生信湾，之前在做分析时发现几个关键基因，经过实验验证该基因与多种临床特征相关，想重点分析一下这个基因，丰富一下文章内容，请问单基因可以做生信分析吗？——当然可以啦！
粉丝一呼叫，生信湾马上到！PS：小伙伴们有什么思路上的问题可以私信我哦，我会根据大家的需求针对性分享创新思路，主打一个宠粉~
单基因分析怎么做？来看下这篇文章的做法：蛋白质组学+泛癌分析→确定关键基因→患者样本验证→预测转录因子→功能分析→肿瘤微环境分析（单细胞）→TIDE免疫治疗分析→药物敏感性预测。
这篇文章31天接收，发表在生信湾之前推荐过宝藏期刊——International Journal of Biological Macromolecules上（感兴趣的小伙伴可以看一看，点击跳转：IF 7.7！这才是当下的毕业神刊！43天接收：天然产物+网络药理学+分子对接，干湿搭配好上分！），探究了ANXA6在鼻咽癌中的作用及机制。文章思路生信湾帮你们整理好了，下面我们具体看看这篇“神刊佳作”吧！
PS：正所谓前人种树，后人乘凉！如果你手上有想要研究的基因（没有也没关系，咱们可以通过蛋白质组学+泛癌分析，筛选关键基因），可以试下这个思路，拿下一篇优秀文章还是很有把握的噢~如有技术和思路受限的宝子可以随时来找生信湾~
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l题目：ANXA6 表达是鼻咽癌肿瘤诊断、转移和免疫的潜在指标
l杂志：International Journal of Biological Macromolecules
l影响因子：IF=7.7
l发表时间：2024年11月
（注：公众号后台回复“123”获取文献全文！文献编号：20241127）
研究背景
鼻咽癌（NPC）在东南亚和中国南方高发，早期症状隐匿、易转移，死亡率高。其发生发展受多种因素影响，寻找有效的诊断和治疗标志物至关重要。本研究旨在探索ANXA6作为NPC生物标志物的潜力及相关机制。
研究思路
研究先培养5 - 8F、6 - 10B和NP69细胞系，收集NPC患者组织和血液样本，用iTRAQ标记定量蛋白质组学分析筛选差异表达蛋白，选定ANXA6深入研究。
通过多种生信技术综合评估ANXA6在NPC中的作用，包括功能、肿瘤微环境、免疫治疗和药物敏感性。
主要结果
1. 蛋白质组学特征及差异表达蛋白鉴定
利用iTRAQ技术对三种细胞系进行分析，共获得一定数量非冗余蛋白，从中筛选出19种差异表达蛋白（DEPs），这些DEPs有助于NPC发展，为后续研究提供基础。
图1 实验流程示意图、共同蛋白的维恩图及19种DEPs的柱状图
2. ANXA6表达分析
通过两个独立数据集及TCGA数据库分析，发现ANXA6在NPC中显著下调且与预后相关，在多数肿瘤中表达降低（泛癌分析），后续研究聚焦于ANXA6。
图2 ANXA6在NPC及泛癌中的表达分析
3. NPC患者中ANXA6表达的验证
经质谱、qRT - PCR、western blotting及免疫组化验证，ANXA6在NPC细胞系及组织中表达降低，且与临床特征相关；血清检测表明其与淋巴结和远处转移有关。
图3 ANXA6鉴定定量的质谱图、mRNA和蛋白表达水平的检测结果及免疫组化结果
4. NPC中ANXA6的潜在调节因子MYC
预测得到四个潜在转录因子，其中MYC在NPC中显著上调且与ANXA6负相关，其可能通过结合ANXA6启动子区域调节其转录，影响NPC发生发展。
图4 通过数据库预测的转录因子、其在NPC中的表达水平、与ANXA6的相关性及MYC的CHIP - seq数据
5. ANXA6在NPC中的功能分析
基于ANXA6表达水平分组进行分析，筛选出关键模块基因，发现其与免疫相关，与PINK1有关，GO和KEGG富集分析表明共表达基因主要涉及免疫相关过程和通路。
图5 ANXA6差异分析、WGCNA分析、关键基因鉴定、蛋白 - 蛋白相互作用网络分析及GO和KEGG富集分析结果
6. ANXA6的肿瘤微环境分析
通过分析发现ANXA6与免疫评分呈正相关，在单细胞数据集中主要表达于免疫细胞，其高表达于免疫细胞可能参与免疫介导的肿瘤抑制。
图6 免疫评分、ESTIMATE评分、单细胞数据集中细胞聚类和ANXA6表达分布及在不同免疫细胞中的表达
7. ANXA6在免疫治疗中的分析
TIDE预测表明高表达ANXA6的患者可能对免疫治疗反应更好，外部队列验证其在免疫治疗响应患者中高表达，高表达ANXA6与更好预后相关。
图7 TIDE计算的两组数据集的分数、外部队列验证结果、ROC曲线分析及生存分析结果
8. ANXA6的抗肿瘤药物敏感性预测分析
计算发现ANXA6表达与药物敏感性相关，高表达ANXA6的患者对某些药物更敏感，为个性化治疗提供依据。
图8 不同药物在高低表达ANXA6组中的IC50值及药物IC50值与ANXA6表达的相关性
文章小结
综上，本研究通过多种生信方法发现ANXA6在鼻咽癌中表达下调且与不良预后相关，受MYC调控，影响免疫，有临床及免疫调节意义。那ANXA6在其他肿瘤中是否有相似作用？换一种方式筛选关键基因是否能有新发现？小伙伴们开动脑筋，或许就能开辟新的研究方向了。有兴趣的宝子可以带着思路，来找生信湾一起头脑风暴，助你突破创新瓶颈，寻找适合你的研究思路！生信湾在此随时恭候各位噢~
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