新品推介 | 全基因组RNA m⁶A MeRIP-seq:高分SCI利器

文摘   2024-09-25 19:09   广东  

N6 -甲基腺嘌呤(N6-Methyladenosine, m6A)是最丰富的转录组修饰之一,在几乎所有生命的细胞RNA中都有发现,广泛分布在mRNA和lncRNA在3’UTR区域中。m6A功能非常丰富,包括调节RNA的剪接、核输出、稳定性和翻译来影响RNA的命运和表达,也因此成为近年来国内外的研究热点,国自然的研究数目屡屡攀高。艾斯基因推出m6A甲基化免疫沉淀测序(m6A Methylation Immunoprecipitation Sequencing,m6A MeRIP-seq),在全基因组范围内鉴定具有m6A修饰的区域。其原理为通过特异识别m6A修饰的抗体,对细胞内具有m6A修饰的RNA⽚段进⾏免疫共沉淀,通过⾼通量测序,结合⽣物信息学分析,实现样本全基因组范围m6A修饰的系统研究,广泛用于:

  • RNA甲基化图谱构建;

  • 复杂疾病及肿瘤发病机制研究;

  • 细胞分化和胚胎发育研究;

  • 动植物环境暴露与响应研究。


通过特异性抗体捕获m6A甲基化的RNA分子,然后对捕获的RNA进行测序分析

技术特点

  • 全基因组范围鉴定RNA修饰;

  • 超低起始量,低至10ug建库;
  • 检测多种RNA类型,包括mRNA和lncRNA等。
  • 样本兼容:可用于人临床、动物、植物等各种样本

产品参数

由于rRNA占据总RNA的大多数,会影响低丰度RNA修饰检测结果,因此需要去除rRNA来提高结果的准确性和富集效率。有两种方法,分别是通过polyA捕获mRNA和剔除rRNA。两种技术差别如下:

案例文章

1

癌症发生发展和肿瘤侵袭的机制研究‍‍‍‍‍‍


文章标题:Demethylase ALKBH5 suppresses invasion of gastric cancer via PKMYT1 m6A modification

发表期刊:Molecular Cancer

技术平台:Merip-seq

研究样本:胃癌组织和正常组织(各三个重复)

研究结果:胃癌组织中检测到ALKBH5表达降低,去甲基酶ALKBH5干扰促进胃癌细胞转移;鉴定PKMYT1作为ALKBH5的下游靶点,促进了GC的侵袭和迁移;由ALKBH5敲低或其去甲基化酶活性突变引起的PKMYT1表达上调表明ALKBH5以m6A依赖的方式调节PKMYT1的表达;4.IGF2BP3通过其m6A修饰位点帮助稳定PKMYT1的mRNA稳定性。

2

胎干细胞发育期间的转录休眠机制研究‍‍‍‍‍‍

文章标题:m6A RNA methylation or chestrates transcriptional dormancy during paused pluripotency 
发表期刊:Nature Cell Biology
技术平台:Merip-seq
研究样本:揭示了Mettl3是基因转录组和表观转录组基因调控之间互作的关键协调者,依赖于 Mettl3 的 m6A RNA 甲基化是通过维持转录休眠来实现发育暂停的必要条件,证明了N-Myc是一个关键的抗暂停因子,揭示了哺乳动物发育暂停的分子机制,对成体干细胞和癌症的休眠具有重要意义。

3

植物环境响应和抗逆的m⁶A甲基化调控研究‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍

文章标题:mRNA N⁶-methyladenosine is critical for cold tolerance in Arabidopsis
发表期刊:the plant journal
技术平台:Merip-seq
样本类型:对照组和4°C冷处理24小时的实验组,Col-0拟南芥幼苗,mta突变体(三个生物学重复)
研究结果:拟南芥在冷胁迫下,冷富集m⁶A转录本在冷胁迫下表现出mRNA丰度的最大增加,同时核糖体(ribosome)率增加。利用m⁶A甲基转移酶主要基因突变的mta突变体进一步评估m⁶A表观转录组对植物抗寒性的意义。与野生型相比,mta突变体对冷处理表现出超敏反应,这由根的初生生长、生物量和活性氧积累决定。此外,非驯化和冷驯化的mta突变体都表现出对抗冷冻的超敏反应,表明了表观转录组在拟南芥抗寒性中的关键作用。

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艾斯基因是国内最大的表观组甲基化服务商,专注表观创新多组学,提供表观全景解决方案:DNA甲基化/羟甲基化、DNA染色质互作、RNA甲基化等技术服务,年为 100+海外和国内企业客户、200+ 高校和医院等客户提供10万+ 例样本的技术服务。
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