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近期，PubPeer对中国科学院院士、北京大学基础医学院生物化学与分子生物学系主任 Yongfeng Shang 的多篇论文提出质疑，本周被质疑的论文总数达到10篇。其中，论文1是在他于美国哈佛大学从事博士后工作期间以第一作者身份发表的，论文2至论文10则是他在北京大学基础医学院发表的研究成果。论文6的通讯作者为Luyang Sun，论文8的通讯作者为Jing Liang，Yongfeng Shang在这两篇论文中均为共同作者。此外，这两位作者多次参与Yongfeng Shang作为通讯作者的论文，且研究经费包含其国自然基金，因此被视为其团队成员。值得注意的是，国家优青获得者Luyang Sun在论文2中为第一作者，在论文6中为通讯作者，并在论文7中为共同通讯作者。
论文1：2002年，Molecular Cell (IF:14.5;Q1）Yongfeng Shang (第一作者），Molly Myers , Myles Brown（通讯作者）![]()
2021年1月知名学术评论人Elisabeth M Bik指出：三个“Input”面板似乎彼此重叠。它们看起来都显示相同的四个泳道（用蓝色标记），并在左侧或右侧有相邻的泳道（用青色、蓝绿色和淡蓝色标记）。在图6B中，有两个面板看起来非常相似，用红色框标出。![]()
2024年11月第一作者Yongfeng Shangh回复：在琼脂糖凝胶电泳中产生的PCR DNA条带在呈现形式上出现一些相似性是很常见的。然而，相似性并不意味着这些条带是相同的。提到的条带并未被“调整尺寸”，因为它们来自两个不同的琼脂糖凝胶；据我们所知，它们并不完全相同。我们会认真调查这个问题，如有需要会直接与期刊沟通。论文2：2009年，PNAS (IF:9.2;Q1）Luyang Sun（第一作者，国家优青） , Lei Shi , Wenqian Li , Wenhua Yu , Jing Liang , Hua Zhang , Xiaohan Yang , Yan Wang , Ruifang Li , Xingrong Yao , Xia Yi , Yongfeng Shang（通讯作者）![]()
2024年10月评论人Actinopolyspora biskrensis指出本文图1F疑似条带重复：![]()
通讯作者Yongfeng Shang回复：感谢您提醒我们这一问题。经过仔细检查，我们同意提到的两个面板确实是重复的。该错误可能在我们提交时的图像编辑过程中发生。我们现提供原始的印迹图，并将与《PNAS》联系以进行更正。论文3：2010年，Journal of Biological Chemistry（IF：5.2，Q2）Wenhua Yu , Ruifang Li , Bin Gui , Yongfeng Shang（通讯作者）2024年10月评论人Actinopolyspora biskrensis指出：图3A中的两个条带在调整尺寸后看起来非常相似。作者是否可以提供原始数据？2024年11月评论人Yongfeng Shang回复：在琼脂糖凝胶电泳中产生的PCR DNA条带在外观上表现出一些相似性并不少见。然而，相似性并不意味着这些条带是完全相同的。提到的两个条带并未被“调整尺寸”，因为它们来自两个不同的琼脂糖凝胶；据我们所知，它们并不完全相同。图3A中的实验旨在通过目标循环扩增和选择（CASTing）实验比较ZIP和sZIP的DNA结合能力。前三轮的电泳结果已经足以支持结论；第四轮实验并非必需，因此没有调整结果的逻辑或必要性。论文4：2011年，Cancer Research（IF：12.7；Q1）Qian Li , Lei Shi , Bin Gui , Wenhua Yu , Jiamu Wang , Di Zhang , Xiao Han , Zhi Yao , Yongfeng Shang（通讯作者）![]()
2024年10月评论人Actinopolyspora biskrensis指出：图1B中的一个面板似乎也被用于图4B中以表示不同的实验条件（经过水平翻转后）。作者能否提供原始数据？![]()
这项工作得到了国家自然科学基金项目（30830032 和 30921062，授予 Y. Shang）以及中国科技部项目（973 计划：2007CB914503 和 2011CB504204，授予 Y. Shang，以及 2009CB918903，授予 Z. Yao）的支持。2024年11月评论人Yongfeng Shang回复：翻转后，所提到的两个条带确实看起来相似，但至少在我们的检查中它们并不相同。我们将进一步调查该问题，如果需要的话，我们将直接与期刊沟通。评论人Actinopolyspora biskrensis回复：论文5：2012年，The International Journal of Biochemistry & Cell Biology（IF：3.4；Q2）Bin Gui , Xiao Han , Yu Zhang , Jing Liang , Dandan Wang , Chenghao Xuan , Zhipeng Yu , Yongfeng Shang（通讯作者）![]()
2024年10月评论人Actinopolyspora biskrensis指出：图1B中的一个面板似乎也出现在图2B中，但显示的实验条件不同。作者能否检查一下？![]()
通讯作者Yongfeng Shang回复：感谢您提醒我们注意这个问题。我们会仔细研究这个问题，如果需要的话，我们会直接与期刊沟通。
论文6: 2017年，Nature Communications（IF：14.7；Q1）
Lifang Li , Xinhua Liu , Lin He , Jianguo Yang , Fei Pei , Wanjin Li , Shumeng Liu , Zhe Chen , Guojia Xie , Bosen Xu , Xia Ting , Zihan Zhang , Tong Jin , Xujun Liu , Wenting Zhang , Shuai Yuan , Ziran Yang , Chongyang Wu , Yu Zhang , Xiaohan Yang , Xia Yi, Jing Liang, Yongfeng Shang , Luyang Sun（通讯作者，国家优青）
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2024年10月评论人Actinopolyspora biskrensis指出：图7c中的实验图像似乎与补充图4c中的实验图像非常相似。它们看起来并非相同的图像，而且彼此有旋转差异。请作者确认这是否为错误，并提供相应量化数据表的链接。![]()
此外，该评论人指出补充图中图4d的原始数据有6条带，然而正图中图4d为5条带：有一个观察：补充图6中提供的用于补充图4d的原始数据比图4d显示的条带多出一个条带，图4d中仅显示了5个条带，ZNF516面板除外。![]()
论文7: 2018年，Cell Research（IF：12.7；Q1）
Lin He , Xinhua Liu , Jianguo Yang , Wanjin Li , Shumeng Liu , Xujun Liu , Ziran Yang , Jie Ren , Yue Wang , Lin Shan , Chengjian Guan , Fei Pei , Liandi Lei , Yu Zhang , Xia Yi , Xiaohan Yang , Jing Liang , Rong Liu , Luyang Sun（通讯作者，国家优青） , Yongfeng Shang （通讯作者）
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2024年10月评论人Actinopolyspora biskrensis指出：图6a和图6d（右侧）的EGFR面板似乎来自相同的来源（用蓝色标出；可以看到相同的背景噪音），但配套的对照似乎不同（用红色标出）。作者能否提供原始未裁剪的数据？![]()
本研究得到了中国国家自然科学基金（91219201和81530073，资助给Y.S.；81372223、81422034和31571340，资助给L.S.）以及中国科技部（2016YFC1302304，资助给Y.S.；2014CB542004，资助给L.S.）的资助。2024年11月通讯作者Yongfeng Shang回复：图6a（右）和图6d（右）的Western blot来自相同的样本，如标注所示。由于需要检测大约11种蛋白质，我们不得不将这些样本分成两块不同的凝胶进行实验。EGFR面板来自同一块凝胶，但曝光时间不同，而微管蛋白面板则来自两块不同的凝胶。这样的安排虽然有些笨拙，但在伦理上不应存在问题。感谢您让我们注意到这个问题。我们会仔细调查这个问题，如果需要的话，我们会直接和期刊沟通。评论人Actinopolyspora biskrensis回复：如果我理解正确的话，将这些样本跑在两块不同的凝胶上意味着会有两个不同的面板。作者能否提供未裁剪的扫描图？论文8: Science Advances (IF:11.7; Q1)
Huajing Yu、Chen Bu、Yuncheng Liu、Tianyu Gong、Xiaoping Liu、Shumeng Liu、Xiaojun Peng、Wenting Zhang、Yani Peng、Jianguo Yang、Lin He、Yu Zhang、Xia Yi、Xiaohan Yang、Luyang Sun、Yongfeng Shang，Zhongyi Cheng（公司CEO） 和 Jing Liang（通讯作者）
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2024年10月评论人Actinopolyspora biskrensis指出本文图6A存在图像重复：请作者核实，并提供用于生成下方图表的量化数据表链接。谢谢。![]()
资金：这项工作得到了国家自然科学基金项目（81861148027、81874161 和 81572771 给 J.L.，81730079 和 81530073 给 Y.S.）以及中国科技部项目（2019YFA0508904 给 J.L.，2016YFC1302304 给 Y.S.）的支持。2024年11月通讯作者Jing Liang回复：
感谢您提醒我们这个问题。我们会认真调查，并将任何必要的更改直接告知期刊。---Jing Liang评论人Actinopolyspora biskrensis回复：感谢您的回复。作者能否提供用于生成下方面板图表的量化工作表的链接？谢谢。论文9: 2021年，Cell Reports (IF:9.4;Q1）Jianguo Yang , Xiaoping Liu , Yunchao Huang , Lin He , Wenting Zhang , Jie Ren , Yue Wang , Jiajing Wu , Xiaodi Wu , Lin Shan , Xiaohan Yang , Luyang Sun , Jing Liang , Yu Zhang（通讯作者） , Yongfeng Shang（通讯作者）![]()
2024年11月评论人Actinopolyspora biskrensis指出：在图1F中，图像似乎显示了一只属于不同组的动物。由于荧光信号不同，这似乎不仅仅是图像拼接过程中的错误。图像之间有一些差异，但它们看起来相似得有些异常。![]()
本研究得到了中国国家自然科学基金（31991164、81730079和81530073，资助给Y.S.，以及32070638，资助给Y.Z.）和中华人民共和国科技部（2016YFC1302304，资助给Y.S.）的资助。感谢您提醒我们注意这个问题。我们会仔细研究这个问题，如果需要的话，我们会直接与期刊沟通。评论人Actinopolyspora biskrensis回复：论文10: 2022年，Signal Transduction and Targeted Therapy（IF：18.2；Q1）Yue Wang , Yunchao Huang , Edith Cheng , Xinhua Liu , Yu Zhang , Jianguo Yang , Jordan T. F. Young , Grant W. Brown , Xiaohan Yang（通讯作者） , Yongfeng Shang（通讯作者）
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2024年11月评论人Actinopolyspora biskrensis指出：![]()
通讯作者Yongfeng Shang回复：感谢您提醒我们注意这个问题。我们会仔细研究这个问题，如果需要的话，我们会直接与期刊沟通。消息来源：
https://blog.pubpeer.com/publications/3E83F097FF929F0C879CAE451F4E27#3
https://blog.pubpeer.com/publications/4F5AAC0E5D93B90B7011251A894C99#2
https://blog.pubpeer.com/publications/A14005D5952C7D85A91EBE35DCF820#2
https://blog.pubpeer.com/publications/574BD860697C8DA8D1753E4442DEA3#4
https://blog.pubpeer.com/publications/5DB683D5B14013A369F3D51EBE4A6C#2
https://blog.pubpeer.com/publications/91EDED08511B8CC4B21E4CB6263CBA#2
https://blog.pubpeer.com/publications/1305D2B59DA97A1C9CB875A91ACFAA#4
https://blog.pubpeer.com/publications/EB0F1EB48014E684E1AE0616836C5B#3
https://blog.pubpeer.com/publications/A01F9FE318F7FE3AFCEB7C32A13C3D#3
https://blog.pubpeer.com/publications/21EC79431CEDFC601719CAA495528C#2
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