第二部分：柱层析
2，任何化学物若以 TLC 鉴定其纯度，其所显示的Rf 值超过0.7 或低于0.1 时，均无法确定其是否为单一点（one spot），因为在此种Rf 值时，许多Rf 较接近的点会重合。因此我们所选择观察物最适合之Rf 值为0.3-0.5。
3，Run Column 时所选用之solvent 系统应配合选用硅胶（stationary phase）的用量及sample（样品）的量来选择其极性组合，一般而言欲分离之主样品Rf 值以0.15-0.25为宜。
4，一般最常用之 Solvent 依其极性大小依次为n-Hexane(or pet.ether)<EtOAc<MeOH，组合为最通用，其他如Ether 也常为中极性之溶剂，对于氨类氯化溶剂如CH2Cl2,CHCl3常有特殊的效果，而Benzene 对含芳香性之化合物也会有出人意外之好效果。
5，Run Column 所用之Solvent 在配好后，应以TLC 再作检测一次，以确定是否为恰当之Solvent 系统。尤其若需要收集一点时，则在分离前之混合物必须留一些以便作比较参考用。
6，在填装层析管（packing column）时若不慎有气泡（如Solvent 部分流干）可补满Solvent后以木棒（或签字笔）轻敲管壁，让气泡浮出。因为气泡中没有硅胶，分离物流经此处时移动速度会比其他处快，而造成此区域分离物与其他无气泡处之分离物排列次序混乱之现象，影响分离效果。
7，在 Run Column 时所收集的分离份（fraction）体积（毫升）通常为硅胶克数的1/4 以下。实际情况可用下列公式来求出约略值，如欲分离成分A 与B，而A 之Rf 值为0.3，B 之Rf 值为0.2 则最适合之分离份（fraction）体积为：设硅胶量为50g
8，在作层析时，如何浓密而又均匀的将样品 Loading 在起始点乃是层析分离成功与否的关键。通常的做法是将样品溶解在不超过其体积两倍之低极性溶液，然后小心的将样品涂布于起始点。柱层析（Column Chromatography）时务必等样品液完全进入固定相（Stationary phase）后，以少许溶剂再将管壁上沾着的样品冲入固定相后，才可正式加溶剂开始 Run Column。由于大部分化合物在低极性溶剂中溶解度很差，我们也可以将样品均匀地与少量硅胶混合后干法上样。这也是我们采用最多的方法。
9，在 Run Column 时切记不可使Column 内溶剂过少而使静相顶端干涸，且在添加溶剂也要小心，不可使溶剂急冲而下破坏静相之顶层，尤其在刚开始Run Column 时，否则将造成样品之过量稀释分散，从而严重影响层析效果。
10，在收集时，可以先行以 Rf 值以固定相之总量计算大约样品出现时之流出溶剂体积，在此体积达1/2 量前可以大瓶收集，1/2 量之后再以预定之小容器分别收集。
11，Run Column 时Solvent 之流速一般而言（HPLC,MPLC 除外），流速均以越快越好，因为一般而言Mobile Phase Velocity 与Plate height 成反比，而Plate heigh 越小越好，故动相流速是越快越好。故Flash Chromatography 之效果常较一般Gravity column 为佳。
第三部分：蒸馏
1，蒸馏时务必先判断你们样品在其沸点时是否会分解，否则就必须选择减压蒸馏或其他的分离方法。
2，一般实验室的蒸馏仅用于分离沸点差 50℃以上物质。（通常只是用于除去溶剂或有色的高分子粘滞物）。如欲分离沸点较接近之物质则需加装分馏管，而分馏管之长度即装填物需视分离之物质沸点接近之程度而定。一般而言，沸点差小于20℃或总量小于1 克，则需特殊装置（如Spinning band or molecular distillation）否则便无法做分馏了。
3，蒸馏时其外加热媒之温度与蒸出沸点差至少会在 30℃左右。
4，在做减压蒸馏前，务请查明所有欲蒸馏物的沸点，以免于压力速降时造成‘突沸’而造成整个样品冲出。尤其需注意溶剂是否已在Rotary evaporator 上抽干。
5，如果无参考图表，可约略以下法计算各物质之低压沸点。通常压力由760mmHg 减至25mmHg 其沸点降低100℃，其后压力每降低一半，其沸点降低10℃。
6，若两个或更多物质混合时，通常会形成各种成分之共沸物。而在较低的温度即沸腾汽化而出。此种情形最常发生于样品含溶剂的状况。
7，减压蒸馏时，务必加装冷却 Trap，否则不但可能因样品被吸入泵而失去样品，也会损坏真空泵。
第四部分：其他日常操作
1，使用样品后尽可能将其归还回原位，尤其需冷藏或干燥者必须封好后放回原位。所有装于烧瓶内之化合物，应随时标明编号（以胶带粘贴以便清除）。
2，烘箱非储藏柜仅仅用于烘干玻璃器皿，烘干后需在近期内（一天内）使用者才放入，其余物品均应放于抽屉或凉干架。
3，如果 Solvent 或低沸点物（bp<150℃）能在Rotary evaporator 上清除者，必须先在Rotaryevaporator 上处理至不能再浓缩后，才可放上Vacuum pump。否则低沸点物可能被抽入泵中。
4，使用 Vacuum pump 必须要干冰作Trap 之冷媒，使用前必检查Trap 内是否有残留物，若有，则需清除后方可使用。并在使用完后立即清理Trap 之废物。
5，萃取时选用之 Solvent 应注意其比重，若其比重大于1（如CH2Cl2, CHCl3, CCl4）而反应原液为比重小于1 之溶剂，(如Ether, THF 或Benzene)时，切不可同时混入分液漏斗，否则会有乳化不分层之现象，造成分离困难。
6，当溶液装于有磨口的容器内时，在任何操作状况时，均应避免使溶液接触到磨口，因为当溶剂挥发后溶质将残留在磨口上，会使你损失所要的Compound,而在加盖常会有打不开之现象。所以若不慎或有不得以有溶液接触磨口，则应以纯溶剂浸润接触部分，务使溶剂残留之痕迹消除为止。
7，实验记录本应包含反应方程式，参考文献，试药用量（Weight,Mole）,理论产率，实验步骤，TLC，光谱记录，与注意事项或结论。
8，实验室对量的记载应尽量保持三为数字，以求其精确性；对不满 1 之单位应用下一级之单位。如0.1 克应写为100mg，0.1mol 应写为100mmol。
9，实验本务必按进度如实记录，要如实做到‘做到哪里，写到哪里’，而且不得带出实验室。实验记录务必跟随实验进度将所有事实详细记录，成功之反应必有产物，产率，颜色，状态及纯化方式，失败之实验必说明鉴定失败的方法及证据，并尽可能说明原因。
注意事项
搅拌装置的选择：
反应溶剂的使用：
加料次序：
反应的具体细节
（1）有气体产生和需要通入气体的反应一定要有气体导出装置，切记不可将反应体系为完全封闭的.
（2）需控温的反应 (低温、加热和放热反应)：要用温度计至于多口瓶上,要内外温都要监控 !
（3）热浴的选择：尽量用油浴易控温. 50~160 度；> 160 度用电热套或沙浴；冷却反应：0 度用碎冰冷却；-5~-18 度用冰盐浴( NaCl-NaNO3);-50~-78 度用干冰/丙酮；-78~-100 度乙醇/液氮。
（6）NaH，LAH，Na，K，Li 的使用：注意安全使用！取 LAH 时不可用铁制勺，用木制或塑料的；Na、K、Li 保存于石蜡油或煤油中，使用前用石油醚洗涤。
易于自燃！
检测反应是反应成功的关键。
何时检测：
后处理是根据反应物质的物理化学性质进行的。
先通过萃取（主要是除去大部分的盐、高沸点极性溶剂等）、酸碱洗、过滤等得到粗产品。
工作安排
合理安排工作：小试和放大要交叉进行，保持二者的连贯性。项目需优化的要一次性想到文献中提到的所有方法，集中起来平行反应。切不可等一个小试完了再进行下一个，时间是最重要的！！！
没有接触的反应最好上午做，便于跟踪反应；4~5 个小时未进行完且转化率低时可考虑改变反应条件，如提高反应温度。
小试：小试非常重要！从毫克（mg）到数十克（g）不等，一般满足项目后面 4~5 步以上的反应，且每步要留有几十毫克的标准样品，最好是要有核磁谱图，尤其是新项目关键中间体必须有正确核磁谱图方可进行放大实验。
小试操作必须严格，尤其是对金属试剂参与的反应一定要用新制干燥的溶剂。
小试一定要有结论：严格按照文献后处理操作不擅自改动，是否得到目标物，产率如何，分离纯化方法是什么等。
放大: 放大要非常谨慎!
小试得到正确结论后方可放大，第一次放大到十倍。谨记：不可盲目放大！不可把原料一次性放大，否则出了问题无法挽回！要循序渐进，可平行几个反应，集中后处理。
严格按照小试的条件。
对前一两步中间体的制备，如果是反应简单，产率高的，原料廉价的可不经过小试直接放大，节约宝贵的时间！！！但反应要严格监控。
项目进行中的原则
优先选择已有的文献方法，鼓励有自己的想法。
路线和工作计划确定后不可轻易更改。
要准确计算起始原料的用量，避免从头来过。
最好是每步中间体要得到纯品；不可将粗品进行到底，特别是在最后一步反应前，中间体必须进行纯化！
从现象和本质上理解反应.
设置要合理，检测要及时，后处理要小心，纯化手段要省事，
小试非常重要，放大要非常谨慎!
项目安排要流畅。
