随着新型治疗药物的不断涌现以及多学科综合治疗模式的持续改进,传统的病理分类及检测方法已难以满足日益增长的临床需求,二代测序已经成为中国临床肿瘤医生常用的检测手段。然而,一份基因检测报告,往往长达几十页,其中还有大量的专业医学术语和复杂的生物信息学描述。对于没有医学或生物学背景的患者来说,基因检测报告如同“天书”。如何从纷繁复杂的报告中,找到对自己最有用的信息?本文将分享基因检测报告的技巧,帮助大家迅速锁定关键信息,并在后续治疗过中做出明智的决策。
一份规范的肿瘤NGS基因检测报告通常包含三大板块:患者信息、基因检测结果及解析、附录。
该部分主要是受检者的基础信息,包括患者年龄、临床诊断、样本类型、取样部位等。临床诊断需明确癌种,如肺癌、结直肠癌、肝癌等。癌种在靶向药物等级和免疫、化疗等治疗方案有决定性的作用,如贝福替尼在携带EGFR L858R的非小细胞肺癌患者中为A级药物,而在其他癌种患者检出则为C级证据。取样部位主要是明确取样的来源。在多病灶取样时区分来源,可用于对比原发灶、转移灶的分子异同。
基因检测结果总览是报告的精华,详细列出了各项基因变异情况及其潜在的临床意义:检出了哪些变异?是否具有明确的临床意义?是否携带肿瘤遗传风险?化疗、免疫药物获益提示,一目了然。该部分包含可报告范围(检测内容)、检测方法及其局限性等相关辅助信息,有助于读者全面、系统地了解检测结果,为后续的临床决策提供重要依据。明确重点,基因检测有什么用?
针对晚期患者,基因检测的意义在于甄别是否存在可治疗的靶点,以便捕捉并发现潜在的靶向治疗机会,为患者提供更为精准和有效的治疗方案,从而提升治疗效果和生存质量。那么,报告中,基因变异分类、可能敏感药物、可能耐药药物,分别代表什么呢?
Ⅰ类变异,具有明确临床意义的变异(A 级或B级证据);Ⅱ类变异,具有潜在临床意义的变异(C级或D级证据);其中A、B级证据等级较高,是临床首选的治疗方案;在仅有低等级药物可用时,C、D级证据可能为临床提供治疗思路,也是患者最后的”救命稻草“。需要注意,“可能耐药药物”一栏输出A级药物时,极有可能导致患者短时期内耐药,影响治疗效果。
在多个驱动突变同时检出时,具体的用药指导方案需结合患者年龄、肿瘤类型、既往治疗史、相对突变丰度、既往分子检测结果等多方面因素综合评估。 在脑肿瘤、骨与软组织肉瘤等难以通过常规检测手段确诊的癌种中,分子检测结果可辅助形态学结果确认诊断。
肿瘤遗传易感基因检测不仅从遗传学角度揭示了患者肿瘤发病早或有家族史的原因,还能预测患者及其家属未来罹患其他类型肿瘤的风险。根据这些检测结果,医生可以为患者量身定制个性化的管理方案,提前进行预防和干预措施,降低肿瘤的发生概率。对于携带胚系突变致病基因的患者,他们的致病变异很可能传递给下一代。我们强烈建议,携带致病或可能致病变异的患者的家属也接受相关基因检测。在医生的专业指导下,家属可以更早地开始治疗和健康管理,从而有效延缓甚至避免肿瘤的发生。
TMB(肿瘤突变负荷),指的是肿瘤细胞基因组编码区中平均1Mb(100万个碱基)范围内所包含的体细胞变异数。TMB作为一个新兴的生物标志物,在预测肿瘤免疫治疗疗效中的作用越来越受到重视。
TMB-H的患者从免疫药物中获益的可能性较高。FDA批准帕博利珠单抗单药用于治疗不可切除或转移性的肿瘤组织样本突变负荷高(TMB-H≥10个突变/Mb)的成人和儿童实体瘤患者(既往治疗后疾病进展且没有更佳替代疗法)。
MSI(微卫星不稳定性):DNA错配修复功能出现异常时,微卫星出现的复制错误得不到纠正并不断累积,使得微卫星序列长度或碱基组成发生改变。MSI状态分为三类:MSI-H(微卫星高度不稳定);MSI-L (微卫星低度不稳定);MSS(微卫星稳定)。临床研究证实,MSI-H实体瘤患者接受免疫检查点抑制剂治疗有显著获益。
可能影响免疫药物疗效包含了免疫正相关基因(MMR、DDR通路基因,可能从免疫治疗中获益)、负相关基因(如EGFR、ALK,从免疫治疗中获益可能性较低)、超进展相关基因(如MDM2,免疫治疗极有可能导致迅速进展)。
化疗用药检测与肿瘤样本筛选靶向药物不同,基于正常细胞的单核苷酸多态性(SNP),评估患者对化疗药物的敏感性和毒副风险,从而提供化疗药物选择建议。当一份样本未能检出任何肿瘤体细胞突变时,应首先考虑以下两点:
肿瘤组织、外周血循环游离DNA(circulating free DNA,cfDNA)或其他;结合样本质控信息及患者治疗史,综合判断样本中是否含有足够肿瘤成分,DNA总提取量和/或肿瘤占比是否可能低于NGS的LOD。
送检的NGS panel 是否与患者的肿瘤类型相匹配?
选择的NGS panel,尤其是仅包含数个至数十个基因热点区域的小panel,该肿瘤常见变异是否能被该panel覆盖?如果是一份采用泛癌设计、覆盖上百基因热点区域的血检全阴报告,可能表明肿瘤负荷低或治疗有效导致ctDNA含量极低,未达到检测限。此全阴结果不直接反映肿瘤基因变异状态,而仅指示基因突变状态未知。参考文献:
[1].张绪超.肿瘤二代测序临床报告解读共识[J].循证医学,2022,22(02):65-79.
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