燃石医学最新原创合作成果:在NSCLC鳞癌和非鳞癌亚组中,LRP1B有害突变在预测免疫治疗获益方面结果完全相反

健康   2024-10-23 14:07   上海  

亮点提炼

1、在biomarker研究中,同病理亚型需要区分对待。LRP1B突变在sqNSCLC和nsqNSCLC病理亚型中的预测效应相反,如将两种亚型混合分析会导致预测效应互相抵消。

2、在较长基因中,无意义突变频率更高,对突变的预测效应产生干扰。使用生信算法预测,能够辅助剔除这些无意义的伴随突变,促进高效精准的后续分析。

3、LRP1B基因检测能够为NSCLC免疫治疗提供额外信息,为了降低成本将其在panel中剔除得不偿失。燃石医学OncoCompass®Plus-520基因包含LRP1B基因全长,能够全面检出所有LRP1B的突变,辅助识别适用于免疫治疗的NSCLC患者。

4、这篇合作成果近日发表于权威期刊Science China Life Science,IF=8医科院肿瘤医院王洁教授、王志杰教授作为研究通讯作者,燃石医学徐煜博士和蔡尚立博士作为研究共同一作和共同通讯作者。

免疫检查点抑制剂(ICI)彻底改变了非小细胞肺癌(NSCLC)的治疗方法,但ICI持久反应仍局限于少数患者。本研究探索LRP1B突变在指导鳞状非小细胞癌(sqNSCLC)和非鳞状非小细胞肺癌(nsqNSCLC)治疗选择中的不同临床应用价值,进一步识别能够预测ICI疗效的生物标志物,强调基于病理亚型进行详细分析对于精准指导治疗决策的必要性。
之前已有几篇文献提示LRP1B突变在nsqNSCLC和sqNSCLC中分别与更好和更差的免疫疗效相关,但这些研究存在重大缺陷: (1) 发现的结果无法在其他公共队列中得到验证;(2) 仅发现LRP1B突变与ICI单药的预后相关,没有探索ICI单药对比多西他赛的获益(后线)以及ICI联合化疗对比化疗的获益(一线),导致该研究结果无法直接指导疗法选择;(3) LRP1B是一个长达91个外显子的基因,存在大量伴随的非有害突变,这并不会影响LRP1B的生物功能。
综上所述,由于既往研究大都未曾鉴别非有害突变,导致研究结果受到稀释。燃石医学联合中国医学科学院肿瘤医院王洁教授团队、中国人民解放军总医院汪进良教授团队发起本次临床研究,计划筛选出LRP1B的有害突变,并在最全样本量(n=1604)、最高等级数据集中(三个RCT)探索其与免疫治疗对比化疗的获益而非单纯疗效的关系。
研究使用包括内部训练集、外部训练集、POPLAR/OAK研究和CHOICE-01研究等数据集,分析LRP1B基因突变与ICI治疗反应之间的关系,发现LRP1B-del在预测ICI单独或化疗联合治疗益处方面具有相反的影响。具体数据分析结果如下:
  
01
内部训练集
ICI单药、血检panel
LRP1B非有害突变组(benign, B)与无LRP1B突变组(wildtype, WT)的ORR接近,提示非有害突变可能确实不影响LRP1B的实际功能,应该与无突变组合并。合并后可见在nsqNSCLC中,有害突变组(deleterious, del)的PFS更长,而在sqNSCLC中,该组的PFS更短。    

02
外部验证集
ICI单药、组织WES

和内部验证集的结果完全一致,印证了内部训练集的准确性。  


03
POPLAR/OAK研究
二三线未经免疫治疗、阿特珠单抗对比多西他赛,Foundation Medicine血检
在nsqNSCLC里,del组中阿特珠单抗对比多西他赛有显著获益(HR=0.70),而WT/B组中则几乎无获益(HR=1.05);相反地,在sqNSCLC里,del组中阿特珠单抗对比多西他赛有轻微更差的趋势(HR=1.30),而WT/B组中则有显著获益(HR=0.60)。

这一结果提示,LRP1B有害突变可以指导二三线治疗中ICI单药和多西他赛的选择,即del的nsqNSCLC和WT/B的sqNSCLC用ICI单药可能更优。    

04
CHOICE-01研究
一线、特瑞普利单抗联合化疗对比化疗、燃石血检520 panel

在nsqNSCLC里,del组中特瑞普利单抗联合化疗对比化疗有非常显著的获益(HR=0.26),而WT/B组中获益则相对较小(HR=0.53);相反地,在sqNSCLC里,del组中特瑞普利单抗联合化疗对比化疗基本无获益(HR=0.94),而WT/B组中则有显著获益(HR=0.45)。

这四个HR值均比POPLAR/OAK中的水平有所减小,这是在免疫治疗组中加入联合化疗导致的。

这一结果提示,LRP1B有害突变可以指导一线治疗中ICI联合化疗和单纯化疗的选择。尽管在nsqNSCLC中,del与WT/B均有免疫治疗获益,但在sqNSCLC中,可以明显的观察到del组没有显著获益,即该组可能不适宜在化疗的基础上联合免疫治疗。

本研究系统验证,在biomarker研究中,不同病理亚型需要区分对待,使用生信算法预测,能够剔除较长基因中无意义的伴随突变,促进更加精准的后续分析。在具体基因表现上,研究发现LRP1B基因检测能够为NSCLC免疫治疗提供额外信息,因此为了降低成本而将其在panel中剔除显然得不偿失。    

燃石医学OncoCompass®Plus-520基因包含LRP1B的全长,并且燃石医学的血液检测技术在FDA领导的横向比较研究中拔得头筹,测序深度和准确率优于众多同行,如罗氏和Illumina。因此,520基因能够确保在研究过程中全面检出所有LRP1B的突变,辅助识别适用于免疫治疗的NSCLC患者,促进肿瘤精准医疗再上新台阶。    


关于燃石医学

燃石医学(纳斯达克代码:BNR)成立于2014年,公司使命为“用科学守护生命之光”,专注于开发创新可靠、具有临床价值的癌症伴随诊断与早检产品。公司业务及研发方向主要覆盖:1)癌症患病人群精准医学检测;2)全球抗肿瘤药企的生物标志物和伴随诊断合作;3)基于液体活检的多癌种早检。燃石医学于2018年7月获国家药品监督管理局(NMPA)颁发的中国肿瘤NGS检测试剂盒第一证,在体外诊断领域具有里程碑式意义。实验室获得广东省临检中心颁发的 “高通量测序实验室”技术审核,同时获得美国CLIA、CAP和ISO15189实验室质量体系资质认证。公司将继续致力于开发创新可靠的癌症精准检测产品,推动癌症精准医疗领域的发展。

燃石医学
燃石医学成立于2014年,公司使命为“用科学守护生命之光”,专注于为肿瘤精准医疗提供具有临床价值的二代基因测序。公司业务及研发方向主要覆盖:1)肿瘤患病人群精准医学检测;2)全球抗肿瘤药企的生物标志物和伴随诊断合作;3)多癌种早检。
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