大多数没有拿到项目资助的申请人还处在卷的忧虑中，而对于已经拿到基金项目的申请人来说，项目的结题就成为首要目标。实际上申请人在拿到基金项目结题的过程中遇到的问题同样不少，在与多位申请人沟通讨论后，我总结了一些常见的问题，并分析其中原因及应对策略，供大家参考。
注：由于申请的项目级别、项目类型和方向不同，如果大家有不同的观点，请大家按照自己观点就行，你看到的就是对的，没必要抬杠。
虽然大多数项目在假说和设计思路上没有问题，但是我也遇到过一些的项目在一开始的假说和设计上就有问题的。这种问题不是理论上完全不可能，而是如果能做出来就是主刊级别的发现（真的是颠覆教科书的发现……），而项目则是一个院级或者市级课题。
当然还有一些是一开始设计不严谨造成的，举个例子：某项目中发现X基因在肿瘤中显著高表达且预后差（数据支持：公共数据分析，如TCGA），所以被认为是癌基因，生信分析还发现癌X基因与肿瘤微环境巨噬细胞M2极化有关（数据支持：Cibersort等相关性分析），相关机制是肿瘤细胞X基因通过抑制免疫原性死亡（铁死亡）（数据支持：GSEA数据分析发现X基因高的样本中铁死亡通路活性显著低于低的样本），从而导致肿瘤相关巨噬细胞浸润和M2极化。而通过抑制X基因，则可以诱导肿瘤细胞铁死亡，并增加巨噬细胞浸润和诱导M1极化，从而发挥抗肿瘤，甚者是改善免疫治疗效果的作用。
做相关研究的读者可以看出来这个假说大致上是没有问题的，甚至还不错：涉及到一个新基因X，还有细胞的铁死亡、以及肿瘤相关巨噬细胞和巨噬细胞极化，还有一个改善肿瘤免疫治疗效果的临床意义，再加上有X基因的前期基础，从项目评审的角度来说，是有一定几率获得资助的。
但是，如果仔细考虑，就会发现有很多细节问题没有体现，而这些细节问题都是在执行过程中是非常重要的，比如：
X基因是表达在肿瘤细胞中吗？有没有可能不表达在肿瘤细胞上呢？比如表达在M2型肿瘤相关巨噬细胞上。
为了让大家有个对照，我们把数据支持的证据列出来，提出另外一个假说。
这是三个数据的证据：
X基因在肿瘤中显著高表达且预后差（数据支持：公共数据分析，如TCGA）
X基因与肿瘤微环境巨噬细胞M2极化有关（数据支持：Cibersort等相关性分析）
X基因抑制免疫原性死亡（铁死亡）（数据支持：GSEA数据分析发现X基因高的样本中铁死亡通路活性显著低于低的样本）
提出的另外一个假说就是：在肿瘤细胞驯化巨噬细胞到M2型巨噬细胞过程中，X基因在肿瘤相关巨噬细胞中被诱导表达，诱导表达的X基因则让M2型肿瘤相关巨噬细胞抵抗铁死亡，所以X基因高表达的M2型肿瘤相关巨噬细胞比例高。
换句话说：
X基因在M2型巨噬细胞中显著高表达（但是在肿瘤细胞里面一丁点都不表达）；
X的作用是让M2型巨噬细胞抵抗铁死亡，所以X与M2型巨噬细胞正相关；
M2型巨噬细胞促进肿瘤进展正相关。
再来看一下数据证据，是不是都符合？
M2型巨噬细胞促进肿瘤进展正相关，X基因在M2型巨噬细胞中显著高表达，所以X在肿瘤中显著高表达且预后差，没问题吧？
X基因在M2型巨噬细胞中显著高表达，在相关性分析中正相关，没问题吧？
X基因M2型巨噬细胞抵抗铁死亡：X基因高的样本中铁死亡通路活性显著低于低的样本，也没问题吧？
所以，关于X基因到底在肿瘤细胞、还是巨噬细胞，还是基质细胞表达？以及X基因是促进巨噬细胞M2极化，还是在M2型巨噬细胞中高表达（并抑制其铁死亡），就是要考虑和验证的地方。反过来说，如果没有预实验结果排除后面这些可能性，这个项目的假说就只是证明的其中的一个可能，专家也未必会指出来，但是在执行中就会遇到问题：比如你已经默认了X就是表达在肿瘤细胞的，然后你检测细胞系中X的表达，发现细胞系中X根本不表达或者表达很低，那还怎么做敲降呢？
当然这个问题是大家遇到比较多的，实际上遇到的问题多得多，而且假说和设计一开始可能未必能完全想到，有很多问题是实验完成后仔细分析才能发现的。
这个问题也很常见，特别是这几年比较卷以后，有很多项目的内容越来越多，假说也越来约复杂，比如青年项目基本上对着面上项目内容靠（资助经费增加也是一个合理的原因），如果假说都能完成基本都是15分以上的研究了，而面上项目则更加复杂化。反倒是对某个科学问题的探讨不够深入，这样反倒让评审专家很容易抓到设计上存在的问题。
我们看一下如果一个课题设计特别复杂后，可能会带来多少问题：以常见的细胞间通讯串扰为例，常见的思路是A细胞表达B配体，结合C细胞的D受体，进而调控D细胞的E表型，最终参与F临床问题。我们列一下要考虑的问题：
为何是A细胞调控D细胞？有没有可能D细胞调控A细胞，或者A细胞-D细胞需要互相调控，这样信号在A-D之间不断放大才能发挥作用？
为何是A细胞，而不是其它细胞？甚至是D细胞自己？
为何是A直接到D细胞，有没有可能A细胞通过另外一个X细胞，再到D细胞？
为何是B配体和D受体？其它的配体-受体对呢？不是配体-受体介导的细胞间作用呢？
B配体和D受体在D激活中主导还是参与？作用有多大？（同样的道理，A细胞在D细胞E表型中的作用有多大？）
而且一般来说配体与受体的关系是“多对多”的关系，那为何是B1配体和D2受体，而不是B1-D1、B1-D2和B2-D2？
如果按照这个逻辑，问题还可以提很多，有人会说：我怎么能排除所有的可能性呢？这是不可能的。我部分同意这个观点。但是，如果这些问题不提及，文章的审稿人和评审专家会不会说设计不严谨呢？
虽然一个课题要做的内容会很多，但是也要讲究策略，就像一个课题要有关键的预实验才能立住一样，项目执行中就像是探险，有的阶段是平坦的大路，也有的阶段要跨越高山趟过河流。经费就是你的体力，采用什么策略决定了行程是否顺利。当然，如果你有直升飞机（大家可以想一下：在科研项目执行中的直升飞机可以是什么），就不用考虑这么多了。
道理我就不多说了，讲个例子吧。
有位申请人之前申请的项目是肿瘤干细胞方向的，大致上是与肿瘤耐药、转移相关的一个主题（时间大约在7、8年前了）。Ta项目拿到后第一步就是想从肿瘤组织中分选出肿瘤干细胞，然后开展后续实验。结果花了2年时间，经费花了2/3，细胞还没有分选够（肿瘤组织中干细胞的比例太低了），所以后续结题也受到了影响。反过来看，如果这个课题以干细胞为检测指标，而不是以干细胞为工具细胞，项目执行上就会梳理很多。
再举一个例子：某个申请人的项目中有个非常关键的动物模型，这个部分照说是要放在项目申请书中体现项目在执行中没有问题的，申请人在申请的时候用的合作对象团队的图，不过后来因为情况变化，需要Ta自己构建动物模型。所以Ta建动物模型也摸索了很长时间，导致最后也是不能顺利结题。
回过头来看，在项目执行过程中，一定要有Plan B，也就是说要大致预估整个项目里面哪些技术难点可能会被卡住，而哪些是风险较小的阶段，不能在没有Plan B的情况下死磕一个技术问题，这个与现实结题有关。
出现这个问题的主要原因还是申请人的放松导致的，大部分的心态是：项目拿到后可以躺平一段时间了，所以项目不着急开始。等单位通知要准备项目进展和中期的时候，才开始着急，所以只要心态上不太放松，基本问题不大。
这个的主要原因有两个：
1. 是项目确实执行不顺利，导致时间拖的比较长；这种情况属于科研风险，比较好理解；
2. 是想憋一篇大文章，目的也是有大文章后能继续申报更大的课题。这种情况其实也很好理解，不过需要考虑到几个风险，比如文章被抢发、研究领域关注点变化等问题。文章抢发很难避免，毕竟一个领域内大家关注的核心问题就哪些，当然如果担心文章被抢发，就可以有意识的在执行前就思考这个问题：如果我做的这个课题被抢发了，我的创新点在哪里？即提前想1-2步从而调整设计的内容。这种情况在以“临床样本+组学检测分析”为主要内容的研究中经常遇到，特别是取样难度不大的情况下，很容易撞车：投入了大量的经费做组学，组学数据还没有分析完就已经被抢发了，这时候做也不是，不做也不是：因为投入了大量的经费，科研产出的期望肯定是很高的，但是图谱（Atlas、Landscape）已经被报道了，所以就要从分析上多动动脑子，找出来与已发文章不同的创新点来，这个在单细胞测序里面非常常见。
另外一个问题就是领域关注点的变化，比如非编码RNA领域的变化：比如有的项目拿下来的时候是研究非编码RNA的，但是后来发现有些杂志不认可国内医院的非编码RNA的研究了，反倒是一些高分的期刊对这个方向的研究还认可（当然工作要做的很漂亮才可以）。这里有个时间差的问题需要考虑：
平时我们关注某个“热点”一般是从顶刊或者大子刊的文献里面看到，或者是从推文、组会等获取到，而一篇大的文章执行都要有4、5年的时间，除非是在会议上以非发表数据（unpublished data）的方式了解到；
从了解这个热点到申请项目和获得资助一般至少有个1年的时间，对于不是特别关注领域科研进展的同学来说时间可能要到3年甚至更长（算2年）；
最后是项目执行时间，按照3年计算。也就是说文章投稿的时候从顶刊的文章出来已经大约有5年了，这5年中可以发生很多事情，包括杂志社对该领域关注点的变化。
我们就先说这几个比较常见的问题，如果大家还遇到过其它问题，可以留言讨论。
你对项目结题有什么想法？欢迎在评论区留言。
作者
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