上篇《日内瓦协议》里面咱们说到，苏联签署了《日内瓦协议》，计划撤离阿富汗。
签完《日内瓦协议》回到苏联后谢瓦尔德纳泽跟苏共政治局说，我们走后阿富汗可能会陷入到悲惨的境地，几十万人可能丧生。我们能不能留个一万到一万五千人，来支持阿富汗政府？
这不是跟他刚刚签署的《日内瓦协议》相悖？克留奇科夫支持他，戈尔巴乔夫不以为然，说纳吉布拉政权的死活就不要考虑那么多了，苏联刚刚有了个机会，不用像美国从越南撤军那样丢脸，还不赶紧脱身？
当然要采取一切措施来降低撤军的负面影响，对于苏联应该在多大程度上、是否动用军事力量来继续支持纳吉布拉政府这些问题，仍然困扰着苏联的决策人。谢瓦尔德纳泽和克留奇科夫继续保持鹰派的立场，但是军方的反对。
苏联军队的第一阶段撤离从1988年夏季开始，新任国防部长亚佐夫公布了撤军计划：苏联在阿富汗的总兵力大约十万人中，一半将于1988年8月15日之前离开，其余的在1989年2月15日之前离开。路线跟一开始进入阿富汗的时候相同，只是行动方向相反。
第一步先把边远地区的苏联驻军收拢回来，东部与巴基斯坦接壤的贾拉拉巴德、加德兹和加兹尼的驻军先行撤离，还有坎大哈和拉什卡尔加尔以南的驻军，东北部昆都士和费萨巴德的驻军。
到第一阶段结束的时候，苏军已经把部队集中到了西部的辛丹德和库什卡之间，以及东部的喀布尔和海拉顿基地之间。
贾拉拉巴德的苏联驻军离开前搞了一个阅兵式，军官和当地政府官员祝贺他们履行了“国际义务”，成群的阿富汗人聚集在一起向他们挥手告别，向离去的部队投掷鲜花，中间还夹杂着小石子和骆驼粪。
在传统的进行曲《斯拉夫女人的告别》伴奏下，苏军车队开始了前往喀布尔的旅程，武装直升机在头顶上轰鸣，为行进的队列提供保护。
山腰上升起了一股烟，那里可能埋伏着狙击手，直升机调转机头前去探查。
随行的苏联记者戴维·盖写道：“一路上路边都是村庄的废墟，墙倒屋塌，树木扭曲，田地光秃秃的一片荒芜，灌溉系统已经成了沼泽，一切都沦为废墟，谁又从中获得了好处呢？需要付出多少努力才能让那片死寂的世界恢复生机？那 3,200 天（或者不管有多少天）的战争徒劳无功，让人感到羞耻难当…… 唯一的好处是孩子们要回家了。”
苏军撤离后，苏联远程轰炸机继续轰炸坎大哈和贾拉拉巴德周围的圣战组织阵地。
苏联军队的第二阶段撤军从1988年9月冬天开始，一开始是定在11月下雪之前，结果时间表被圣战组织、纳吉布拉政府以及阿富汗政府和苏联政府之间的分歧打乱。
圣战组织仍然在从巴基斯坦和美国人那里接收武器和其他物资，根据苏联的情报，光9月份和10月份就有172 支大型运输队进入阿富汗境内。对此纳吉布拉忧心忡忡：苏联人走了我可怎么办？于是纳吉布拉决定想尽一切办法，来拖延苏联军队的撤军步伐。
瓦连尼科夫跟纳吉布拉说，如果苏联军队不按时离开，会面临国际舆论的巨大压力。
10月纳吉布拉跟苏联人说，马苏德正在跟美国中央情报局勾结。如果不能跟马苏德达成协议，那么必须通过军事手段来解决掉他。
苏联高层和苏联驻喀布尔的同志都很同情纳吉布拉，他们把他放在那个位子上，不能不管他一走了之。马苏德是个问题，但对于如何解决马苏德，苏联方面有分歧。
那边马苏德知道苏联人要走，开始小心翼翼地避免招惹是非，特别是在萨朗公路沿线，但是阿富汗政府军仍不停手，让马苏德很是恼火。马苏德说如果再这样的话，我就要还手了，瓦连尼科夫赶紧召集各方谈判停火。
这时候苏联的各级军官，也都忙着跟驻地的长老和附近的圣战组织头目谈判休战，避免在最后时刻增加不必要的伤亡，阿富汗政府领导人对此表示理解。
瓦连尼科夫觉得此时苏军应该开始跟马苏德和平相处，马苏德在军事上很有才干，在当地有着无与伦比的威望。马苏德也下了命令让手下不要再攻击苏军，他的命令得到了执行。尽管他仍然坚定地反对阿富汗政府，但是根据民族和解政策，他的部队应该只有在受到攻击的时候，才会开火还击。
瓦连尼科夫说如果苏军按照纳吉布拉的意愿行事，恢复对马苏德的军事行动，第40集团军会面临重大损失，撤军的时间表也会打乱，苏联将违反《日内瓦协议》。
另外，马苏德当然是喀布尔政权的主要威胁，一旦苏联人离开，他可能会采取军事行动。但是从长远看来，他很有可能会成为阿富汗战后重要的政治人物，未来苏联可能还需要跟他合作，让他成为盟友比成为敌人好，苏联应该通过情报部门跟他保持接触。
接替叶戈里切夫 (Николай Григорьевич Егорычев) 出任驻阿富汗大使的尤利·沃龙佐夫 (Юлий Михайлович Воронцов)，开始与圣战组织进行一些直接的接触。沃龙佐夫说苏联人会按照《日内瓦协议》的承诺离开阿富汗，一开始圣战组织领导人根本不信，说：“你们在阿富汗投入那么多，死了那么多人，你们肯定不会走，别忽悠我们了！”
沃龙佐夫说苏联人不想再沾血了，希望你们也不要妄动，圣战组织领导人说：“如果你们真的走的话，我们就不朝你们开枪。”
后来圣战组织或多或少信守了自己的诺言。
12月18日瓦连尼科夫给马苏德写信，提议双方代表马上开始谈判。他甚至起草了一份要与马苏德讨论的政治议题的清单，包括在阿富汗北部建立一个塔吉克自治区，有自己的武装部队，置于阿富汗政府的总体领导之下，中央支持的经济发展计划，在中央政府机构中拥有代表等等。
马苏德的这个塔吉克自治地区，还可以与苏联塔吉克斯坦的兄弟地区之间建立直接的经济、贸易和文化联系。
这些想法除了瓦连尼科夫，沃龙佐夫和阿富汗领导人也表示了认可，但是他的领导们不认可，亚佐夫、克留奇科夫和谢瓦尔德纳泽还是希望消灭马苏德。亚佐夫直接把电话打给第40集团军司令鲍里斯·弗谢沃洛多维奇·格罗莫夫 (Борис Всеволодович Громов)，问他为什么还没有处理掉马苏德？格罗莫夫说都这个时候了有必要吗？亚佐夫说：“去吧，消灭他。”
格罗莫夫没办法，只好安排对马苏德在潘杰希尔山谷外面的基地发动空袭，空袭前告诉了马苏德，马苏德说怎么还能这样？
12月26日他回信给苏联人说：“收到上一封信的时候，我已经准备跟你们苏联的代表见面了。说实话，我们已经忍受了这场战争，还有你们入侵的十年。真主保佑，我们一定能再坚持几天。但是如果你们要采取行动，我们会进行相应的抵抗，我要说的就是这些！从今天开始，我会让我们的部队处于全面戒备状态。”
这是苏联军方最后一次尝试与马苏德谈判，接下来还有另一次针对他的军事行动。1989年1月中旬谢瓦尔德纳泽访问喀布尔，纳吉布拉要求苏联军队暂时留下来守卫萨朗公路，同时苏联的轰炸机在阿富汗附近的基地保持永久戒备，以便在必要的时候帮助阿富汗政府打击叛军。
他埋怨说，整整四年你们都没有对马苏德采取重大行动，只要马苏德还活着，就不可能把物资安全地运送到我们的首都喀布尔，而这关系着我们政权的存亡。
谢瓦尔德纳泽说这有可能会导致苏联与美国和巴基斯坦发生冲突，不过我会考虑的。他跟苏联驻喀布尔的高级代表说，为了防止阿富汗的首都被封锁，苏联军队应该继续驻守，也许是无限期地驻守在喀布尔机场和萨朗河对面的道路上。他指示大使馆制定一个留下一万二千苏联官兵的计划，可以在联合国的领导下，或者作为“志愿军”。
对于谢瓦尔德纳泽等领导，为了纳吉布拉的政治野心让部队官兵冒不必要的风险，瓦连尼科夫和他手下一肚子怨言，不过那又有什么办法呢？他们只能咬紧牙关，把撤军计划先放在一边，实施他们所谓的“台风行动”。
当年纳粹德国进攻莫斯科的时候，行动代号就叫“台风行动”，他们为这次行动取了这么个代号，是有什么想法吗？
接下来这场“台风行动”的结果如何呢？请看下篇《告别阿富汗》。
