今日所介绍的这篇文章，通过孟德尔随机化、GWAS汇总等方法鉴定双相情感障碍的潜在新蛋白~课题思路这不就来了么？万层高楼平底起，一起加油呀！
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文章标题：Identifying novel proteins underlying bipolar disorder via integrating pQTLs of the plasma, CSF, and brain with GWAS summary data
中文标题：通过将血浆、CSF 和大脑的 pQTL 与 GWAS 汇总数据整合，鉴定双相情感障碍的潜在新蛋白质
发表期刊：Transl Psychiatry
发表时间：2024年8月
影响因子：5.8/Q1
双相情感障碍 （BD） 由于其慢性和复发性质而面临重大挑战，其潜在的发病机制仍然难以捉摸。
研究方法
本研究采用孟德尔随机化 （MR），一种被广泛认可的遗传方法，利用蛋白质数量性状位点 （pQTL） 作为关键暴露，揭示蛋白质和 BD 之间错综复杂的因果关系。我们将来自大脑、脑脊液 （CSF） 和血浆的 pQTL 数据与 BD 的全基因组关联研究 （GWAS） 结果整合到一个全面的系统分析框架中。我们的分析，包括双样本 MR、Steiger 滤波和贝叶斯共定位，揭示了值得注意的关联。
结果分析
1. 遗传 pQTL 与 BD_ALL 之间的关联
经过多次测试校正，确定了决定大脑、脑脊液和血浆中蛋白质水平的基因，这些基因与 BD_ALL 风险显著相关。其中，AGRP、FRZB、IL36A 和 MMEL1 水平升高与 BD_ALL 风险增加显著相关；而 CTSF、LRP8、FLRT3 和 LYZ 水平升高与 BD_ALL 风险降低相关。
2. pQTL 和 BD_ALL、BD_I 和 BD_II 的 MR 结果
Steiger 过滤分析支持脑脊液和血浆中鉴定基因从蛋白质水平到 BD_ALL 的因果方向性，但脑脊液中 MMEL1 和血浆中 LYZ 的相关性不太稳健，可能存在潜在混杂。其他几个基因位点被证实由共享变体介导，为与 BD_ALL 的潜在因果关系提供强有力证据。此外，有 20 个基因决定的蛋白质水平与 BD_ALL 风险变化存在提示性关联，Steiger 过滤分析也支持其从蛋白质水平到 BD_ALL 的提示因果方向。
3.与 BD_ALL 相关的已鉴定蛋白质网络
与 BD_ALL 相关的已鉴定蛋白质表现出一个网络，特别是通过物理相互作用。
4.与 BD_I 相关的已鉴定蛋白质网络
与 BD_I 相关蛋白质相关的基因在各种功能通路中显示出显著富集。
5.BD 和 BD_I 致病蛋白的外部验证
对初步分析中有潜在因果关系的蛋白质进行重复双样本 MR 分析，结果表明所有潜在蛋白在主队列和验证队列间的定向效应一致，在 BD_ALL 和 BD_I 中证实了 4 种蛋白质，即 CTSF、AGRP、CSF 中的 LRP8 和血浆中的 FLRT3。此外，CSF 中 2 种蛋白的结果在 BD_ALL 中重复。从组织角度看，BD_ALL 患者脑脊液中的 CTSF 和 LRP8 有强烈的复制证据。
文章小结
研究确定了 IL36A 、 AGRP 、 FRZB、 脑脊液中的 LRP8 和血浆中的 FLRT3 与 BD 和 BD_I 之间存在因果关系的支持证据，这可以为未来的机制研究提供见解，以开发针对这种疾病的新疗法。此外，我们的结果没有发现与 BD_II 具有潜在因果关系的蛋白质，因此需要具有更大样本量、更多组织来源和更多类型蛋白质的研究。（如果您对生信分析和公共数据库挖掘感兴趣，但时间和精力有限或者缺乏相关经验，nineo非常乐意为您提供如下服务：免费思路评估、付费方案设计和生信分析等，有意向的老师欢迎联系nineo哦！）
