感染性结石是由磷酸铵镁独自构成或者与碳酸钙磷灰石混合而成。它是因为产尿素酶的微生物引起的尿路感染引发的。因为该微生物产生的尿素酶能增加提高尿氨水平，提高尿PH。在碱性环境中，磷酸盐的溶解度下降，导致磷酸铵镁和碳酸钙磷灰石在尿中的高饱和度增加。
感染性结石的首选治疗是外科治疗。一旦感染控制，几乎能完全清除集合管系统中的结石。这对复发感染结石的患者，治疗的同时采用多种的预防措施来减少尿饱和度；这些措施包括增加尿量、限制尿素酶底物、通过降低尿PH来增加溶解度和长期使用抗生素来杀灭病原微生物。
一、饮食疗法
早期是采用低钙、低磷和高液体摄入的饮食疗法，同时给予磷酸铝凝胶 和雌激素来治疗感染性结石；该疗法获得了一定的成功。然而铝和磷酸在肠道中结合会引起一系列副反应，包括便秘、食欲减退、昏睡、骨痛和高钙尿症。虽然饮食疗法限制了磷和镁的补充剂或食物的摄入，但是该方法仍缺乏证据支持（仅有2-3级证据支持）。
二、酸化尿液
感染性结石仅在碱性尿液环境中形成（PH＞7.2），酸化尿液已被用于预防感染性结石。但抗坏血酸和氯化铵均不能是尿PH降低。而左旋蛋氨酸有酸化尿液的作用；左旋蛋氨酸经口服后在肝脏代谢为硫酸盐和氢离子，从而酸化尿液；短期的代谢研究证实单次服口服1500mg左旋蛋氨酸能使尿PH下降至6.0-6.2；另一项长期临床试验研究了口服该药的19位感染性结石患者，发现该患者人群平均尿PH从7.5降至5.5；在该试验随后的10年随访过程中，仅有10%的患者发生结石复发。但目前尚无随机临床试验直接比较左旋蛋氨酸与安慰剂或不治疗之间的疗效的差别。
患有任何病因引起的代谢性酸中毒的患者禁止采用酸化尿液疗法。另外，该疗法还可能导致骨骼脱矿质作用。因此，该疗法目前尚未被广泛应用。
三、抗生素
长期抗生素治疗已被建议用来消除感染、去除产尿素酶的微生物，从而预防鸟粪石。只是目前尚无评估长期抗生素预防鸟粪石作用的随机临床试验。然而一些回顾性研究认为低结石复发率是因为外科治疗后解释和感染都消除了。Beck和Riehle给予SWL治疗后的患者3个月的敏感抗生素治疗，在平均27个月随访过程中发现9个有直径＞mm的残石的肾脏中的78%有新结石形成，而 20个无石的肾脏中的20%形成新结石；另外SWL治疗后的无石患者仅有1位感染复发，而17位SWL治疗后仍存在固定或是有活性的残石的患者中47%的患者感染复发。该试验强调外科治疗后的无石状态是降低结石和感染复发的关键，与长期抗生素治疗同样重要。
虽然无一级证据支持长期抗生素预防结石复发的作用，但是3级证据的支持足以建议在外科治疗后采用长期敏感抗生素治疗来维持尿液的无菌状态和预防结石、感染的复发。所选抗生素最好在外科取石过程中直接作用于病原微生物，因为术前的尿培养结果发现与从结石中分离的病原微生物不符。
四、尿素酶抑制剂
唯一已有随机临床试验证实的有预防感染性结石作用的药物是尿素酶抑制剂。尿素酶催化尿素分解是人类鸟粪石形成的必要条件。因此抑制尿素酶能消除鸟粪石的形成因子。虽然目前有充足的临床和经验性证据证实尿素酶抑制剂的作用如乙酰氧肟酸，但是该药的副反应的高发限制了该药在临床上的使用。
氧肟酸的分子结构与尿素类似，因此能在低浓度下特异性抑制尿素酶。目前，仅有两种尿素酶抑制剂被FDA批准上市，分别是乙酰氧肟酸（AHA）和羟基尿。虽然羟基尿是不可逆的尿素酶抑制剂，但是在体外实验中发现其抑制尿素酶的作用低于AHA。另外，羟基尿能被尿素酶分解，释放氨，而AHA不是尿素酶的底物。目前AHA是被使用最广泛、研究最透彻的的尿素酶抑制剂。使用AHA后，尿PH和氨水平明显下降，并能促进结石溶解。而且有3个随机临床试验证实其延缓结石生长的作用。然而，由于其低的吸收率，以及其超过22%的副反应发生率（3个试验的副反应发生率从22到62%不等）。
采用AHA治疗进行性的复发感染结石的患者的试验中，试验中起始剂量为250mg，每日两次。而肾功能不全（血肌酐放＞2mg/dL）的患者禁止使用AHA,因为在该群患者中，该药的尿中浓度达不到治疗所需浓度，同时该药还有肾毒性。同样该药禁止用于孕妇，因为其的致畸作用。当患者有一个功能不全且有结石的肾脏，而另一个正常时，该种情况是AHA使用的相对禁忌症，因为AHA在正常肾脏中能达到治疗浓度，而在患侧肾脏中却达不到。
虽然支持采用AHA预防鸟粪石的证据可信度很高（1b级），但是其副反应的高发限制了其的广泛应用。
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