技术优势
1.高密度
涵盖基因组超2M个CpG位点，覆盖>25,000个重要CpG Island
2.高价值
全面覆盖UCSC, Ensembl, ENCODE等数据库关注的重要甲基化位点和基因组元件，如启动子，CG岛，增强子等
3.高精度
单碱基分辨率，超100X覆盖，无批次效应
4.高适配
组织活检（如FFPE、冷冻组织等）和液体活检（血液cfDNA/ctDNA、脑脊液、尿液、灌洗液等）甲基化检出优异
技术原理
全谱甲基化测序将液相杂交捕获技术和重亚硫酸盐测序技术完美结合，对目标序列进行单碱基分辨率的甲基化测序
送样要求
分析内容
应用案例：GRAIL基于cfDNA甲基化泛癌早检和组织溯源
Sensitive and specific multi-cancer detection and localization using methylation signatures in cell-free DNA.
发表时间：2020年
发表期刊：Annals of Oncology (IF=50.5)
研究方案：早期癌症检测可以在预后更好、治疗不那么病态的时候发现肿瘤。本项目通过前瞻性病例-对照子研究评估了cfDNA靶向甲基化分析的性能，以评估在高特异性检测和定位各个阶段的多种癌症类型。6689名参与者[2482名癌症患者（>50种癌症类型），4207名非癌症患者]被分为训练组和验证组。血浆cfDNA经过亚硫酸氢盐测序，靶向超过10万个甲基化区域，用于开发并验证癌症检测和起源组织（TOO）定位的分类器。
研究结果：检测技术性能在训练集和验证集中表现一致。在验证中，特异性为99.3%[95%置信区间(CI)：98.3%至99.8%；0.7%假阳性率(FPR)]。在预先设定的12种癌症类型（肛门、膀胱、结肠/直肠、食管、头颈部、肝/胆管、肺、淋巴瘤、卵巢、胰腺、浆细胞肿瘤、胃）中，I-III期敏感性为67.3%（CI:60.7%至73.3%），占美国每年癌症死亡的63%，在所有癌症类型中为43.9%（CI:39.4%至48.5%）。检测灵敏性随分期的增加而增加：在预先指定的癌症类型中，I期的敏感性为39%（CI:27%至52%），II期的敏感性为69%（CI:56%至80%），III期的敏感性为83%（CI:75%至90%），IV期的敏感性为92%（CI:86%至96%）。在所有癌症类型中，I期的敏感性为18%（CI:13%至25%），II期的敏感性为43%（CI:35%至51%），III期的敏感性为81%（CI:73%至87%），IV期为93%（CI:87%至96%）。在96%的癌样中能检出组织溯源TOO信号，TOO定位准确率为93%。
图1 基于cfDNA的多种癌症检测方法的开发和验证
图2 靶向甲基化cfDNA检测性能
Reference:
[1] Sensitive and specific multi-cancer detection and localization using methylation signatures in cell-free DNA. Ann Oncol. 2020 Jun;31(6):745-759. doi: 10.1016/j.annonc.2020.02.011. Epub 2020 Mar 30. PMID: 33506766; PMCID: PMC8274402.
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