F-box蛋白PeFKF1通过与PeID1和PeHd1合作促进竹子(Phyllostachys edulis)的开花

文摘   2024-12-21 18:00   江苏  
木材竹是一种具独特特征的多年生开花植物。大多数木材竹种在开花前没有明显迹象,且在开花后通常大面积枯死,因此造成显著的经济损失。然而,大多数竹子开花基因的功能和分子机制仍不清楚。在本研究中,识别了在毛竹(Phyllostachys edulis)中发现的F-box蛋白FLAVIN-BINDING KELCH REPEAT F-BOX 1(FKF1),并命名为PeFKF1。PeFKF1表现出明显的生物钟节律,在毛竹的早期开花阶段高度表达。PeFKF1的过表达通过Hd1、RID、Ehd1Hd3a的表达导致水稻早花。竹子的1同源基因(PeID1)的表达模式在开和光周期调节过程中与PeFKF1相似。此外PeFKF1结合PeID1的启动子并增强其表达。此外,PeFKF1可以与ID1和Pe1蛋白相作用,形成蛋复合体。因此PeFKF1可以招募PeID1和PeHd1,并增强PeID1的表达,从而促进毛竹的开花。本研究为竹子开花机制提供了新的见解。
前言

竹子是一种广泛分布的草本非木材植物,具有高生态和经济价值,主要用于燃料、食品加工、造纸、建筑和医药等领域。Bambuseae(竹亚科)包含91个属和约1500种竹子。竹子为单次开花植物,具有独特的开花特征,包括长开花周期和不确定的开花时间。不同竹种的开花周期差异显著,例如,Dendrocalamus(竹节竹)为8至117年,Bambusa(毛竹)为30至150年以上,Phyllostachys(紫竹)为13至120年。竹子的开花类型可分为四类:零星开花、大规模同步开花、组合大规模同步与零星开花及部分开花。某些木本竹类,如毛竹,属于大规模同步开花类别,开花后通常会大面积死亡,导致竹笋产量下降,从而妨碍竹产业的发展。然而,大多数木本竹类的开花调控机制尚不清楚。

开花调控主要涉及花的转变、发育和开花过程,受到植物内部信号和外部环境的影响。植物开花的分子机制已被广泛研究,尤其是在模型植物如阿拉伯芥和水稻中,光周期途径被认为是最重要的信号通路之一。水稻中的关键调控因子Hd1在光周期途径中发挥着重要作用。F-box蛋白是一类含有约50个氨基酸的蛋白,广泛参与植物的生长发育、信号转导及对生物和非生物胁迫的响应。

本研究中,鉴定出来自毛竹的F-box蛋白PeFKF1。PeFKF1在毛竹开花诱导过程中表现出高表达,能够增强关键开花基因的表达,从而在过表达的水稻和阿拉伯芥中诱导开花。此外,PeFKF1可能通过与PeHd1和PeID1形成蛋白复合体,直接结合PeID1的启动子促进其表达。本文揭示了PeFKF1在调控竹子开花中的功能和新颖的分子机制。

主要结果
PeFKF1在毛竹的早期开花阶段表达量较高,并具有明显的昼夜节律

在毛竹基因组中通过同源比较和保守结构筛选,鉴定出五个属于ZTL/FKF1/LKP2基因家族的同源基因,分别命名为PeFKF1、PeZTL1–1、PeZTL1–2、PeZTL2–1和PeZTL2–2。结构分析显示,所有五个基因均含有LOV、F-box和Kelch重复的保守结构(图1A)。进化树分析(图1B)表明,PeFKF1与水稻、阿拉伯芥及其他竹类的FKF1蛋白具有较高的序列相似性。

为了探讨PeFKF1在竹子开花过程中的作用,选择了四个不同时间段的开花和非开花样本的幼叶,分析PeFKF1在竹子开花过程中的表达模式变化。四个阶段被确定为开花前期(F1)、开花启动期(F2)、花发育期(F3)和花成熟期(F4)[35]。开花样本中PeFKF1的表达呈现出先上升后下降的趋势(图1C),在F2阶段(花蕾原基形成时)达到最高,而在非开花样本中的表达非常低且无显著变化。PeFKF1的表达具有明显的昼夜节律,并在连续两天内表现出较好的重复性(图1D),其表达在14:00时达到峰值,其他时间几乎无法检测。因此,PeFKF1可能通过参与光周期途径调控开花。

PeFKF1主要定位于细胞核,并且在酵母中没有转录活性
为了确定PeFKF1蛋白在毛竹中的定位,PeFKF1基因的编码序列与GFP蛋白融合,然后在毛竹原生质体中表达。PeFKF1蛋白主要位于细胞核中(图2A)。此外,在AH109酵母细胞中进行的转激活实验(图2B)显示,只有阳性对照在双缺失培养基上正常生长并能够激活下游LacZ基因表达。相比之下,BD-PeFKF1和阴性对照无法生长。因此,PeFKF1在酵母中没有转录活性。
PeFKF1的过表达可以加速水稻和拟南芥的开花

为探讨PeFKF1的功能,本研究构建了35S:PeFKF1过表达载体在野生稻(Zhonghua 11)中进行转化。PeFKF1过表达植物表现出显著的早花表型,开花时间比野生型提前约22天(图3A和图3C)。为进一步分析PeFKF1在转基因水稻中导致早花的调控机制,选择了三个独立的过表达株系(OE7、OE8、OE19)进行分析(图3B)。结果显示,RID1、Hd1、Hd3a和Ehd1的表达分别比野生型水稻显著上调12.85 ± 5.34、8.37 ± 1.42、17.7 ± 2.38和8.12 ± 7.58倍(图3D)。此外,PeFKF1过表达水稻中Ghd7和RCN1的表达则显著下调。因此,PeFKF1的过表达通过上调RID1、Hd1、Hd3a和Ehd1等关键开花相关基因的表达,促进了早花。

为进一步验证PeFKF1的开花功能,在阿拉伯芥(A. thaliana)的野生型和fkf1突变体中进行了PeFKF1的过表达。结果表明,PeFKF1的过表达诱导了野生型的抽苔,并拯救了fkf1突变体的晚花表型。此外,PeFKF1的过表达增加了下游开花促进因子如CO、FT和SOC1的表达,同时降低了开花抑制因子FLC的表达(图S1E)。综上所述,PeFKF1在促进开花方面发挥了积极作用。

PeFKF1可以与毛竹中的PeHd1和Pe1蛋白相作用
FKF1 主要通过与关键开花蛋白形成复合物来发挥作用 [33,48]。在我们的研究中,识别并克隆了毛竹中的 PeHd1 和 PeID1 的编码区。为了测试 PeHd1 和 PeID1 是否与 PeFKF1 进行相互作用,进行了 Y2H 实验酵母细胞与 PeFKF1 PeHd1、FKF1 和ID1 共同转化。阳性对照正常生长,并在 -QDO/x-α-gal 培养基上呈现蓝色,而阴性对照则没有(图 4A)。
因此,PeFKF1 可以在酵母细胞中与 PeHd1 和 PeID1 蛋白形成复合物。随后,在拟南芥的肉原生质瞬时表达系统进行了 BiFC 实,以验证上述结果图 4B)。与阴性对照不同,转化了含有 PeFK1 和 PeHd1 或 PeID1 矢量的拟南芥原生质体显示出绿色荧光。因此,Y2H 和 BiFC 实验均确认 PeFKF1 可以在体内与 PeHd1 和 PeID1 相互作用。
PeFKF1可以结合PeID1的启动子并其表达
Hd1和RID1(Ehd2)是重要的开花促进因子,位于FKF1的下游[48,49]。根据研究结果,PeFKF1转基因植物中Hd1/CO和RID1(Ehd2)的表达显著上调,因此这两个基因可能是PeFKF1在毛竹中的靶基因。为探讨两者之间的直接调控关系,首先在毛竹中检查了这两个基因的表达模式。结果显示,PeHd1和PeID1在开花样本中的表达模式与PeFKF1一致,均表现为初期上升后下降,并在F2阶段高度表达(图5A)。此外,两个基因均呈现出明显的昼夜节律,但存在显著差异:PeFKF1和PeID1在下午2点达到峰值,且在大多数时间点的表达模式重叠,表明它们参与了同一诱导开花的途径。相对而言,PeHd1在上午10点达到峰值,显著早于PeFKF1和PeID1,这进一步暗示PeHd1可能不是PeFKF1介导的光周期调控下的直接靶基因(图5B)。
因此,选择PeID1进行进一步分析其结合效应。PeID1的启动子序列被分为三个部分:I、II和III(各500 bp)。结果显示,含有PeFKF1和PeID1启动子序列(部分III)的酵母细胞能够良好生长,类似于阳性对照,而阴性对照则无法生长(图5C)。因此,PeFKF1可能与PeID1的启动子结合。随后进行了瞬时实验,分析PeFKF1对PeID1表达的激活或抑制作用。结果显示,与阴性对照相比,PeFKF1的融合蛋白显著诱导并上调了PeID1pro:LUC的表达(图5D)。因此,PeFKF1可以通过直接结合PeID1的启动子来正向调控其表达。
讨论
研究木本竹子的开花机制相对困难,因为开花事件之间的间隔较长且开花时间不确定。目前,在竹子的开花生理学、代谢、分子生物学等相关领域已经取得了显著进展[6,50–52]。然而,竹子开花的原因及其调控机制仍不明确。竹子的开花可能受到多种因素的影响,包括光周期途径[35–37]。本研究鉴定出F-box蛋白PeFKF1作为毛竹的开花促进因子,通过招募PeID1和PeHd1来发挥作用。研究验证了PeFKF1在调控竹子开花中的功能及其新的分子机制。
PeKF1在转基因水稻和拟南芥中作为开花促进因子

ZTL/FKF1/LKP2基因家族主要调控植物的生物钟、开花时间和胚轴生长长度[53–55]。与ZTL和LKP2不同,FKF1能够促进开花,是多种植物开花的关键基因[49,56–58]。FKF1在生殖阶段的幼叶、雌蕊和幼穗中高表达,表明其参与植物开花调控[26,49,56]。本研究在毛竹中鉴定出FKF1同源基因并命名为PeFKF1,发现其在毛竹早期开花阶段高表达,并呈现明显的昼夜节律(图1C和D)。因此,PeFKF1可能在毛竹的花序转变过程中发挥作用,并参与光周期调控。

由于竹类物种的转化较为困难[59],因此PeFKF1的功能在水稻和拟南芥(A. thaliana)中得到了验证。PeFKF1的过表达能够缩短转基因水稻和拟南芥的开花时间,并恢复拟南芥fkf1突变体的晚开花表型(图3A和图S1)。在水稻中,OsFKF1可以抑制转录抑制因子Ghd7,间接促进Ehd1的表达,进而上调开花基因Hd3a和RFT1以促进开花[49]。本研究中,PeFKF1过表达显著提高了Ehd1、Hd3a和RFT1的表达,同时降低了Ghd7的表达。因此,PeFKF1可能参与转基因水稻中的Ehd1-Hd3a/RFT1调控通路,类似于OsFKF1。此外,Hd1和RID1的表达也显著上调,表明PeFKF1可能参与RID1-Hd3a/RFT1和Hd1-Hd3a/RFT1的调控通路[60,61]。

然而,FKF1在某些物种中也表现出抑制开花的表型。Li等[62]发现FKF1通过激活E1转录抑制开花,进而抑制FLOWERING LOCUS T2a(FT2a)和FT5a的转录。这一发现与Li等在大豆(Glycine max)的研究结果相对立[56],表明这种差异可能与种群和地区的差异有关。进一步研究需要探讨不同竹类物种中FKF1同源基因的潜在功能差异。

PeFKF1可能通过与 PeID1 和 PeHd1 的合作参与对 P. edulis 的开花调节

FKF1主要通过与重要的开花蛋白形成复合物发挥功能。FKF1与GI的相互作用在蓝光依赖下激活CO转录,并通过形成复合物稳定CO蛋白[29,48,63]。水稻中的开花相关基因Hd1和拟南芥中的CO是同源基因,均在开花调控中至关重要[64,65]。FKF1通过上调Ehd2和下调Ghd7来激活水稻中的Ehd1表达[49]。Hd1和RID1(Ehd2)是重要的开花促进因子,被认为在FKF1的下游发挥作用[20,66–68]。然而,FKF1与RID1之间是否存在直接相互作用尚不明确。

本研究中,PeFKF1转基因植物中Hd1和RID1的表达显著上调,且在毛竹早期开花阶段高表达,表明它们在P. edulis的花序转变中可能发挥调控作用(图4A)。此外,这三个基因均表现出相对简单的昼夜节律(图4B)。因此,PeFKF1可能通过与PeHd1和PeID1直接合作参与光周期开花调控通路。研究结果表明,PeFKF1能够与PeID1和PeHd1形成蛋白质复合物(图4)。此外,PeFKF1还可以通过直接结合PeID1的启动子增强其表达(图5)。因此,PeFKF1不仅可能以蛋白质复合物的形式稳定PeHd1和PeID1蛋白,还可能在转录水平上调控PeID1的表达,从而通过光周期途径控制开花时间。PeFKF1与PeHd1之间的调控关系在水稻、拟南芥和毛竹等物种中相对保守[27,28]。然而,PeFKF1与PeID1之间的直接关系在本研究中首次提出,为相关调控机制提供了新的见解。

总结

在毛竹中提出了PeFKF1促进开花的潜在调控模型(图6)。PeFKF1是竹子中一个重要的开花促进因子,可能参与光周期开花调节途径。PeFKF1蛋白通过部分与PeHd1和PeID1相互作用,靶向PeID1的启动子以增强其在另一个部分的表达。综上所述,本研究描绘了一个新的机制,并为毛竹中的开花调节提供了新的启示。

文献来源:

Zhuo, J.; Tang, Q.; Pei, J.; Ma, H.; Hou, D.; Lin, X. F-Box Protein PeFKF1 Promotes Flowering by Cooperating with PeID1 and PeHd1 in Phyllostachys Edulis. International Journal of Biological Macromolecules, 2024, 283, 137593, doi:10.1016/j.ijbiomac. 2024.137593.

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