注：学校/专业/姓名，如果是PI/教授，还请注明。
