孟德尔随机化也有自己的“搭子”了!45万大规模GWAS+多组学分析,学会这个思路,2图2表就能发14+分JAMA子刊!

文摘   2024-11-20 10:00   上海  

宝子们好,我是生信湾!你们知道现在流行各种“搭子”吗?什么饭搭子、学习搭子......咱今天要说的,那可是科研界超赞的一对“搭子”—— 孟德尔随机化和多组学分析。这俩家伙一联手,就知高分有没有?直奔一区12.5分的学术高峰,快来看看它们有多牛!

今天生信湾就给大家分享一篇孟德尔随机化结合多组学的高分文章,于今年11月发表在心血管顶刊《JAMA Cardiology》上。研究主要通过全基因组关联分析(GWAS)、孟德尔随机化(MR)、通路富集分析和组织富集分析等多种方法,对 453,041名欧洲参与者进行研究分析,揭示了主动脉瓣狭窄(AS)冠心病(CAD)相比独特的遗传风险特征及其潜在机制。话不多说,接下来咱们就开始进入今天的主题,一起来研读这篇文章吧~

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l题目:与冠状动脉疾病相比,主动脉瓣狭窄的不同遗传风险特征
l杂志:JAMA Cardiology
l影响因子:14.8
l发表时间:202411
(注:公众号后台回复“123”获取文献全文!文献编号:20241120
研究背景
主动脉瓣狭窄(AS)与冠心病(CAD)常共存,但AS特异性病因不明。该研究对453041名欧洲参与者(含18792名AS患者)进行GWAS分析,旨在明确AS独立于CAD的遗传风险因素,为AS发病机制研究提供依据,助力开发针对性治疗策略。
研究思路
本研究首先对18792名AS患者及434249名对照进行CAD调整的GWAS荟萃分析,再用LDSR评估遗传相关性,通过MR分析因果关系,接着用FUMA做通路富集分析,用LDSR分区化分析组织相关性,最后用FUSION进行转录组关联研究。
主要结果
1、遗传风险位点鉴定与分析    
对众多欧洲参与者(18792例AS患者和434249例对照)开展GWAS研究,识别出17个AS风险位点,13个具全基因组显著水平,6个新位点中5个在独立样本复制成功。经系列分析,明确部分位点独立关联,11个位点与AS特异性相关,为AS研究提供重要依据。
图 1 经冠状动脉疾病校正的主动脉狭窄曼哈顿图的全基因组关联研究    
表 1  冠状动脉疾病调整的全基因组显著和重复的主动脉狭窄危险位点的关联、
2、风险因素与 AS 及 CAD 的关系探究
综合运用遗传相关性分析与孟德尔随机化分析,揭示AS与CAD遗传相关性呈中等程度。在多种心血管风险因素中,磷酸盐是AS特异性风险因素,而其他因素对CAD影响更显著,为深入理解这两种心血管疾病的差异及潜在机制提供了关键线索。    
图 2 比较孟德尔随机化(MR)估计心血管危险因素对主动脉狭窄(AS)和冠状动脉疾病(CAD)影响的森林图
3、基于TWAS的AS疾病基因筛选
TWAS锁定9个位点的11个基因与AS显著关联,心耳等4组织各有3个关联。部分基因已在GWAS中提及,凸显多种组织生物过程与AS相关,且体现TWAS与GWAS互补。此发现为深入探究AS发病机制在基因层面提供关键指引。
   
表 2 全转录组显著主动脉瓣狭窄相关
文章小结
综上,本研究运用全基因组关联分析(GWAS)、孟德尔随机化(MR)等多组学技术,发现17个AS风险位点,明确其与冠心病(CAD)的差异,揭示潜在致病机制。文章逻辑严谨,思路清晰,成果突出!想掌握这些前沿技术,冲击高分期刊吗?快来找生信湾吧,让我们的专业团队来帮你把把关,下一个高分大牛就是你!

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