文
摘
摘译：刘皓琪
审校：杨 洋
肺炎克雷伯菌是引起医疗保健相关感染和新生儿败血症的主要病原菌。既往研究主要集中在高耐药或高毒力菌株，限制了我们对引起血流感染 (BSIs)的普通肺炎克雷伯菌株的理解。美国麻省理工学院-哈佛大学Broad研究所David J. Roach等人进行了肺炎克雷伯菌BSI患者队列研究，该研究通过临床数据收集和细菌全基因组测序，分析了感染患者的临床特征、病原菌多样性、细菌耐药和患者院内死亡的危险因素，近期该成果发表于Clinical Infectious Diseases期刊。
该研究纳入2016年-2022年期间诊断肺炎克雷伯菌BSI患者562例，并对2021年-2022年连续分离的108株肺炎克雷伯菌进行全基因组测序。
表1 肺炎克雷伯菌血流感染患者的临床基础特征
表1示肺炎克雷伯菌BSI通常发生于男性老年患者，且与疾病严重程度相关：207例(37%)患者被送入重症监护室，81例(14%)在出院前死亡。最常见的基础合并症是糖尿病和恶性肿瘤。在178例恶性肿瘤患者中104例(58%)为实体器官肿瘤，74例(42%)为血液系统肿瘤。
表2 肺炎克雷伯菌血流感染来源
研究明确了430例(77%)患者的感染来源(表2)。腹腔内感染最常见，其次是泌尿道感染、中心静脉置管感染和呼吸道感染(图1A)。161例(29%)感染与医疗保健相关;在这些患者中，从入院至血培养阳性的中位时间为12天([IQR], 6–22 d)。
图2 94株血流感染分离的肺炎克雷伯菌系统发育树
本研究成功组装了108个完整基因组，其中94个通过WGS鉴定为肺炎克雷伯菌，14例MALDI-TOF和WGS分型不一致。94株肺炎克雷伯中有70个ST型(图2)，在全球流行的MDR ST中，仅ST 307(4株)、ST 14(3株)和ST 20(4株)在研究群体中存在。68株(63%)肺炎克雷伯菌除染色体巯基可变区外均无耐药基因，剩余的具有跨越9个药物类别及13种AMR基因(图3A、3B)。研究评估了获得性毒力因子的数量和每个分离株的“总体毒力评分”(图3C、3D)。82株(77%)毒力评分为0，3个分离株(2.8%)的毒力评分为3(仅产气菌素)，21个分离株(20%)的毒力评分为1(仅耶尔森氏菌素)，毒力评分≥3分的4株菌还携带与高粘液性相关的rmpADC/rmpA_2基因，研究还评估了fim和mrk菌毛操纵子在人群中的流行率，两者都存在于>90%的分离株中。
图3 前瞻性队列中获得抗菌药物耐药性（AMR）和毒力因子的决定因素
表3 在院死亡的logistic回归分析
研究后续进行了logistic多因素分析, 在校正的回归分析提示院内死亡的独立危险因素为ICU入院、血液系统恶性肿瘤（aOR 4.48 [95%CI：2.13-9.41]）、呼吸道感染来源（aOR 5.35 [2.23-12.79]）和感染菌株对首次给予的抗菌药物耐药（aOR 5.22 [2.21-12.37]）。
在前瞻性队列中，我们评估了院内死亡与4种毒力因子（耶尔森氏菌素、肠杆菌素、沙门氏菌素和产气菌素）及毒力评分≥1的相关性。沙门氏菌素是有统计学差异的危险因素（OR，10 [95% CI：1.3-79.8]），但仅在3例患者中存在，其中2例患者死亡。
本研究表明引发血流感染的肺炎克雷伯菌是多样化的，意料之外的是高毒力肺炎克雷伯菌的典型基因型和表型在临床中发生频率较低，在该研究队列中未观察到其他研究中报告的耐药和毒力基因增加的趋势。尽管如此，抗生素的错误选用和患者院内死亡之间的相关性是显著的，需要临床医师预防并快速识别有耐药肺炎克雷伯菌感染风险的患者。
点评
该研究所报道的肺炎克雷伯菌血流感染中多重耐药占比为16%左右，病原菌对首次选用的抗菌药物耐药与较高的死亡风险相关，根据基因组和表型数据得知高毒力以及高耐药的菌株占比较低，但需要注意此项研究仅针对一家三级诊疗医院的数据进行分析，不同地区流行病学存在一定差异，每家医疗机构有条件都可以开展相关研究，利用本地的数据更好的指导临床进行感染诊治工作。
参考文献：
Roach DJ, et al. Clinical and Genomic Characterization of a Cohort of Patients With Klebsiella pneumoniae Bloodstream Infection. Clin Infect Dis. 2024;78(1):31-39.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37633257/
