实现ADaM数据验证:支持的ADaM-IG版本有:1.1,1.2,1.3—efreeshare系统

文摘   2024-11-04 07:30   上海  

关于efreeshare系统v1.1


efreeshare系统是一套专注于生物制药数据标准化执行和管理的应用软件,用以助力临床程序员数据标准化的准备和提交过程,保证临床试验数据准确、合规,符合监管要求,从而加速生物制药研发的总体进程。
该系统提供临床试验数据验证和电子化提交一站式服务,实现高度自动化填充,力求提升国内企业指导标准和行为规范,使用FDA/CDISC等最新标准,实现国际通用行业标准100%国产化,高质量、高标准、高品质保证数据的科学性和安全性,填补国内同类系统空白。

基本功能概述


数据浏览/导出:支持xpt和sas7bdat格式的数据在线浏览、审核,也可下载为Excel,CSV格式,方便非SAS用户

Metadata相关:支持SDTM、ADaM Mapping Specifications编程模版编辑和下载,方便在线协作和管理

数据递交标准:支持NMPA,FDA和PMDA三种临床数据标准化验证配置(PMDA为v1.1新增)

SDTM数据验证:支持的SDTM-IG版本有:3.1.2,3.1.3,3.2,3.3(除3.3外,其余为v1.1新增)

ADaM数据验证:支持的ADaM-IG版本有:1.1,1.2,1.3(除1.3外,其余为v1.1新增)

Define.xml验证:支持的Define.xml版本有2.0和2.1

cSDRG/ADRG制作:支持在线创建cSDRG/ADRG,智能化填充内容,创建文档效率提升,方便在线协作和管理
Define.xml制作:支持SDTM和ADaM数据模型的Define.xml 2.1版本文档制作,其中的数据集/变量属性、受控术语、VLM、计算方法等模块达到高度自动化填充,准确度和效率显著提升
双标签:支持PDF文档(如aCRF)双书签制作(v1.1新增)
m5: 可一键在线自动创建m5文件夹,可存档和下载

注册及登录

1. 进入efreeshare系统官网(www.efreeshare.com),点击登录按钮,进入注册页面。

2. 手机号注册,获取验证码,按密码强度要求设置密码,阅读“服务协议”,勾选方框,完成注册。

3.注册完成后,回到登录界面,使用手机号和密码登录,进入efreeshare系统。

4. 点击“新增项目”,输入项目号和项目标题,创建中文或英文项目。

5. 项目创建完成,点击项目内容,进入系统,按使用说明操作。

efreeshare系统v1.1界面操作详细说明

项目添加:中文项目表示只在中国境内开展的临床试验,采集的数据点基本上为中文字符,英文项目表示在全球范围内开展的临床试验,采集的数据点基本上为英文字符。
项目编号一般为临床试验方案号(如果试验设计不同,有两套EDC数据库,按实际情况需新增两个项目,如一期药理单次剂量爬坡和某剂量多次给药或食物影响研究,可设置Single dose和Multipe dose两个项目;如果是同一个项目分为short-term和long-term,又或者是cut-off、中期分析等原因,由于终究是一套数据,依然认为是一个项目,当然用户也可以按实际需要分阶段提交;如果是ISE/ISS项目,当作2个),项目名称一般为临床试验方案的标题。最后注意,在新增项目的时候,项目名称和项目号不要填反了。

v1.1更新

在新建项目的时候,我们分试验开展的地区而将项目分为中国,美国和日本,在验证功能里分别对应为NMPAFDAPMDA,从而使数据提交符合当地的监管要求;同时,考虑到当前诸多正在进行的项目未必是最流行的标准,我们为各个地区配置了更多的数据验证版本,支持的SDTM-IG版本有:3.1.23.1.33.23.3,支持的ADaM-IG版本有:1.11.21.3

SDTM Mapping Specifications Template

在开始SDTM编程之前,先在线创建SDTM编程说明书模板。点击“新增”,系统将创建基于SDTMIG 3.3和SDTM 1.7标准的空白模板。系统里默认了诸多配置,用户可按实际情况自行修改更新,文档可多用户在线编辑,自动保存,下载,存档等,方便统一管理。同时,我们提供使用此编程说明书的SAS程序代码。

Domain标签囊括所有标准域,点击名称可跳转到相应域,“Source Data Used”列为本域编程使用的EDC数据集和其他可能的外部文件,如果不需要创建相应的域,此列置空。

具体域囊括所有标准变量,在“Conversion Definition”列填写对应变量的mapping方法,如果不需要创建此变量,此列置空。点击“Controlled Terms or Format”列值跳转到对应变量的最新的codelist(如当前最新的版本为2024-03-29),点击“DOMAIN”回到Domain标签

满足Domain标签“Source Data Used”不为空的数据集和单个数据集里“Conversion Definition”列不为空的变量等条件会进入用户最终下载的SDTM编程说明文件。

如5个试验设计数据集通常是需要创建。如Core为“Req”或“Exp”的变量通常进入数据集,不管用户有没有填写mapping rule,这同时也提示了用户需要填写变量相应的计算规则。

数据集上传

基于编程说明协议创建完数据集,上传到系统。我们支持SAS数据集sas7bdat格式的数据直接参与验证,不需要用户频繁地将sas7bdat格式转化成xpt格式,只需在基本确认sas7bdat格式数据为终版时再创建xpt,这在前期验证流程上能节省不少工作时间(可能有的人会说,我可以在每次创建sas7bdat的时候就同时生成对应的xpt文件,这也是要消耗资源的)。

另外,我们在efreeshare官网(https://www.efreeshare.com/specification)上传了cdisc官方发布的数据供业界朋友下载,学习和交流。

数据集验证

首先,这里提几点关于数据验证流程的建议:1. 不需要等所有数据集全部完成之后才开始验证,可以边做边验证,有些问题可以提前规避;2. 如果是独立双编程,在另一方QC之前就自行验证发现问题,有的时候双方可能都没有发现数据质量或逻辑问题;3. 数据验证极其重要,是保证数据质量的关键环节,要引起高度重视,尤其是国内临床试验;4. 不可太拘泥于某些验证规则的文字表述,规则也是人为规定的,要结合实际情况,注意灵活掌握和运用,将更多精力放在临床试验本身的安全和疗效属性上面;5. CDISC虽然已经发布SDTMIG 3.4版本,但仍需要行业和监管机构的消化和认可,FDA Data Standards Catalog v8.0 (02-15-2022)也没有提到SDTMIG 3.4开始适用时间,SDTMIG 3.3为当前比较流行和通用的标准。

SDTMIG 3.3数据集验证配置引擎为FDA Validator Rules version 1.6(2022年12月最终版本)和FDA Business Rules version 1.5(2019年5月最终版本),对中文项目的验证也是使用同样的标准,可只验证数据集,也可同时验证数据集和相应的define.xml文件。英文项目可选择相应的配置文件,如标准术语,编码等,中文项目验证标准术语可选择“2024-03-29”版本中文标准术语(注:SDTM标准术语2024-03-29版本由efreeshare开发小组负责完成翻译,校对),如不配置相关验证条件,可选择“Not Applicable”。

v1.1更新

report模块查看验证报告。



数据线上查看

从验证报告里发现数据质量问题后,可以在线查看数据,找出问题所在,操作方便、简单、快捷。
数据导出

可以将数据集导出为常规格式的数据供非统计人员使用。

aCRF查看

可在系统内上传pdf格式文件,方便资料之间的查阅,对比,审核。

aCRF双书签制作

csdrg文档

系统根据项目语言选择初始化不同的csdrg模板在线创建csdrg文档,中文项目语言为汉字,英文项目语言为英语,模板内容和格式来自Phuse最新发布的Version 1.3,2018-11-01,用户在相应位置填写内容即可。

根据导入的数据自动填充相应内容。

按需插入图片,可调整大小。选择不同的答案(如“是”或“否”),对应不同的回答。

Define-XML

根据FDA Data Standards Catalog - Supported and Required Standards所示,如果项目开始日期在Requrement Begins' date(此处适用Define-XML 2.1要求的开始日期为2023/3/15)之后,则申办方或申请人在提交时为保证合规必须使用指定的标准。我们建议申请人使用Define-XML 2.1版本提交数据。

Define-XML 2.1在Define-XML 2.0的基础之上,主要做了如下更新。
def:Origin定义

Define-XML 2.0中,SDTM 变量或变量value-level的origin:type有以下几种:CRF,Protocol,Assigned,Derived;而在Define 2.1中,它是origin:type和origin:source的组合。

SDTM DM Define-XML Version 2.0部分展示

SDTM DM Define-XML Version 2.1部分展示


Origin=CRF在Define-XML从2.0到2.1变化

标准和术语的确定:Version 2.0标准的指定是对整个package,从MetaDataVersion到适用标准的名称和版本。

Define-XML 2.1新“标准”部分

数据集Metadata显示不同的Domain可以有不同的标准

对特定变量使用指定版本的CT,实际项目中一般就用一套。

添加新的子分类(ADaM sub-classes),将合适的ADaM数据集更进一步分类。

空数据集的表示

用户先验证数据,再线上创建define.xml文档对应的excel模版

页面编辑,详细操作说明见下文。

使用efreeshare系统创建Define.xml 2.1

理论+实操系列视频

应该说,官方资料展示的define文件是比较复杂的,很详细,很具体,甚至某些地方的处理不常见,但efreeshare系统能完美地处理这些问题,功能上可以完全复现各种一般和特殊情况,它通过专业的业务逻辑设计,高度的自动化和智能化,极大的节省了人工成本和工作效率,是一款业界同仁使用起来得心应手的应用软件系统。


01-标准:各数据集,各标准术语均可有独立的标准及版本。

02-数据集

03-试验设计域

04-人口学-RACE变量Value Level Metadata,不同的RACE值,不同的metadata定义。

05-不良事件-AETERM变量Value Level Metadata

06-生命体征-VSORRES-VSORRESU变量Value Level Metadata,适用Value Level Metadata情况最多的是展示结果的变量,如有必要,结果的单位也可以制作VLM。

07-NV(No Data)-制作方法,由于不存在数据集,故需手动添加。

08-SUPPDM-SUPPNV(No Data)-制作方法,09-DI域制作方法,Medical Device的标准域也加入到系统配置中。

10-编码列表-词典-注释-引用文档-方法详细制作方法

define.xml验证,配置引擎为Define.xml 2.0(2014年4月24日)和Define.xml 2.1(2019年5月8日)。

验证报告,查阅报告,返回修复define.xml制作过程中的各种问题。

ADaM Mapping Specifications Template

ADaM数据集数据验证,配置引擎为ADaMIG 1.3,CDISC ADaM Validation Checks Version 1.3(2015年3月17日最终版本),进report模块查看验证报告。

adrg文档线上编辑,内容和格式为Phuse最新发布的ADRG(Version 1.2,2019-07-18)模板

更多详情请咨询小编团团备注:efreeshare


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