朱令父母于2024年4月15日向最高人民检察院递交了《侦查监督申请》，请求“对朱令被投毒一案侦查过程中有关部门的违法行为进行监督，对其提出纠正意见或者检察建议并督促其对该案继续侦查”
在朱阿姨提交的《侦查监督申请》中提出，有关部门的侦查行为中存在一些违法之处：
第一、 “结办”案件违法
第二、没有认定犯罪嫌疑人与事实不符
第三、解除对孙某的出国限制并为其变更身份信息违法
第四、以缺少“直接证据”为由不作为，于法无据
2024年10月29日，北京市人民检察院副检察长等4人面见朱令父母，当面答复朱明新侦查监督申请主要内容如下：
1. 经过查阅案卷材料，并没有发现侦查机关在侦查过程中存在违法行为，之所以有领导批示，是因为案件影响大；
2. 本案没有撤销案件，“结办”案件并非刑事诉讼法中的程序，实际上是无法侦破而挂案；
3. 孙维曾经被认定为犯罪嫌人，没有解除其犯罪嫌疑人的手续；
4. 侦查机关有解除其出境限制的手续，依据是两高两部的有关规定；
5. 对于孙维改名孙释颜和出生日期，侦查机关是知道的，但是否符合户籍管理的有关规定，不在检察院侦查监督的范围；
6. 检察机关认为将孙维作为犯罪嫌疑人移送审查起诉需要证据确实充分，现有证据不能达到这一标准；
7. 清华毒物管理不严导致其他人也可能获取铊盐、朱令还在校内有其他活动地点、除了同宿舍人员还有其他人员也可能进入其宿舍等事实，都不能排除其他人投毒的可能；
8. 贺敏博士的实验证明朱令94年8月开始中毒，但现有证据只能证明孙维94年11月开始接触铊盐，所以该证据不能推动案件；
9. 案件是北京市人民检察院受理，今天当面答复并没有书面答复，符合《人民检察院办理群众来信工作规定》，家属要求的话可以出具书面答复。
朱令父母当场回复如下：
1. 其他刑事案件并不需要领导批示也没有“结办”手续，本案明显受到权力干预，领导批示“结办”案件导致案件无法进一步开展；
2. 孙维被认定为嫌疑人，如果没有解除其嫌疑人身份的法律手续，按照《中华人民共和国出境入境管理法》的规定，不得允许其出境；
3. 孙维作为犯罪嫌疑人，其更改姓名和出生日期将对案件侦查带来困难，有可能导致其逃避侦查，侦查机关明知仍允许，是渎职行为；
4. 虽然批准孙维更改姓名和出生日期属于行政管理行为，但是检察机关是法律监督机关，也应就此事进行调查并就发现的违法行为转交有权机关处理；
5. 尽管从每个因素看存在其他可能性，但是将所有作案必要的因素综合起来看，只存在一种合理的结论，就是孙维是唯一的嫌疑人，并不存在其他的合理怀疑，这已经达到了移送起诉的要求。
6. 94年8月虽然是暑假，但清华有小学期，朱令还是在校内中毒，而且也不能排除孙维盗取实验室铊盐的可能。
7. 要求书面答复。
2024年11月8日，朱令父母在网络公布《侦查监督申请》全文，发布几小时后被文章被依法下架。
2024年11月11日，朱令父母收到书面答复如下：
北京市人民检察院群众来信回复函
朱明新：
您好！2024年4月28日，最高人民检察院将您的侦查监督申请交由北京市人民检察院办理。北京市人民检察院高度重视，依法调取“朱令令铊中毒案件”侦查卷宗、询问相关人员、走访相关单位，全面开展监督审查工作。经审查，1994年12月、1995年3月，朱令令先后两次因突发富腾、眩晕等症状入住北京同仁医院、北京协和医院治疗。1995年5月2日，确诊为铊中毒。同年5月5日，公安机关接到报案，立即成立专案组开展侦查，采去了当时条件下的各种形式侦查措施。审查中，未发现公安机关存在侦查违法情形。
检察机关办理侦查监督申请事项，始终坚持以事实为根据、以法律为准绳，依法履行法律监督责任。
北京市人民检察院
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