![]()
今天小船为大家分享的文章挖掘了单细胞多组学，数据量拉满。如果您对单细胞和多组学有兴趣，请为小船点点关注，生信Daily持续分享生信文献和思路~如果您需要定制化服务，欢迎扫码联系~![]()
文章标题：Mutual exclusivity and co-occurrence patterns of immune checkpoints indicate NKG2A relates to anti-PD-1 resistance in gastric cancer
中文标题：免疫检查点的互斥性和共现模式表明NKG2A与胃癌抗PD-1耐药性有关
发表期刊：Journal of Translational Medicine
发表时间：2024年8月
影响因子：6.1/Q1
越来越多的临床研究开始探索与免疫检查点抑制剂的联合用药策略，旨在为克服胃癌抗PD-1治疗耐药性提供新的机会。不幸的是，对某些免疫检查点抑制剂联合策略的探索产生了次优的结果。因此，有必要全面分析免疫检查点的表达模式，确定抗PD-1抑制剂与其他免疫检查点抑制剂的最佳联合方案。研究思路
利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和多变量线性回归交互模型，我们剖析了胃癌中CD8 T细胞的免疫检查点表达特征和介导抗PD-1治疗耐药性的免疫检查点表达模式（ICEP）。此外，我们采用转录因子分析和CellOracle来探索控制CD8 T细胞分化命运的转录调控机制。最后，利用Nichenet和空间转录组学分析来研究免疫检查点的空间表达模式。1. 交互作用分析揭示了与PD-1的差异共表达效应我们进行了批量效应去除和降维聚类分析，并基于典型的标记基因，将它们分为8种主要细胞类型，包括上皮细胞（上皮，高表达EPCAM，KRT19，PROM1，ALDH1A1，CD24），B淋巴细胞（B-CELL，高表达CD19，MS4A1，CD79A），浆细胞（PLASMA，高表达IGHG1，MZB1，CD38，TNFRSF17，SDC1），髓样细胞（MYELOID， 高表达CD68、CD163、CD14）、成纤维细胞（成纤维细胞，高表达FGF7、MME）、内皮细胞（内皮，高表达PECAM1、VWF）、肥大细胞（MAST，高表达KIT）以及T淋巴细胞和NK细胞（淋巴样细胞和NK，高表达CD3D、CD3E、CD8A、CD8B、CD4或高表达FGFBP2、FCG3RA、CX3CR1）。2. 共表达分析表明了免疫检查点的互斥性和共现模式进行批量效应去除和降维聚类分析，将细胞分为8种主要细胞类型，包括24,273个上皮细胞（EPITHELIAL），1822个B淋巴细胞（B-CELL），5581个浆细胞（PLASMA），9894个髓样细胞（MYELOID），4,816个成纤维细胞（FIBROBLAST），2923个内皮细胞（endothelial），1340个肥大细胞（MAST）和15,327个T淋巴细胞和NK细胞（LYMPHOID & NK）。通过分析单细胞轨迹，表明NKG2A的CD8 T细胞（ICEP2）主要分化为组织驻留型记忆T细胞（T-RM），并受转录因子RUNX3的调控。4. ICEP2 CD8 +T 细胞可通过 CXCL16-CXCR6 被 LGMN+巨噬细胞招募为了进一步阐明 LGMN 巨噬细胞和 CD8 KLRC1 Trm 细胞相关免疫浸润背后的原因，我们使用 NicheNet 在 scRNA-seq 数据中推断了这些亚组之间的通信网络。有趣的是，在比较治疗结果组的单核细胞、巨噬细胞和 CD8 T 细胞亚组之间的通讯差异时，我们发现在无反应组中，LGMN 巨噬细胞和 CD8 KLRC1 Trm 细胞之间存在更强的特异性 CXCL16-CXCR6 信号通路与反应组相比。这可能表明，在抗PD-1治疗无反应的患者中，LGMN巨噬细胞通过增强的CXCL16-CXCR6信号通路募集ICEP2 CD8 T细胞。这项研究揭示了两种不同的 ICEPs 以及胃癌中 CD8 T 细胞的互斥性和共现特征。ICEP2 CD8 T细胞亚群在抗PD-1治疗耐药的胃癌患者中高表达，可由LGMN巨噬细胞通过CXCL16-CXCR6轴募集。这些发现为NKG2A作为胃癌的新型免疫治疗靶点提供了证据，并为胃癌免疫检查点抑制剂的联合治疗策略提供了新的见解。对这篇文章的思路感兴趣的老师，欢迎扫码咨询！![]()
