创新酶转化EM-seq:助力液体活检cfDNA甲基化测序及临床应用

文摘   2024-10-08 18:04   广东  

传统的全基因组甲基化检测方法是基于重亚硫酸氢盐转化,是甲基化检测的金标准方案,但会在一定程度上损伤DNA,且所需样本量较高,微量样本检测时会有偏差。基于酶法转化(EM-seq) 测序技术具有对DNA转化损失小的技术优势,在精准医学及液体活检应用上具有潜在优势。艾斯基因推出创新酶转化EM-seq产品,建立双转化平台和双质控体系,每个样本加入不甲基化的lambda DNA(转化率大于99%)和甲基化的pUC19 (过转化率低于5%),保证更稳定的高质量甲基化数据,助力精准医学和液体活检的转化应用!


使用TET酶将5mC氧化为5caC,而APOBEC3A酶可将未甲基化的C脱氨成U,从而将甲基化的5mC和未甲基化的C给区分开


技术特点


  • 全基因组单碱基分辨率

  • 双质控平台,数据更稳定

  • DNA片段更完整,包含更多信息

  • 起始量更低,文库产出更高

  • GC覆盖均一性更好、数据重复率更低

  • 位点覆盖度更高,CpG位点检出更多

数据质控

  • 重亚硫酸盐转换率>99%

  • pUC19过转化率<5%

案例文章

1

EM-seq检测cfDNA甲基化更具优势‍‍‍‍‍‍


文章标题:Enzymatic methyl sequencing detects DNA methylation at single-base resolution from picograms of DNA

发表期刊:Genome Res

技术平台:EM-seq

研究结果:

1.分别使用10、50和200ng的NA12878基因组DNA构建EM-seq文库和亚硫酸氢盐文库。与WGBS相比,EM-seq具有更高的文库产量,包含更少的测序重复,产生更多可用的序列,增加了基因组的有效覆盖度,GC偏好性更标准。


2.DNA起始量为10、50和200ng时,EM-seq和WBGS检测位点数相似。在低深度时候EM-seq位点检出率更高,且EM-seq的数据一致性更好


2

EM-seq助力癌症液体活检

文章标题:Multimodal epigenetic sequencing analysis (MESA) of cell-free DNA for non-invasive colorectal cancer detection
发表期刊:Genome Medicine
技术平台:EM-seq
样本类型:结直肠癌患者和健康对照的690个cfDNA

研究结果:基于cfDNA的表观多模态(cfDNA甲基化、核小体等)分析显著提高了结肠癌、肝癌和胰腺癌的检测准确性。


3

肿瘤预后和治疗标志物

文章标题:Liquidhope: methylome and genomic profiling from very limited quantities of plasma-derived DNA
发表期刊:Briefings in Bioinformatics
技术平台:EM-seq
样本类型:64名初诊的高危神经母细胞瘤患者在诊断前后共128例cfDNA
研究结果:RASSF1A在所有高危神经母细胞瘤队列中均呈现高甲基化状态,这表明RASSF1A高甲基化是11q缺失和MYCN扩增高危神经母细胞瘤的一个早期共同事件,为高危神经母细胞瘤的预后和治疗提供了新的表观遗传标记,并强调了液体活检在疾病分层和随访中的潜力。


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🌟项目经验丰富

艾斯基因是国内最大的表观组甲基化服务商,每通量>10万例,已经成功完成对人临床样本,大小鼠,猪,牛,食蟹猴,南芥,大豆,水稻,桃,白菜等近百个物种的甲基化测序分析,每年服务100+海外和国内企业及200+高校和医院等客户。

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艾斯基因已实现甲基化全自动化测序,标准化流程、拥有低成本优势,项目30天极速交付

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团队专注表观多组学15年,拥有资深的表观研究经验,多篇CNS及子刊研究成果,助力客户在Nature Communications、Genome Biology、Cell Research等国际期刊上累计发表百余篇论文。

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关于艾斯基因

创建于2016年,隶属于国家高新技术企业和创新型中小企业。核心团队是国内最早一批表观多组学科研技术开拓者之一,在Nature、Cell 等顶级期刊发表论文数十篇。公司全力打造赋能基础科研、精准医学及人群队列研究的 “创新多组学1+N” 技术服务体系,服务于每一个合作项目。每年为 70+海外和国内企业客户、200+ 高校和医院等客户提供 50000+ 例样本的技术服务。


参考文献


1、Enzymatic methyl sequencing detects DNA methylation at single-base resolution from picograms of DNA. Genome Res. 2021 Jul;31(7):1280-1289. 
2、Multimodal epigenetic sequencing analysis (MESA) of cell-free DNA for non-invasive colorectal cancer detection. Genome Med. 2024 Jan 16;16(1):9.
3、Liquidhope: methylome and genomic profiling from very limited quantities of plasma-derived DNA. Brief Bioinform. 2023 Jan 19;24(1):bbac575. 


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艾斯基因
艾斯基因是国内最大的表观组甲基化服务商,专注表观创新多组学,提供表观全景解决方案:DNA甲基化/羟甲基化、DNA染色质互作、RNA甲基化等技术服务,年为 100+海外和国内企业客户、200+ 高校和医院等客户提供10万+ 例样本的技术服务。
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