AlphaFold3与ChatGPT辅助药物设计及蛋白结构与互作预测辅导班
2024年11月23-24日 腾讯会议网络会议室
课程背景：
近年来，随着计算机科学及相关基础学科的发展与进步，基于计算机图形学、数据库技术、人工智能等新技术的药物分子设计手段正日臻成熟，不断取得突破性进展，有力推动药物设计领域日趋完善。这不仅为新药创制事业提供了新利器，更有效加速了新药成功开发的概率、缩短新药上市周期，更好地满足临床需求。
AlphaFold3与ChatGPT的引入，为计算机辅助药物设计（computer-aided drug design，CADD）带来了新的变革。AlphaFold3在蛋白质结构预测方面取得了前所未有的突破，而ChatGPT则能提供智能化的研究辅助。这些方法大大加快了新药设计的速度，节省了药物发现的人力和物力，使药物学家能够以理论为指导，有目的地开发新药。同时，在药物机制的研究中，在用实验方法验证药物与受体的相互作用之前，通常会用分子对接的方法预测药物与靶标的结合，以节省实验花费。计算机辅助药物设计已经成为新药开发、药物机制研究中重要的研究手段之一。
学习目标：
本课程将系统讲解AlphaFold3、ChatGPT及AudoDock系列软件在CADD中的创新应用，结合实际案例进行实战演练。您将学会：
·应用传统CADD技术，如分子对接和虚拟筛选，解决药物设计问题
·应用AlphaFold3进行高精度蛋白质结构、蛋白与配体相互作用预测
·利用ChatGPT辅助编写CADD相关的Python程序，提高工作效率
我们保证：零基础起步，课程结束时，您将能独立运用这些尖端工具进行药物设计研究。
适合对象： 各级医院临床医生、药师、科研单位研究人员、高校老师、硕/博士研究生、对计算机辅助药物设计感兴趣的广大师生（尤其适合初学者和无基础的学员，无需任何基础，也无需学习任何编程语言）。
课程特色：
本学习班全程在线电脑实战教学，90%以上为上机指导操作，无繁琐的理论授课。建立专属班级交流平台，学员学完后可以继续在班级群与老师同学交流问题，巩固学习内容。
讲师简介：
赵老师，生物信息学博士，大学教授，从事计算生物学、生物信息学方向研究十余年，主持参与了多项国家自然基金项目，发表数十篇SCI论文，含多篇5分以上的文章。讲课效果好，深得学员好评。在本次课程中，主讲老师将深入讲解AlphaFold3和ChatGPT在计算机辅助药物设计中的最新应用，分享前沿研究成果和实践经验。
会议时间：2024年11月23-24日，上午8:30-12:00，下午14:00-17:30
会议地点：腾讯会议网络会议室
主办单位：医药加平台，上海统循会务咨询有限公司
收费标准：
3000元/人。
优惠措施：提前报名并付费可以提前拿到学习资料
3人组团，每人优惠100元，4人组团，每人优惠200元
6人组团，可免一人注册费（即只交5个人的费用）
注意事项：所有资料均为电子版，会后主办方提供全程录屏作为复习资料
交费方式：
A：银行转账
账户名称：上海统循会务咨询有限公司 账户号：1001064709100070186
开 户 行：中国工商银行上海浦东世博永泰路支行
B：支付宝转账
账号：17701825941@163.com 户名:上海统循会务咨询有限公司
C：公务卡支付
详细内容：
时间 | 授课内容 | |
第1天 | 8:30-12:00 | 1.分子对接基础知识 2. 分子结构文件的获取和处理 化合物结构的获取 化合物ADMET性质预测 多肽结构的获取 蛋白结构的获取 蛋白结构的同源建模 不同格式结构文件的转换 ChatGPT辅助批量转换化合物结构文件、预测类药性、计算化合物的结构相似性 ChatGPT辅助读懂Python代码 3. PyMol软件介绍 蛋白对象的操作、展现、隐藏、标记、测量 分子对接结果的美化展示 4. 配体-受体结合位点可视化分析工具介绍 |
14:00-17:30 | 1. 用AutoDock及autoDock vina进行小分子与蛋白对接 准备工作 准备受体文件 准备配体文件 确定对接盒子 蛋白受体格点计算 设置对接参数 2. 用AutoDock作分子对接 结果查看与分析 用AutoDock vina 作对接 确定对接盒子的其他方法 用AutoDock Vina 作虚拟筛选 蛋白活性口袋的预测 化合物的下载与处理 AutoDock vina 进行一对多或多对多的对接 计算redocking多个pose的RMSD 虚拟筛选 | |
第2天 | 8:30-12:00 | 1.金属酶蛋白与小分子对接 用AutoDock4Zn作对接的方法 用AotoDock vina作对接的方法 金属离子与蛋白结合位点预测与对接 2.蛋白-小分子柔性对接 3.蛋白-多肽对接 用免费在线平台作对接 用ADCP作对接—结合位点已知的情况 用ADCP作对接—结合位点未知的情况 4.蛋白-蛋白对接 5.ChatGPT辅助展示蛋白-蛋白相互作用界面 |
14:00-18:00 | AlphaFold3在CADD中的应用 AlphaFold3简介 蛋白结构预测 糖基化蛋白结构预测 蛋白-金属离子相互作用预测 蛋白-RNA相互作用预测 蛋白-DNA相互作用预测 蛋白-多肽相互作用预测 蛋白-蛋白相互作用预测 蛋白-化合物相互作用预测 应用ChatGPT编写分子对接相关程序 批量构建和上传预测任务 | |
备注：自带笔记本电脑，安装WINDOWS 10。 | ||
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