南宋初年，战乱频繁，北方的难民纷纷逃向江南地区，金人也企图渡过长江入侵南宋，国家形势危急，百姓生活困苦。
就在这时，江南苏州府的地界上出现了一个使用飞针致人死亡的神秘人物，传言说他已经找到了一个能让人在七天之后必死的夺命穴，被他的飞针射中这个穴位的人，前六天会病得很重，第七天就会死去，而且无药可救。
然而，奇妙的是，当家人为死者准备后事时，中针的人却突然苏醒过来，病症全无，甚至比以前更健康。这一现象导致民间人心惶惶，人们害怕自己或家人是中了飞针夺命穴而枉死。
苏州知府接到报案后，深感震惊，认为如果这个穴位真的被坏人利用，将会造成极大的灾难，于是他立即命令苏州的名医济世楷前往常熟调查，协助常熟知县捉拿这个飞针夺命的人。
济世楷接到命令后来到常熟，这里是飞针夺命案发生最频繁的地方，常熟知县孙营、乡吏王种、商贾刘德等人都曾中过飞针。当济世楷为他们检查时，却发现他们的脉象很正常，没有任何生病的迹象。
济世楷询问他们中针前是否有什么预兆，或者贼人是否偷了他们家的财物。孙营等人纷纷摇头，说家里没有丢东西，也没有任何预兆，飞针夺命的人来去无踪，他们也没见过他的真面目。经过几天的调查，案件仍然毫无进展，济世楷也感到束手无策。
一天，济世楷在常熟县衙外的茶楼里喝茶时，听到茶客们正在议论飞针夺命穴。茶客们说，常熟一带臭名昭著的大盗洪一刀，不久前也中了飞针，现在病得很重，快要不行了。
茶客们纷纷表示，这种人死了才好，飞针夺命侠应该一针要了他的命！济世楷早就听说过洪一刀的恶行，于是也附和道：“对，这种人死了才好！真是大快人心！”
茶客们听济世楷这么说，就问他是不是苏州人。济世楷连忙行礼说：“我是苏州济世楷，来这里就是为了调查飞针夺命一案，希望大家能指点迷津！”茶客们一听他是苏州名医济世楷，都围了过来，请他帮忙诊脉。
济世楷笑着说：“这里是茶楼不是医馆，不过只要大家能帮我破案，我就留在常熟行医一年，怎么样？”
茶客们听后都很高兴，纷纷向济世楷提供线索。其中有一位是常熟县衙的仵作，他对济世楷说，几位中针者在中针之后他都去查验过，但中针的穴位并不一致。
他也拜访过本地的名医，得知那些中针的穴位只是普通的穴位，并没有什么神奇之处。济世楷听后大吃一惊，他之前也曾向知县、乡吏等人询问过他们中针的穴位，但因为时间太久，伤口已经愈合，他们也说不出具体位置。
现在遇到了仵作，济世楷就请他画出几人中针的穴位。当仵作画出所有的穴位后，济世楷不禁皱起了眉头，因为这些穴位确实很普通，或许飞针夺命的关键不在于穴位而在于针。而济世楷之前也见过那几枚飞针，只是民间医家常用的针灸之针，并没有什么异常。
这时，一位茶客说，知县孙营在中针之前是个贪官，受贿枉法、糊涂判案；另一位茶客说，乡吏王种在中针之前是个暴吏，霸占农田、强占民女、收取苛捐杂税从不眨眼；还有人说商贾刘德在中针之前是个奸商，经常以次充好、欺行霸市。
但他们几人中过飞针之后，却仿佛都变了个人，知县孙营变得清正廉洁、爱民如子；乡吏王种近来减少租税不说，还常常捐款救助难民；而商贾刘德则变得诚恳老实、童叟无欺。
济世楷听后，仿佛找到了这个飞针夺命之人的目的。难道他在飞针上涂抹了可以让人弃恶从善的药物？飞针夺命的真正目的不是为了要取人性命，而是要人放弃邪念、改邪归正、为民造福？
济世楷向大家说出了自己的想法，但仵作却摇了摇头说，飞针夺命的确是为了要人性命，后街的一个恶霸在中针后的头一个月就暴病身亡了。
济世楷又陷入了困惑之中，为什么有人中针后还活着，有人中针后却死了呢？济世楷怎么想也想不明白。回到县衙后，济世楷本想询问孙知县中针前后为何变化如此之大，但又怕他尴尬，只好作罢。
济世楷对孙营说，他想去为绿林大盗洪一刀诊脉，只有这样，他才能查出飞针夺命穴的所在。孙营大惊，说洪一刀是个杀人不眨眼的恶魔，这一去恐怕凶多吉少，他劝济世楷多带些兵士一同前往以防万一。
但济世楷说带了兵士反而会引起贼人怀疑，于是他租了条小船独自前往。
洪一刀一伙儿贼人聚集在常熟北部湖泊中的一个小岛上，向来不与外人交往。济世楷所租的小船刚行至湖中就被贼人拦下。
济世楷连忙自报家门，当贼人听说他是苏州名医济世楷时，顿时喜出望外，请他到岛上为洪一刀诊疗。上岛后，济世楷在忠义堂内见到了奄奄一息的洪一刀。
经过一番诊断后，济世楷手足无措，因为洪一刀的脉象混乱，无法得知他究竟伤在哪里。济世楷不禁额头冒汗，要知道洪一刀可是匪首，搞不好会让他人头落地。
而当洪一刀看到济世楷面色惊慌时，却说道：“先生不用烦恼，我洪一刀作恶太多，有此一病实属天意，先生这就请回吧！”济世楷见洪一刀已抱必死之心，就向他说起飞针夺命穴一事。
看来他们久居小岛，对外面的事情并不知晓。洪一刀听后面露疑惑：“世上竟有如此神奇之事？可那高人如何上得小岛？先生又是如何确定我中了夺命穴？”
济世楷一愣，因为自己的确是道听途说。洪一刀苦笑道：“先生快请回吧，如果我有个三长两短，先生恐怕也无法活着回去！”
济世楷在走之前再三叮嘱洪一刀的兄弟，若洪一刀去世，切不可当即掩埋，以防他真的中了飞针夺命穴而起死回生。
船行至湖中时，济世楷发觉不对，因为洪一刀向来暴虐成性，今天怎么会变得如此宽容大度还放他离去？济世楷连忙吩咐船家将船开回，不料还未转头，就看见小岛上火光冲天。
船家说：“济先生，不用回去了，洪一刀已经死了！”原来，小岛上的贼人一向没有土葬的习俗，人死后都以火葬处置。济世楷暗叫不好，要出大事。
几天之后，果然不出济世楷所料，岛上的贼人为了帮洪一刀报仇，纷纷潜入常熟城内杀人放火，扬言非要找出飞针夺命之人方肯罢手。
原来，洪一刀在被火葬之时突然从木柴中翻身而起，但为时已晚，他还是丧生在熊熊烈火之中。孙知县见事情突变，便责怪济世楷办事不力。
如果不是他告诉贼人飞针夺命穴一事，恐怕他们至今还蒙在鼓里，以为是洪一刀诈尸。济世楷也没有争辩。
就在这时，县衙外的堂鼓突然响了起来。不一会儿，衙役就跑来说衙门外有一个人自称是飞针夺命侠，前来投案自首。济世楷和孙知县面面相觑，不知是真是假。
升堂之后，衙役将飞针夺命侠带上堂来。孙知县拍了一下惊堂木，厉声道：“堂下所跪何人？报上名来！”而当那人抬起头时，孙知县却倒吸了一口冷气，原来此人竟是本地有名的老中医冯定坤。
孙知县连忙将冯定坤请至后堂询问原因。原来冯定坤真的是飞针夺命侠，他自幼习武，轻功了得，飞刀绝技也最为擅长。
冯定坤长大后遍访名医研习医术，起初他学医是为了养家糊口，但多年行医之后他看惯了人间的悲欢离合。
作为一名医者，他对于许多人因买不起药在他面前死去、许多人本没有病却因为没有钱而被活活饿死的现象感到无能为力，开始厌恶这个人吃人的世界，但又无法改变。
有一次，冯定坤医生注意到一个病人在大病初愈后性情大变，变得宽容、大度、善良起来，这让他觉得大病或许能让人顿悟。
于是，冯定坤开始琢磨，如果能找到一个让人“假死”的穴位，让人体验一下生死边缘，是不是就能改变人呢？他花了好多年时间研究，终于发现了一个叫“飞针夺命穴”的穴位。
济世楷医生好奇地问冯定坤，为什么每个人被针击中的穴位会不一样，以及为什么有的人在中针后会突然得重病去世。
冯定坤解释说，他在发现“飞针夺命穴”后，怕坏人会用它来害人，所以在施针时加了内力。飞针先打中人体的其他穴位，然后内力会在人体内游走，最后到达夺命穴。
因为加了内力，所以从外表上看根本看不出夺命穴到底在哪里。而有的人在中针后暴病身亡，其实是因为他们在大病初愈后没有变好，反而更加得意忘形，做坏事时血气逆行，冲破了还没长好的夺命穴，导致丧命。
孙知县听了这话后暗自庆幸，幸好自己病好后变好了，不然也早就死了。济世楷想知道飞针夺命穴到底在哪里，但冯定坤却怎么也不肯说，说是怕给他带来杀身之祸。济世楷虽然有点失望，但也只好算了。
过了几天，孙知县找了个死刑犯，假装是冯定坤，拉到刑场上处决了，这样“飞针夺命穴”的事情就暂时平息了。冯定坤也被济世楷带到了苏州府秘密保护起来。
但是几年后，冯定坤还是在住处被人杀了。苏州知府马上派人查案，知县孙营和名医济世楷也被抓了起来，因为除了苏州知府，就只有他们俩知道这件事。
就在知府准备严刑拷问他们时，三个人突然来自首了，说是他们杀了冯定坤。原来这三个人以前是常熟县衙的衙役，听到济世楷和冯定坤的对话后，就想靠飞针夺命穴发财。
他们辞了职，跟踪济世楷到苏州府，找了几年，终于找到了冯定坤的藏身之处。但是他们逼冯定坤说出飞针夺命穴的位置时，冯定坤就是不说，于是他们就打了起来，不小心杀了冯定坤。
而冯定坤在临死前，向他们掷出了最后三枚飞针，把飞针夺命穴的秘密永远带走了。
那三个人在杀了冯定坤后，过了七天，经历了一番生死，终于明白了人生的真谛，于是就来投案自首了。孙营和济世楷知道这事后，都感叹不已，幸好他们当时没有追问到底。
冯定坤死了，“飞针夺命穴”的秘密也永远消失了，但这事却在民间引起了轩然大波。
从那以后，江南的一些地方就有了人死后七天才能安葬的习俗。虽然夺命穴已经失传了，但这个风俗却一直保留到了现在，这可能是冯定坤到死也没想到的结果。
