申时行是1552年（嘉靖四十一年）的状元，中了状元后，申时行按例进入了翰林院，但申时行并不是万历皇帝的启蒙老师。《万历十五年》（以下均称“本书”）中谈及这个问题时写道：“申时行不是皇帝的五个蒙师之一，但所担任的功课最多，时间也至久。”
万历皇帝10岁时，挥笔写作径尺大字，写下了“责难陈善”四个大字，他将这四字赐给了申时行，万历皇帝的意思是希望他的老师规劝他的过失，提出有益的意见。
本书是从经筵活动为切入点，介绍申时行的。所谓经筵，是指汉唐以来帝王为讲论经史而特设的御前讲席。宋代始称经筵，置讲官以翰林学士或其他官员充任或兼任。宋代以每年二月至端午节、八月至冬至节为讲期，逢单日入侍，轮流讲读。明袭宋制，并且尤为重视。除皇帝外，太子出阁后，亦有讲筵之设。
本书中写道，申时行“对经筵的反感，不可能在旁人之下”，所以，“申阁老深知在这种情形（皇帝、自己以及讲筵的讲官都产生了厌倦）下，坚持早朝的不断继续，必使自己成为朝廷上最不受欢迎的人物”。
自1586（万历十四年）秋天起，万历皇帝便停止了早朝和出席经筵、日讲，他在谕旨中称自己早晨起床后感觉头晕脑胀，所以，需要停止早朝和出席经筵、日讲。
经筵（图片来源：百度百科）
申时行在1583年（万历十一年）至1591年（万历十九年）担任内阁首辅的八年中，充当的就是一个和事佬的角色，调和皇帝与文官群体之间的关系。本书中对他当和事佬的心态描述道：“现在身为首辅，位极人臣，为什么他还要对一切那么认真而不听其自然呢？”
文官们对扮演和事佬角色的申时行态度不一。有的文官因他扮演和事佬的身份对他表示尊重，但有些文官却很讨厌他，有时批评他是张居正的循吏，有时被指责为“首尾两端”，即遇事左顾右盼，缺乏决心。
为了当好和事佬，他做了以下几件事。
申时行建议万历皇帝废止张居正执政时期颁布的考成法。据史书记载，考成法的核心是“月有考，岁有稽，使声必中实，事可责成”，翻译成大白话来说就是，年初，各级官员把要做的事情立定期限，并且分别登记在账册上，上级部门送一份，自己留一份，逐月进行检查、年底进行考察；如果没有完成或者未如实申报，那么就要接受处罚甚至定罪。申时行认为考成法对官员们太严苛了，所以建议万历皇帝废除考成法。不过，学术界关于考成法究竟是否被废止是有分歧的。支持废止说的人的依据就是《明史·申时行传》中的明文记载，申时行废除了考成法。但反对考成法废止说的人的观点恰恰也是《明史·申时行传》，因为纵观明朝史书，只此一条说考成法被废，即《明史·申时行传》的句子是孤证，所以不能说明政府有明确政令出台废止了考成法。既然没有明令出台，就是说明考成法还在实施、还写在法律里。
为了表明自己是胸襟开阔之人，申时行还对参劾过自己的人概不追究，甚至还建议其中的几位官员晋级。
1587年（万历十五年），正值京察之年，京察是明代考核的对象是全部的京官，规定六年一次，称职者予奖或晋升，不称职者处罚或斥退。与前任张居正在1581年（万历九年）主持的那场京察的严厉不同，申时行力主人事上的稳定。在这一思想的指导下的京察结果就是，凡由进士出身的职官中，只有33人被降级或罢免，而且这33人中，没有一个出于吏部、都察院或翰林院这些传统上最富敏感的机关。对于这次京察对稳定申时行的口碑和地位的效果，本书中这样写道：“这种恕道稳定了文官集团的情绪。也稳定了首辅自己的地位，他被众口交誉为老成持重，有君子之风。”
立储问题造成了万历皇帝一朝君臣之间的长期拉扯。申时行也是因为立储问题而去职的。按照祖制，在王皇后没有为万历皇帝生育嫡子的情况下，皇长子朱常洛应当被立为太子。可是万历皇帝皇帝实际对王恭妃没有感情，进而不喜欢朱常洛，一直不想立他为太子。而且在此期间万历皇帝皇帝看上了另外一个宫女郑氏，十分喜欢，并册封为贵妃，于1586年(万历十四年）正月初五生下皇三子朱常洵（皇次子仅活了一年就夭折了），朱常洵才是万历皇帝皇帝想册立的太子。
1590年（万历十八年）初，朱常洛只有足岁七岁半，但按照中国传统的计算方法，他已经九岁。而此时的他还没有出阁讲学，很多廷臣对此感到不安，担心他长大以后不能和文官正常交流。但是如果朱常洛要出阁讲学又必须具有太子的身份，否则就是名不正言不顺，于是所有京官向文渊阁的四位大学士集体施压，要求他们利用自己的声望促使万历皇帝立朱常洛为太子。于是，申时行就率全体大学士向万历皇帝辞职，本书中写道，他们的理由是“他们无法向百官交代”，而皇帝当然不能同意他们辞职，因为“他们一去，就不再有人敢接受这个首当其冲的职位”。
在这种情况下，万历皇帝便向群臣表态道，他无意于废长立幼，但是不能接受臣下的要挟，如果一年之内廷臣不再以立储之事要挟他，他可以在1592年（万历二十年）立朱常洛为太子，如果再有人以此纠缠，立储就要延后。
看到万历皇帝妥协后，各位大学士回到了文渊阁继续办公。
但是后来出现了一件节外生枝的事。1591年（万历十九年），工部的一位官员因为万历皇帝允诺册立太子的期限将至，立储大典的各项开销理应由他负责筹备，他就编制预算，呈请皇帝批准。万历皇帝接到上奏后，下了一道使全体文官瞠目结舌的朱批，本书中对朱批的内容描述道，“这个工部官员借编造预算为名而行催促之实，这就是违反了他的命令，而她就必须按照声明中所说的那样，把立储延后”。
对此，文官集团联名上奏，希望万历皇帝收回朱批，并准备册立之事。当时，恰逢申时行休假，主持内阁事务的许国出于对申时行的尊敬，上疏署名，把他列在首位。
这一大规模抗议使万历皇帝龙颜大怒，申时行知道后便密上一疏道：“臣正在度假，那道奏疏实与臣无关。册立一事，圣意已定。张有德愚笨不谙大事，皇上自可决断册立之事，不要因一些小人鼓噪而影响大典。”这道密疏很快便传了出来，群臣们见申时行首鼠两端，大为气愤。给事中黄大城上疏，弹劾申时行表面上赞同群臣立朱常洛为皇储的建议，背地里却迎合皇上的心意，拖延册立一事，以邀皇恩。内阁中书黄正宾上疏，弹劾申时行排挤、陷害同僚。结果，黄大城、黄正宾两人被罢官。
然而，高压政策未能使大臣们退缩，御史邹德泳再次上疏，指斥申时行首鼠两端。申时行见群臣激愤，担心大祸临头，遂上疏辞官。万历皇帝诏准，许他乘驿站的车马归乡。
卸甲归田23年后，1614年（万历四十二年），申时行在他的老家苏州府度过了80岁生日。万历皇帝遣使赴苏州府祝贺存问，随带纹银五十两、绣蟒彩缎一匹、其他绸缎四匹作为贺礼。诏书到了申府大门，申时行让儿子申用懋还所赐金币，口述遗疏，劝神宗“勤朝讲、发章奏、罢征敛、慎封疆、起废佚”，随后去世，时为农历七月十九日。
本书中对万历皇帝看了申时行的遗疏后的反应写道，“据说，万历读完奏章后感到怅惘，但仍无意于接受这含蓄的劝谏”。尽管如此，申时行去世后还是被追赠太子太师，谥号“文定”，被万历皇帝给予了肯定。
