DNA甲基化：第五碱基
DNA甲基化是一种表观遗传修饰，涉及在胞嘧啶的5-碳位上添加甲基团，形成5-甲基胞嘧啶（5mC），在维持正常细胞的功能、雌性个体X染色体失活、寄生DNA序列的抑制、基因组结构稳定、遗传印记、胚胎发育、及肿瘤和疾病的发生、发展紧密相关，具有至关重要的作用。因此，5mC被称为“第五碱基”。DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。
全基因组甲基化检测方法
DNA甲基化主要以胞嘧啶-鸟嘌呤（CpG）二核苷酸形式存在，而人类基因组具有2800万个CpG位点，因此在全基因组范围检测DNA甲基化是非常重要的。目前全基因组甲基化检测主要有两种方法：一种是以检测探针杂交信号为原理的Illumina的甲基化芯片，代表性技术为850K芯片，以及最新的935K。另一种是基于重亚硫酸盐处理结合高通量测序的Bisulfite测序法，代表性技术为WGBS和RRBS。
甲基化芯片
甲基化芯片技术起始于27K芯片，这是早期的甲基化检测工具，能够检测大约27,000个CpG位点的甲基化水平。随后，Illumina相继推出了450K芯片，850K芯片（也称为Infinium MethylationEPIC BeadChip）。而最新的935K芯片（Infinium MethylationEPIC BeadChip v2.0能够检测大约935,000个CpG位点，包含了常见的肿瘤甲基化位点，癌症驱动突变等位点。在早期临床肿瘤甲基化研究发挥了重要作用，比如TCGA数据库。
优点：
同时检测多个样本的甲基化状态，适用队列检测。
性价比方案，以较低的价格获取基因组靶向甲基化位点信息。
缺点：
物种限定为人
信噪比差，存在批次效应
检测位点为靶向内容，缺乏研究创新性
覆盖基因组的甲基化位点少，不够全面
Bisulfite测序法
基于重亚硫酸盐处理的高通量测序通过使用重亚硫酸盐处理基因组DNA，将未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶，然后进行高通量测序，从而实现单碱基水平的甲基化分析，是DNA甲基化测序研究的金标准，广泛应用于个体发育、衰老和疾病等生命过程的机制研究，也是各物种甲基化图谱研究的首选方法。
优点：
先进性：解决了芯片技术的靶向限制，没有批次效应，提供了更广泛的基因组覆盖
准确性：可以准确分析每一个胞嘧啶的甲基化，且没有批次效应。
创新性：无偏向的位点检测，能够发现新的与疾病关联的甲基化位点
缺点：
甲基化测序技术在早期非常昂贵，要求计算资源高。
需要一定生信分析基础，相较于芯片，测序得到的信息更多，分析也更加复杂。
技术总结
我们对比较常用的甲基化检测技术进行总结，根据研究需求和项目情况选择合适的技术是关键！
艾斯基因建立了甲基化完整解决技术方案和平台：全基因组甲基化测序WGBS/EM-seq、RRBS及Illumina 935K甲基化芯片等高通量平台，以及适合液体活检的全谱甲基化Methylome-seq、MethylDesign定制化甲基化Panel捕获系统、及甲基化荧光PCR平台和ddPCR平台，通过测定验证后的Biomarker甲基化，可用于开发试剂盒，用于临床快速诊断。
甲基化服务选艾斯基因
🌟项目经验丰富
艾斯基因是国内最大的表观组甲基化服务商，每年样本通量＞10万例，已经成功完成对人临床样本，大小鼠，猪，牛，食蟹猴，拟南芥，大豆，水稻，桃，白菜等近百个物种的甲基化测序分析，每年服务100+海外和国内企业及200+高校和医院等客户。
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团队专注表观多组学15年，拥有资深的表观研究经验，多篇CNS及子刊研究成果，助力客户在Nature Communications、Genome Biology、Cell Research等国际期刊上累计发表百余篇论文。
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