基于生信分析及实验验证探讨中医药抗糖尿病肾脏病的组方规律及作用机制

文摘   健康   2024-10-25 18:00   天津  

点击蓝字 关注我们


文章来源:《国际内分泌代谢杂志》2024年5月第44卷第3期

范巧明1 罗冬强1 蔡惠连1 刘曼婷1 刘峰2
1广州中医药大学,广州511000; 2广州中医药大学第三附属医院,广州511000
通信作者:刘峰,Email:lftcm@163.com


摘要

目的  探索中医药抗糖尿病肾脏病(DKD)的用药规律和作用机制,并通过动物实验验证。

方法  收集中医药抗DKD的文献报道,提取方药信息,筛选高置信度和支持度药物组合作为新方,并获取新方的活性成分及作用靶点;从GEO数据库获取DKD相关的数据集GSE30122和GSE30529,联合加权基因共表达网络(WGCNA)和机器学习鉴定新方抗DKD的关键基因(hub genes),并验证hub genes的表达差异。

结果  药物组合“黄芪-丹参-山茱萸”作为新方,涉及靶点1 378个,基于GSE30122和GSE529,进一步获得新方与疾病共同作用靶点19个,作用靶点主要富集于Hippo信号通路、环磷酸鸟苷/蛋白激酶-G信号通路等;最终筛选出2个hub genes:EDNRA和HDAC9。与对照组相比,hub genes在模型组具有更高的表达,且肾组织损伤更甚;经新方干预,治疗组有效降低了hub genes的表达量,且肾组织较模型组改善。

结论  “黄芪-丹参-山茱萸”作为新方,可能通过EDNRA和HDAC9,调节Hippo、cGMP-PKG等信号通路抑制肾损伤,进而发挥DKD的治疗作用,为后续治疗DKD的药物开发和临床应用提供理论基础。

【关键词】糖尿病肾脏病;数据挖掘;生物信息学;动物实验


前言


     糖尿病肾脏病(DKD)作为2型糖尿病最常见和最严重的慢性并发症之一,在我国糖尿病人群中,患慢性肾脏病(CKD)人数已高达2 430万[1],且预计DKD的患病率将逐年增加[2-3],临床上DKD的防治方法局限于降压、纠正糖脂代谢紊乱、减少尿蛋白等,由于缺乏针对性治疗,患者仍不可避免地进入透析阶段,亟需发掘切实有效的干预手段。近年来中医药凭借“多靶点-多层次”的优势,在DKD治疗领域也展现出光明前景[4-5]。

     数据挖掘技术广泛应用于中医药领域,通过收集20年来DKD中医药治疗的文献报道,挖掘高置信度和支持度药对作为DKD治疗新方,通过联合网络药理学、生物信息学分析进一步探讨新方的作用机制,并通过动物实验证实。


资料与方法

 

1.1  电子复方的收集
以“糖尿病肾脏病或糖尿病肾脏疾病”和“中药或复方或药方”为关键词,检索中国知网、万方和维普,选取 2000年1月至2023年1月期间以中药复方为主要手段治疗DKD的文献。采用R 4.2.3软件,对纳入的复方进行关联性及聚类分析,并基于Apriori算法进行关联分析,筛选置信度及支持度最高者作为新方。
1.2  活性成分筛选及靶点预测
分别在TCMSP(https://tcmsp-e.com/tcmsp.php)和BATMAN数据库(BATMAN-TCM,http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/) 数据库检索新方活性成分及靶点,对药物成分及靶点进行合并去重,以及靶点名标准化。
1.3  DKD芯片数据集获取
在基因表达公共数据库(GEO,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) 中检索并下载了DKD患者的2个芯片数据集GSE30122和GSE30529,通过R 4.2.3软件读取上述数据集并进行标准化处理。
1.4  加权基因共表达网络分析
分别对GSE30122及GSE30529进行加权共表达网络分析(WGCNA),筛选软阈值后构建无尺度网络,筛选与临床性状(发病与否)最为相关的模块后提取模块基因。通过韦恩图获取GSE30122及GSE30529的模块基因作为DKD的疾病靶点。将筛选到的有效成分及作用靶点导入Cytoscape 3.7.1软件,构建“中药-活性成分-靶点-DKD”网络。将共同作用靶点上传至DAVID数据库(https://david.ncifcrf.gov/)进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,以阈值adj.P<0.05进行筛选。
1.5  构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络及MCODE分析
将作用靶点导入STRING数据库(https://cn.string-db.org/),以默认参数构建PPI网络,用Cytoscape软件进行网络拓扑分析,并使用“MCODE”基于K-means聚类算法划分子网络,按评分排名提取子网络及其靶点。
1.6  Logistics回归及受试者工作特征曲线(ROC)验证
以患病为否作为结局变量,通过logistics回归,分别计算hub genes在GSE30122和GSE30529的OR(Oddis Ratio)值,筛选hub genes;通过ROC曲线计算其曲线下面积(AUC)值,评估模型的预测性能。
1.7  溶液制备
新方(黄芪、丹参、山茱萸=10∶10∶3)[6]饮片购于广东祈福医院,加入清水1 000 ml,浸泡30 min后,武火煮至沸腾转文火煮30 min,合并2次煎液,浓缩至400 ml,室温放凉混匀取100 ml样品[7]。
1.8  分组、造模、给药
本研究符合美国国立卫生研究院实验动物使用指南,经广州锐格动物伦理委员会审批通过(批准编号:20230301-010)。12只雄性大鼠随机平均分为3组:对照组、模型组、治疗组,适应性喂养一周后造模给药。造模方法如下:
对照组腹膜内注射pH=4.5的0.1 M无菌柠檬酸盐缓冲液8周。模型组和治疗组腹腔注射链脲佐菌素35 mg/kg(溶于pH=4.5的0.1 M无菌柠檬酸盐缓冲液中)8周,当血糖水平高于13.9 mmol/L且当尿蛋白≥30 mg/24 h提示建模成功。治疗组每日使用中药液9.95 g/kg灌胃,另外两组每日使用生理盐水灌胃。4周后将大鼠安乐死取出肾脏及取血检测。
1.9  实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)验证
hub genes转录水平取肾脏组织充分研磨后,Trizol法提取总RNA,BCA 蛋白定量试剂盒 (弗德生物)进行引物逆转录和扩增,引物序列如表1。GAPDH作为内参,2-△△Ct法计算目的基因相对表达量。

1.10  蛋白免疫印迹(Western blot,WB)法验hub genes翻译水平
将裂解后的肾脏组织进行离心、收集上清液、蛋白变性。取10 μg蛋白添加到聚丙烯酰胺凝胶中,使用10% 的SDS-PAGE胶进行电泳,70 V、30 min浓缩胶电泳,110 V、60 min分离胶电泳。封闭、孵育、洗涤后,置入自动曝光机建立时间梯度曝光,用Image J进行定量分析。
1.11  苏木精-伊红(HE)染色观察肾组织
取出固定于4%多聚甲醛中的大鼠肾脏组织,酒精脱水,二甲苯透明,石蜡包埋,用切片机按5 μm/片标准切片,烫平烘干低温保存备用。取切片使用二甲苯脱蜡,乙醇再水合。复水组织切片染色,使用2%苏木精溶液染色8~10 min后水洗数次,1%盐酸酒精溶液分化数秒,水洗数次,经80%乙醇脱水后再用2%伊红溶液染色10~30 s。染色组织切片用乙醇脱水1~8 min、二甲苯透明1~2 min后封片,使用显微镜观察组织的形态特征。
1.12  检测血糖水平
于大鼠腹主动脉取血检测空腹血糖。采用SPSS 22.0软件进行统计学分析。正态分布的计量资料以x±s表示,多组间比较采用单因素方差分析,若方差不齐,则采用Kruskal-Wallis检验,以P<0.05为差异有统计学意义。


结果



    2.1  复方收集及筛选

    检索得到原始文献2 346篇,根据纳排标准复筛,剔除2 068篇,最终筛得278篇,共计396味中药,提取频次排名前20的中药称为高频药物,通过Apriori算法进行关联性分析,药对“黄芪-丹参-山茱萸”最具说服力(置信度=90.35,支持度=24.24),作为新方。

    2.2  新方活性成分及作用靶点

    检索TCMSP数据库,获得山茱萸有效化学成分14种、丹参58种、黄芪19种。检索BATMAN数据库,获得丹参24种、黄芪39种、山茱萸25种。将活性成分的作用靶点合并去重,共计得到1 378个靶点。

    2.3  加权基因共表达网络分析

    基于GSE30122数据集,当软阈值β=8时构建无尺度网络,其中brown模块与DKD的关系最大(cor=0.3,P=0.01<0.05),提取brown模块基因554个。同理,基于GSE30529数据集,当β=15时构建无尺度网络,blue模块与DKD患病关系最大(cor=0.69,P=0.000,P<0.05),提取blue模块基因736个。

    2.4  GO和KEGG通路富集分析

    通过韦恩图获得新方与DKD的交集靶点19个,视其为作用靶点。可见作用靶点主要富集于应激反应等生物过程(BP),见图1A、囊泡等细胞组分(CC),见图1B,钙依赖型蛋白构建等分子功能(MF),见图1C,以及Hippo信号通路等KEGG通路,见图1D。

    2.5  PPI网络构建

    将19个作用靶点及对应的中药成分导入Cytoscape软件进行网络拓扑分析,根据度值(Degree)排名前三获取有效活性成分丹参酚醌Ⅰ(Miltionone I)、刺芒柄花素 (formononetin)、黄芪甲苷(Polygalacic acid)。随后将作用靶点导入STRING数据库构建PPI网络,基于“MCODE”算法,得到最优子网络(score=4),包括EDNRA、SNAI2、HDAC9、MEF2C关键靶点,视为hub genes。

    2.6  预测模型构建及性能评估

    EDNRA(OR=1.312,95% CI:1.104~1.560,P=0.006);(OR=1.128,95% CI:1.006~1.265,P=0.043)及HDAC9(OR=1.736,95% CI:1.489~2.025,P<0.001);(OR=1.470,95% CI:1.275~1.696,P<0.001),分别在GSE30122和GSE30529均为危险因素,且在DKD组均具有更高的表达水平(P<0.05)。以GSE30122为训练集,基于hub genes构建临床预测模型,通过内部验证证实具有优秀的预测性能(AUC:0.983,95% CI:0.925~1.000);基于GSE30529进行了模型外部验证证实具有良好的预测性能(AUC:0.806,95% CI:0.661~0.923)。

    2.7  Hub genes转录组验证

    与对照组相比,模型组hub genes转录水平更高(P<0.05);与模型组相比,治疗组hub genes转录水平更低(P<0.05),结果见图2。

    2.8  Hub genes翻译组验证

    与模型组相比,治疗组hub genes表达量均明显降低,该趋势与qPCR结果一致。说明hub genes是DKD的危险因素,而治疗组有效降低hub genes水平,结果见图3。

    2.9  HE染色

    与对照组相比,模型组肾间质小血管破裂,肾小球与间质距离改变且破裂,大量细胞流出;经中药干预后,治疗组细胞的结构和数量与模型组相比较,均得到明显改善,结果见图4。

    2.10  血糖检测

   与对照组(12.89±0.73)相比,治疗组(11.19±0.66)血糖降低(P<0.05),模型组(14.49±0.57)血糖升高(P<0.01);与模型组相比,治疗组血糖降低(P<0.01)差异有统计学意义。


讨论


    数据挖掘集合了文本挖掘、数理统计、关联规则等多种分析方法,为实现对“病-证-方-药”的深度挖掘提供了可能[8]。不仅如此,网络药理学作为药物研究的新模式,二者的有机结合发掘了中药复方规律及干预机制。本研究发现,新方“黄芪-丹参-山茱萸”在治疗DKD最具有代表性。黄芪味甘,性微温,有“补气诸药之最”之称,其扩张肾血管的功效已被临床公认,能实现对肾的保护作用[9]。丹参作为活血化瘀之圣药,《医学入门》记载:“消者,烧也,熏蒸日久,气血凝滞。”借此指出了消渴燥热灼肾,清热散瘀是其治疗的关键环节。国医大师张大宁教授[10]认为DKD症状缘于糖尿病日久,正气亏虚,肾气不固,微精外泄,故而发为蛋白尿,运用山茱萸以补肾摄精,充固肾气,安和五脏,其收涩之法可改善尿频、尿浊、蛋白尿。

     富集分析发现,新方可能通过调控Hippo信号通路、环磷酸鸟苷/蛋白激酶-G(cGMP-PKG)信号通路等多条通路,达到改善/治疗DKD的目的。研究表明,Hippo通路在高糖条件下受到抑制,从而激活Yes相关蛋白(YAP)并促进肾小球系膜细胞(MC)异常增殖,而MC异常增殖在糖尿病肾小球硬化的进程中起重要推动作用[11-12]。哺乳动物丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶4(MST1)是参与Hippo信号通路的核心成分,Yang等[13]发现,由MST1抑制诱导的活化YAP通过与转录增强缔合域蛋白(TEAD)结合并形成YAP-TEAD异二聚体直接上调TEAD激活,从而导致肾小管上皮中上皮-间充质转化(EMT)和纤维化。通过抑制YAP/TAZ活性,不仅可以阻断TGF-β诱导的肾成纤维细胞中的Smad 2/3信号传导,还可以阻断体内肾纤维化的进展[14],为DKD治疗开拓了新的前景。高葡萄糖条件可促进晚期糖基化终产物(AGE)积累,从而下调NO依赖性cGMP的表达并抑制cGMP-PKG信号通路[15]。Maimaitiyiming等[16]发现增加cGMP和PKG活性可增加肾小管直径,减少巨噬细胞管浸润,并减少肾小管TGF-β诱导的纤维化和凋亡,对改善DKD预后具有良好前景。

     Qi等[17]研究发现,肾小球内皮线粒体功能障碍与肾小球内皮素-1受体A型(EDNRA)表达增加和循环内皮素-1(EDKD1)增加有关。通过选择性阻断EDNRA或靶向活性氧清除作用于线粒体,可以预防内皮细胞的线粒体氧化应激,并改善糖尿病引起的内皮损伤、足细胞丧失、白蛋白尿和肾小球硬化。HDACs介导DKD的发病和进展,在肾间质成纤维细胞和肾小管上皮细胞中引发成纤维细胞活化、增殖和趋化因子生成[25],在DKD中起着重要作用,但仍须进一步实验证实。

     综上,“黄芪-丹参-山茱萸”作为新方,可能通过EDNRA和HDAC9,调节Hippo、cGMP-PKG等信号通路抑制肾损伤,进而发挥DKD治疗作用,为后续治疗DKD的药物开发和临床应用提供理论基础。

利益冲突  所有作者均声明不存在利益冲突

参考文献  略






END


欢迎关注

国际内分泌代谢杂志微信公众平台





国际内分泌代谢杂志
《国际内分泌代谢杂志》不仅是一本有着40余年历史的学术杂志,是一个让医者捕捉更多内分泌与代谢病专业信息的平台,是一个让医者学习如何做科学研究的平台,更像是一个标记中国内分泌与代谢病研究进展的符号,正在书写新时代内分泌学的波澜壮阔......
 最新文章