Dipanjan Pan: 互补反义寡核苷酸和CRISPR 效应子对使用纳米比色法进行基于DNA的通用病原体分析的协同作用

文摘   2024-11-26 18:30   北京  

针对目前传染病传统的检测方法需要昂贵的设备和复杂的操作,宾夕法尼亚州立大学Dipanjan Pan团队通过设计crRNA靶向序列和CRISPR-Cas12a酶,通过金纳米颗粒的比色作用,开发了一种用于检测病原体DNA的通用检测平台,可以快速检测多个病原体,包括沙眼衣原体、淋病奈瑟菌、耳念珠菌和人乳头瘤病毒。

1 基于吸光度变化和侧流层析检测两种方法的示意图


首先,针对作者四种DNA基病原体设计了CRISPR-RNA (crRNA),用于识别其保守基因区域,并根据其crRNA设计了相应的互补短链寡核苷酸(ssDNA)探针和连接探针。ssDNA巯基化与金纳米颗粒偶联。当靶标DNA 存在时,CRISPR-Cas12a酶会被激活,切割连接探针。由于连接探针的缺失,ssDNA探针无法与 AuNP表面的连接探针互补配对,阻止AuNPs的聚集,溶液保持红色。当靶标DNA不存在时,连接探针保持完整,ssDNA探针与AuNPs聚集,溶液颜色从红色变为紫色或蓝色。通过观察颜色变化,可以判断目标DNA是否存在。

2 沙眼衣原体(CT)和淋病奈瑟菌(NG)的CRISPR RNAcrRNA)、相应的接头探针和单链寡核苷酸序列的示意图


作者在设计crRNAssDNA探针和连接探针,对CRISPR-Au-DNA检测进行了初步的验证,通过紫外-可见光谱、动态光散射(DLS)和琼脂糖凝胶电泳评估AuNPsssDNA在偶联过程中的稳定性。并验证了 Cas12acrRNA、靶标DNA、接头探针和蛋白酶K在整个检测的过程中都是不可或缺的一部分。同时也验证了ssDNA和接头探针浓度和温度对检测传感效能的影响,并进行了灵敏度和特异性,最后在宫颈拭子和尿液样本中进行了验证。

标识化临床样本进行衣原体和淋病检测

最后,作者研究人员将CRISPR-Cas12a技术与侧流层析技术相结合,构建了一个多功能检测平台。当样品在试纸条上移动时,如果存在目标DNA,接头探针会被Cas12a酶切割成碎片,导致FAM/生物素标记的ssDNA探针无法与接头探针上的互补序列结合。相反,如果没有目标DNA,接头探针保持完整,FAM/生物素标记的ssDNA探针可以与接头探针上的互补序列结合。测试线(T)上固定了链霉亲和素,它会捕获结合了生物素标记ssDNA探针的夹心结构。随后,抗FITC/FAM抗体包被的金纳米颗粒会被FAM标记的ssDNA探针吸引,在测试线上形成红色的测试带。而控制线(C)上的抗体则捕获未反应的抗FITC/FAM抗体包被的金纳米颗粒,确保试纸条正常工作。

4 侧流层析试纸条工作原理



点 评:

1.文章介绍了一种基于CRISPR-Cas12a的新型比色检测方法,利用金纳米颗粒(AuNPs)和DNA杂交原理,设计并合成了针对不同病原体保守基因区域的crRNA以及对应探针,为病原体检测提供了一个通用的框架。
2.文章构建了一种多路侧流层析检测平台,扩大了其在快速临床监测方面的实用性,并能够同时识别多种感染。


声明:

1. 本文版权归原作者所有,公众号和媒体转载请与我们联系!

2. 因学识有限,难免有所疏漏和谬误,恳请批评指正!

3. 本文主要参考以下文献,仅用于对相关科学研究的介绍、评论或课堂教学,不得作为商业用途。如有任何版权问题,请随时与我们联系!

Ketan Dighe, Parikshit Moitra, Pranay Saha, Nivetha Gunaseelan, Dipanjan Pan.Cooperative effect of complementary antisense oligonucleotides and CRISPR effectors for universal DNA-based pathogen assay using nano-enabled colorimetry. Materials Today,2024.https://doi.org/10.1016/j.mattod.2024.09.017.

功能核酸
“功能核酸”致力于收集、筛选、整理、传承、发布、传送与功能核酸相关的最前沿消息,探索其裁剪、折叠、组装背后的人生物语!
 最新文章