一、经济业务
甲公司持有乙公司100%股权，两家公司的亏损可结转年限均为5年。
2024年8月，甲公司吸收合并乙公司，双方符合特殊性税务处理条件并选择适用。
乙公司过去五年可弥补亏损如下：
2019年可弥补亏损300万元，
2020年可弥补亏损100万元，
2021年可弥补亏损85万元，
2022年可弥补亏损60万元，
2023年可弥补亏损30万元。
乙公司净资产公允价值6000万元。
假定2024年中国发行的最长期限的国债利率为2.47％。
二、财税2009年59号文相关规定
（四）公司合并，公司股东在该公司合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的公司合并，可以选择按以下规定处理：
1.合并公司接受被合并公司资产和负债的计税基础，以被合并公司的原有计税基础确定。
2.被合并公司合并前的相关所得税事项由合并公司承继。
3.可由合并公司弥补的被合并公司亏损的限额=被合并公司净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。
4.被合并公司股东取得合并公司股权的计税基础，以其原持有的被合并公司股权的计税基础确定。
据此，很容易计算出可由合并公司甲公司弥补的被合并公司乙公司亏损的限额为6000×2.47％＝148.2(万元)。于是，有些纳税人认为，计算出来的限额148.2万元，为合并公司甲公司最高可弥补的亏损额，这种理解是不正确的。
三、正确理解
实际上，财税〔2009〕59号文件还有一个配套文件，即《国家税务总局关于发布〈公司重组业务公司所得税管理办法〉的公告》(国家税务总局公告2010年第4号)。
第二十六条规定，可由合并公司弥补的被合并公司亏损的限额，指按税法规定的剩余结转年限内，每年可由合并公司弥补的被合并公司亏损的限额。
由此可见，财税〔2009〕59号文件所说的限额，是年度限额，而非弥补总额。
四、本案例中，实际转移到合并公司的可弥补亏损金额为多少
根据公司所得税特殊性税务处理原理，以及税法对亏损弥补结转年限的规定，合并公司转入亏损的可弥补年限，应由被合并公司平移至合并公司。
以本案例来说，乙公司2019年的亏损，可由甲公司在2024年弥补，乙公司2020年的亏损可由甲公司在2025年前弥补，以此类推。
确定了弥补年限的结转方式，结合年度限额的规定，被合并公司各年度尚未弥补的亏损额，就应该在限额范围内，按孰小原则平移至合并公司，以此确认合并公司可结转的亏损额。
回到本案例，被合并公司乙公司2019年待弥补亏损额为300万元，大于其可弥补亏损限额148.20万元，因此，甲公司只能确认148.20万元；
乙公司2020年—2023年亏损额均小于年度限额，则可按实际亏损额全部转入甲公司进行弥补。
总的来说，甲公司可确认转入的乙公司亏损额为423.20万元。详见下表：
五、处理提醒
税收是公司决策重要的考量因素。
公司在进行重组时，只有准确理解税收政策，并结合其他因素进行分析，才能选出最优方案，争取最大利益。
公司合并适用特殊性税务处理时，合并公司可转入的被合并公司待弥补亏损额，应分年度确定。各年度可转入的亏损额，以计算得出的年度限额与被合并公司各年度待弥补亏损额进行比较，按两者孰小原则确定。
各年度可转入亏损额确认后，再按原所属年度，平移至合并公司。
