今天green为大家分享的文章挖掘了单细胞多转录组，结合孟德尔随机化。如果您对单细胞和多组学有兴趣，请为green点点关注，生信文献汇持续分享生信文献和思路~如果您需要定制化服务，欢迎扫码联系~
文章标题：Integrated Analyses of Single-Cell Transcriptome and MendelianRandomization Reveal the Protective Role of Resistin in Sepsis Survivalin Intensive care Unit
中文标题：单细胞转录组和孟德尔随机化的综合分析揭示了抵抗素在ICU脓毒症存活中的保护作用
发表期刊：Int J Mol Sci.
发表时间：2024年8月
影响因子：4.9/Q2
脓毒症是全世界疾病负担和死亡的主要原因。全球约有4900万脓毒症病例和1100万例死亡，脓毒症相关死亡人数约占所有死亡人数的20%。抵抗素最初于2001年被发现并因其在胰岛素抵抗中的作用而命名。一项观察性研究显示，重度脓毒症患儿或需要机械通气的婴儿的抵抗素含量较高，表明抵抗素在脓毒症诊断和治疗中具有潜力。然而，抵抗素和脓毒症之间的关联仍有待完全理解。
研究方法
我们使用单细胞和批量转录组数据来鉴定脓毒症和健康对照之间的细胞类型特异性DEG。然后进行MR分析，以研究抵抗素（已确定的DEGs之一）水平与脓毒症患者生存之间的因果关系。此外，我们利用 meQTL（甲基化数量性状位点）来鉴定可能直接影响脓毒症的胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤 （CpG） 位点。我们在脓毒症和健康对照之间确定了 560 个细胞类型特异性 DEG。
结果分析
1. 健康对照和脓毒症样本之间 560 度的鉴定
我们在健康对照和脓毒症样本之间的六种细胞类型中发现了 560 个细胞类型特异性差异表达基因 （DEG）。我们观察到，与健康对照组相比，脓毒症期间巨噬细胞中的RETN上调。因此，我们进一步研究了RETN水平与脓毒症之间的因果关系。
2. RETN 与结果之间的关联
我们采用LD-clumping去除RETN eQTLs和pQTLs中具有高连锁不平衡（LD）的QTLs。所得的独立 eQTL 和 pQTL 被用作我们分析的工具变量 （IVs）。先导eQTL（rs149007767）和先导pQTL（rs3745368）分别根据各自的最小p值进行鉴定。
3. 孟德尔随机化 （MR） 分析
我们的分析显示，RETN 水平与 ICU 中脓毒症相关的 28 天死亡率呈负相关。eQTL数据支持RETN RNA水平与脓毒症相关死亡风险降低之间的关联，而cis-eQTL数据支持这种关联以及RETN RNA水平与脓毒症严重程度较低风险之间的关联。
4. 暴露（抵抗素）在脓毒症死亡中的保护作用
我们发现 eQTL 数据支持 RETN RNA 水平与肺炎相关死亡风险降低之间的关联，而 cis-eQTL、pQTL 和 cis-pQTL 数据不支持这种关联。
5. 共定位分析显示一些 CpG 位点与 RETN 蛋白水平之间的共定位
在 MR 分析中发现三个 CpG 位点 cg02346997、cg06633066 和 cg22322184 与 RETN 蛋白水平和死亡风险增加有关。我们进行了共定位分析，结果表明，这些 CpG 位点通过位于 RETN 的第二个内含子内的共享 SNP-rs3745367 与脓毒症相关死亡的风险共定位。
文章小结
抵抗素可以为脓毒症患者，特别是重症患者提供保护，且没有严重的副作用。因此，抵抗素可能是治疗脓毒症的潜在候选药物。此外，还确定了两个 CpG 位点cg06633066和cg22322184与RETN蛋白水平和脓毒症死亡相关，为脓毒症的潜在机制提供了新的见解。
