123 利用X射线计算机断层扫描和机器学习对猕猴桃冷害诱导的木质化进行无损检测和分级

文摘   科学   2024-04-20 17:00   陕西  
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文献解读 123



主题

猕猴桃

题目

Non-destructive detection and grading of chilling injury-induced lignification of kiwifruit using X-ray computer tomography and machine learnin

期刊

Computers and Electronics in Agriculture

中科院分区1影响
因子
8.3
第一作者Jiahua Wang通讯
作者
Xiaodan Liu, Yong He
单位

武汉工业大学食品科学与工程学院

原文链接

https://doi.org/10.1016/j.compag.2024.108658

01
研究背景

猕猴桃富含各类营养物质,已成为全球最重要的商业水果作物之一。园艺产品的采后质量通常通过低温储存来维持。然而,猕猴桃的低温储存会导致冷害,降低猕猴桃的可食用性,造成相当大的经济损失。

在许多对寒冷敏感的园艺作物中观察到木质化响应非生物胁迫和自然衰老。此外,园艺产品中可见的症状、发育时间和冷害的严重程度与品种、成熟度和储存期显著相关。迄今为止,对猕猴桃冷害诱导木质化(CIIL)的分析需要切开水果后进行目视检查。因此,每批可以检查的样品相对较少,导致同一产品的批次之间存在差异的风险。因此,必须开发一种简单、快速、无损的技术来识别猕猴桃中的缺陷,特别是CIIL。具有微米级空间分辨率的X射线计算机断层扫描(CT)和可以穿透果实表面的低能X射线已成为一项有吸引力的技术。一些研究人员将成像和光谱技术与机器学习相结合,以评估或分类农产品和食品。

02
材料与方法
1. 猕猴桃样品:选用金艳猕猴桃。

表1. 金艳猕猴桃的样本类型、处理方法和X射线CT采集信息

2. X射线CT图像采集

图1. X射线CT测量原理示意图
3. 猕猴桃CIIL指数的评价

表2. 金艳猕猴桃CIIL指数的描述和分级

4. 图像处理和特征参数

使用基于体积和面积的形状因子(shape VA)。还计算了统计参数,例如缺陷数(ND)、缺陷体积(VD)、所有缺陷的平均体积(AVD)和木质化部分体积(VLF)、体积的平均GSV(A-GSV-V)。此外,利用最高GSV级频率对应的GSV与A-GSV-V之间的差值(D值)来表征猕猴桃木质化的差异。表3列出了用于表征猕猴桃缺陷的参数。

表3. 猕猴桃缺陷定量显微结构分析参数

5.机器学习方法

LDA是一种用于模式识别的经典算法,SVM是在特征空间中找到最佳分离的超平面以最大化训练集中正负样本之间的间隔,RF是一种监督学习算法。

6.模型评估

随机选择70%的样本作为开发模型的训练集,而其余样本则用作验证集。通过获取受试者工作特征(ROC)曲线来评估分类器的性能。ROC曲线评估的一种简单方法是估计曲线下面积(AUC),AUC值越高表示分类性能越好。在给出分类器和实例时,有四种可能的结果。如果实例为阳性并被归类为阳性,则计为真阳性(TP);如果归类为负,则计为假阴性(FN)。如果实例为负数并被归类为负数,则计为真负数(TN);如果被归类为阳性,则计为假阳性(FP)。真阳性率(TPR)与假阳性率(FPR)由计算获得。
03
实验结果


3.1 健康、损伤和CIIL猕猴桃的CT图像特征
健康猕猴桃果肉颜色均匀(图2A),在等效的X射线CT图像中,果实肉质部分的GSV没有显著差异。猕猴桃的维管束是果实中水分和养分的主要运输通道,X射线通过其管状中空纤维组织衰减较弱,导致低灰值区域,以及由未成熟的猕猴桃种子引起的空腔(图2F-H)。冷害金艳猕猴桃具有木质化组织,皮下果肉有凹陷(图2B-D),这与CT图像中GSV较低的区域相对应(图2G-I)。这些发现表明,木质化组织的X射线衰减低于健康肉。本文中,衰减是指当X射线穿过猕猴桃时,部分能量将转化为热量或被组织吸收,并发生强度的降低。此外,随着冷害的增加,X射线CT图像中GSV较低的区域增加(图2G-I)。贮藏6天后损伤的猕猴桃的横截面图像如图2E所示。相应的X射线CT图像包含从表皮到果实内部的横纹区域,GSV较低(图2J)。
图2. 金艳猕猴桃横截面(A-E)和等效X射线CT(F-J)的视觉图像:(A和F)健康,(B和G)轻微CIIL,(C和H)中度CIIL,(D和I)重度CIIL,以及(E和J)损伤猕猴桃
3.2 基于X射线CT图像的猕猴桃缺陷分类

健康猕猴桃、损伤猕猴桃和CIIL猕猴桃的GSVs相对频率分布如图3A与健康猕猴桃相比,损伤猕猴桃和损伤猕猴桃的体素多,GSVs低。因此,CIIL中的木质化体素多于损伤中的缺陷体素,这与CT图像一致。健康猕猴桃与损伤猕猴桃和CIIL猕猴桃(早期阶段)在果实表面方面没有明显差异。然而,X射线CT图像揭示了损伤CIIL之间的显著差异(图3Biii)。损伤靠近表皮,集中在撞击部位,但正在向果实内部发展(图3Bi)。相比之下,CIIL在整个果肉中被检测到(图3Bii)。损伤引起的缺陷与CIIL相关的缺陷在缺陷的数量(图3Biiiiv)和连接性(图3Bvvi)方面有所不同。

3. 健康、损伤猕猴桃和CIIL猕猴桃(A)的GSVs频率分布以及损伤猕猴桃和未损伤猕猴桃的形态学图像B)(iii带有缺陷的特定CT图像,iiiiv3D渲染图像及从3D渲染图像中提取的最大缺陷vvi

CIIL猕猴桃和猕猴桃的平均独立缺陷分别为62.8个和4.5个,差异显著(表4)。由于损伤是从撞击点发展而来的,因此它们产生了比CIIL更大更集中的缺陷组织。损伤也导致了比CIIL更高程度的损伤连通性(表4)。损伤缺损组织相对集中且相连,其球形度(0.63)大于分散的木质化组织(0.36)。

表4. 猕猴桃损伤和CIIL缺陷组织的特征参数

使用5个特征参数(表4)构建LDA、SVM和RF分类模型。使用5倍交叉验证的所有方法的平均ROC曲线和AUC分数如图4所示。总体而言,样本组A(图4A)的所有三个模型均以0.98(LDA)、0.98(SVM)和0.99(RF)的AUC评分令人满意地识别出健康的猕猴桃、损伤的猕猴桃和CIIL猕猴桃(图4B)。考虑到猕猴桃中损伤和CIIL缺陷并存,即样品组B含有4种猕猴桃(图4A),LDA、SVM和RF分类模型也获得了令人满意的结果(AUC大于0.9),即0.91、0.93和0.94,AUC得分略低于样品A组(图4B和C)。相比之下,RF模型的分类性能略优于LDA和SVM。TPR和FPR被视为性能参数,使开发的模型能够将样本分类为真阳性,而不是具有高潜力的假阳性。

图4. 机器学习分类中的猕猴桃分组(A);健康猕猴桃分类(B)和健康猕猴桃分类(C)的LDA、SVM和RF模型的AUC评分的平均ROC曲线;该线表示每种方法的平均ROC曲线,由每个数据分割的单个ROC曲线计算得出

3.3 根据CIIL指数对猕猴桃进行分级

1.不同CIIL指数猕猴桃形态特征

色部分(图5A-C)表示通过阈值分割获得的CIIL和空腔部分。由未成熟的猕猴桃种子形成的空腔靠近中心。由空腔产生的低GSV区域通过shape VA去除,然后在三维空间中重建(图5D-F)。猕猴桃的VDVLF随着CIIL指数的增加而增加(图5D-F)。具有不同CIIL指数的猕猴桃在CIIL比例方面存在显著差异。孔隙骨架图显示了不同程度的冷损伤导致的木质化的连通性我们将木质化部分鉴定为孔隙(图5J-L)。显然,CIIL23的局部孔隙厚度和连通性大于CIIL1此外,对于CIIL3猕猴桃,组织厚度的增加与受影响体积的增加有关。相比之下,对于CIIL1猕猴桃,几乎没有组织厚度大于0.08mm的木质化缺陷。

图5. CIIL指数为1、2和3(A-C)的猕猴桃CT图像,CIIL(D-F)的3D重建图像,CIIL孔隙体积(G-I)的图像,以及CIIL(J-K)的骨架模型

2.基于CIIL指数的机器学习分类器,用于猕猴桃分级

6提供了形态参数、统计参数和CIIL指数的相关系数热图。从热图可以看出,A-GSV-VD-值、shape VAVDVLFCIIL指数高度显著相关,可能是因为木质化体积与冷害程度直接相关。A-GSV-VD值对CIIL指数的影响相对较大。

图6. 特征参数与CIIL指数相关性的热图

最优结果表明,利用与CIIL指数相关的前4个特征参数A-GSV-VD-值、VDVLF构建LDASVM模型,利用前5个特征参数构建RF模型。分类结果如图7所示。总体而言,3个模型的CIIL度分类AUC得分均大于0.9,表明分类器对不同CIIL程度的猕猴桃进行分级均表现良好,SVM模型的AUC最高(0.95),其次是RF0.93)和LDA0.91)。

图7. 用于猕猴桃CIIL度分类的LDA、SVM和RF模型的平均ROC分数和AUC分数;该线表示每种方法的平均ROC曲线,根据每个数据段的单个ROC曲线计算得出
总体而言,使用机器学习对猕猴桃缺陷进行分类和CIIL程度的分级非常有效,结合机器学习的X射线CT图像可以根据木质化程度对猕猴桃进行准确分级。值得注意的是,可以选择和去除没有商业价值的严重木质化猕猴桃,以确保猕猴桃在保质期内的质量。

3.4 猕猴桃保质期内木质组织的变化
采用VLF定量评估猕猴桃在模拟保质期内木质化组织的变化。对数据的分析显示,CIIL1CIIL2猕猴桃在保质期内的VD没有显著变化,但CIIL3猕猴桃的VD有所增加。使用从跟踪扫描中获得的X射线CT图像计算VLF的平均值和标准偏差(图8B)。猕猴桃在保质期0天平均VLF0.08%CIIL1)、0.25%CIIL2)和0.72%CIIL3)。在20下贮藏6天后,CIIL3猕猴桃的VLF显著增加至1.02%,随后小幅增加至1.09%。对于微木质化和中度木质化的猕猴桃(CIIL1CIIL2),VLF在整个保质期内没有显著变化。

图8. 具有不同CIIL指数的猕猴桃在保质期内的三维渲染图像(A)和CIIL体积(B)的变化
理论上讲,猕猴桃的CIIL组织在保质期内不会膨胀。然而,观察到仅在保质期内CIIL3猕猴桃中观察到VLF显著增加(图8可能不是由CIIL组织的增加引起的,而是由木质化组织的存在引起的,这些木质化组织允许水分从周围的果肉中消散和/或从周围的正常组织吸收水分。最后,它产生与CIIL组织相似的更大体积的低GSV,这导致CT图像上显示的低GSV区域增加(图9)。这些新增加的低GSV体积被计算到CIIL组织体积中,并因此呈现出VLF的增加。相比之下,这些因素对CIIL1CIIL2猕猴桃的影响相对较小,VLF的变化较小。

9. CIIL3猕猴桃纵切面的视觉图像(A)和同一猕猴桃在保质期0 dB)和18 dC)的等效X射线CT图像
VLF结果表明,微木质化和中度木质化的猕猴桃(CIIL1CIIL2)在整个保质期内仍可食用并保持其商业价值,变化最小,质量没有显著下降。相比之下,重木质猕猴桃(CIIL3)的质量在其保质期内继续恶化,导致商业价值完全丧失。这些观察结果也证实,猕猴桃应使用CIIL指数进行分级,并且应去除大量木质化的猕猴桃,以免它们出售给消费者。

04
讨论与结论

X射线CT成像可用于识别、分类和分级受冷害的水果和蔬菜,同时还生成相关数据以监测水果和蔬菜的贮藏质量。这些数据可能有助于优化储存条件以保持水果和蔬菜的质量。未来的研究应进一步探索直接使用X射线CT图像进行深度学习,以保证将开发的方法更容易转移到其他应用中。


本文图表均来自本文献


END
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文献解读:王家琪

 编辑:王家琪

 校稿:赵沁雨

 审核:马婷婷

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