题目：Identification of novel therapeutic targets for chronic kidney disease and kidney function by integrating multi-omics proteome with transcriptome
题目：通过整合多组学蛋白质组与转录组来鉴定慢性肾脏病和肾功能的新治疗靶点
期刊：Genome Medicine
分数：10.4/Q1
时间：202406
研究背景
慢性肾脏病（CKD）是一种进行性疾病，目前尚无有效治愈方法。我们旨在通过整合血浆蛋白质组和转录组来确定CKD和肾功能的潜在药物靶点。
研究方法
我们设计了一个全面的分析流程，包括双样本孟德尔随机化（MR）（用于蛋白质）、基于摘要的MR（SMR）（用于mRNA）和共定位（用于编码基因），以识别潜在的CKD多组学生物标志物，并结合蛋白质-蛋白质相互作用、基因本体（GO）和单细胞注释来探索潜在的生物学作用。结局包括CKD、广泛的肾功能表型和不同的CKD临床类型（IgA肾病、慢性肾小球肾炎、慢性肾小管间质性肾炎、膜性肾病、肾病综合征和糖尿病肾病）。
研究思路
结果分析
1. CKD上的推定血浆蛋白
32 种已鉴定蛋白质与 CKD 的关联
2. 蛋白质编码基因表达对CKD的关联
我们将 32 种蛋白质映射到 29 个编码基因，14个与CKD相关蛋白结果一致肾皮质中FGF5、C4a和HLA-DQA2表达与CKD负相关。
3. 蛋白质与其他 CKD、肾功能和 CKD 亚型的关联
与广泛的 CKD 相关表型相关的已鉴定蛋白质的球囊图。方向（增加或降低风险）由CKD初步分析中的估计者确定（CKDGen，欧洲）。
4. 推定蛋白的 PPI 网络、基因本体富集和单细胞富集
HLA-DQA2、HLA-E、BTN3A2、BTN3A3、MICB间存在相互作用，C4a与C4b、载脂蛋白A-IV相互作用。
文章小结
对血浆蛋白质组和转录组数据的综合分析确定了 CKD、肾功能和特定 CKD 临床类型的 32 个潜在治疗靶点，为开发新型免疫疗法、联合疗法或靶向干预措施提供了潜在靶点。
