01
多组学有那些，能分析出什么？一
般取什么标本分析？做肠道皮肤轴
方面，推荐什么组学结合？
多组学包括蛋白质组学、代谢组学、转录组学、基因组学等。通过整合分析这些数据，可以深入理解生物体内复杂的生物学过程、疾病机理、以及生物体对外界环境变化的响应机制。分析可以揭示基因表达的调控、蛋白质的功能、代谢物的变化等多维信息。
一般来说，取样材料包括血液、组织、粪便、皮肤拭子等，根据研究目的和对象的不同选择不同的标本。
对于肠道-皮肤轴的研究，推荐以下组学结合：
（1）微生物组学：分析肠道和皮肤微生物群落的组成和功能。
（2）代谢组学：揭示肠道和皮肤中代谢物的变化，了解微生物与宿主之间的相互作用。
（3）转录组学：研究肠道和皮肤细胞在特定条件下基因表达的变化。
（4）蛋白质组学：分析蛋白质表达、修饰及其在肠道和皮肤健康、疾病中的作用。
这种多组学结合分析可以提供关于肠道-皮肤轴在健康和疾病状态下的全面信息，有助于开发新的治疗策略。
02
组织放-20°C可以放多久？后面
要做转录和代谢。
对于转录和代谢分析，组织样本在-20°C下理想存储时间不应超过6个月。长期存储建议使用-80°C以更好地保持RNA和代谢物的稳定性。
03
微生物组和代谢组学怎么关联分析？
做关联热图的数据是什么？
微生物组和代谢组学的关联分析主要依赖于统计和计算生物学方法来探索微生物组成分与代谢产物之间的关系。首先，1）分别对微生物组和代谢组样本进行高通量测序和代谢物检测，获取微生物组成信息和代谢物浓度数据。；2）然后使用生物信息学工具和统计方法对数据进行预处理，包括质量控制、归一化等，以确保数据的可比性；3）应用相关性分析方法（如Pearson、Spearman相关系数）或者更复杂的统计模型（如偏最小二乘回归分析，PLS-DA）来探索微生物种类的丰度与代谢物浓度之间的关联，这一步骤可以识别出可能存在交互作用的微生物与代谢物；4）最后利用网络分析工具构建微生物与代谢物之间的关联网络，以揭示它们之间的潜在相互作用关系。
关联热图的数据源自于以上提到的统计分析步骤，即各微生物在不同样本中的相对丰度或存在性数据以及代谢物的种类和浓度数据，通过相关性分析获得的相关性系数构成了制作热图的数据基础。
04
转录组测序的样本量怎么算？
转录组测序（RNA-Seq）的样本量计算主要取决于研究目的、样本类型、测序深度以及预期的数据分析方法。
1.研究目的：
基础研究、差异表达分析、稀有转录本检测或特定基因表达分析等不同目的影响所需样本量。
2.样本类型：
如人类、动物、植物或微生物样本，以及样本的异质性。异质性高的样本通常需要更多的样本量。
3.测序深度：
差异表达分析通常需要至少10-20 million reads per sample。稀有转录本检测或特定小RNA研究可能需要更高的测序深度（>30 million reads）。
计算具体样本量时，还需考虑预算、实验设计复杂度等因素。使用在线工具如RNASeqPower、Scotty等，输入具体参数（如预期效应大小、错误率、样本异质性等），可以帮助估算所需的样本量。
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